IHPE – Team ECOEVI (Ecology and Evolution of Interactions)

Head : C.  GRUNAU   picto-mail

 The goal of our group is to elucidate the multiple relations between environment, organisms and their fitness in the lab and in the field, in order to understand and control host-symbiont/parasite interactions. Starting with these biological questions we use state-of-the art molecular, bioinformatics, ecological, epidemiological and evolutionary approaches in an integrative way.
 
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Evolution of interactionsEcological approach to disease controlMolecular bases of interactions
We study the influence of the environment on animal evolution and how this interaction has been playing a central role in the diversification and organization of life. Our projects aim to reflect on the impacts that these interactions have on heritable variations of species diversity, biogeography and the impact for human health and welfare. We see inheritance in a broad sense including genetic, epigenetic, cytoplasmic, and holobiont elements.We develop new approaches to control and prevent the spread of neglected tropical diseases (NTD) with particular interest in the different forms of schistosomiasis. NTDs affects more than one billion people, in 149 countries, costing billions of Euros every year for developing economies. Recently, our group described the outbreak of schistosomiasis in southern Europe (Corsica) in 2013. Additionally, we work with laboratories in disease-endemic countries to develop new strategies to control in tropical and subtropical conditions.We elucidate the molecular basis of interactions between host, parasites, symbionts, commensales (the “holobiont”) and the environment by integrative approaches. Complementary strategies are used to explain the mechanisms involved in viability, compatibility and adaptation between different species. A particular focus is put on invertebrate immunology (innate immunity and priming).

- Workshop FUGI (Perpignan, France) 8-10/03/2017 (! organizers !)
– Workshop CEMEB « Epigenetics in Ecology and Evolution » (Montpellier, France) 04/04/2016
– Workshop IIMII (Perpignan, France) 30/03/2016 (! organizers !)
– Thematical School CNRS  « BioPerspectives » (Cargèse, Corse) 03/29 to 04/02/2016
– Workshop « mollusk epigenetic » (Montpellier, France) 02/02/2016 (! organizers !)

PERMANENT STAFF:
- ALLIENNE Jean-François, Technician CNRS (100%)
BOISSIER Jérôme, Assistant Professor University of Perpignan (100%)
COSSEAU Céline Assistant Professor University of Perpignan (100%)
DUVAL David Assistant Professor University of Perpignan (100%)
GALINIER Richard Engineer CNRS (100%)
GOURBAL Benjamin Assistant Professor University of Perpignan (100%)
GRUNAU Christoph Professor University of Perpignan (100%)
LANGAND Juliette, Assistant Professor University of Perpignan (100%)
MONE Hélène, Researcher CNRS (100%)
MOUAHID Gabriel, Assistant Professor University of Montpellier (100%)
REY Olivier, Assistant Professor University of Perpignan (100%)
TOULZA Eve, Assistant Professor Chair University of Perpignan-CNRS (100%)
 NON PERMANENT STAFF:
Postdoctoral Fellowship
CLERISSI Camille, CNRS (50% MIMM, 50% ECOEVI)
DE CARVALHO AUGUSTO Ronaldo, CNRS
TETREAU Guillaume, University of Perpignan
Ph.D students
ALBA Annia, Ph.D student University of Perpignan & University La Havane
- ALIAGA Benoît, Ph.D student University of Perpignan
FALLET Manon, Ph.D student University of Perpignan
HUOT Camille, Ph.D student University of Perpignan
KINCAID-SMITH Julien, Ph.D student University of Perpignan
PINAUD Silvain, Ph.D student University of Perpignan
PORTET Anaïs, Ph.D student University of Perpignan
Guests
COUTINHO CARNEIRO Vitor, PostDoctoral Fellow, Instituto de Bioquimica Medica de l’Universidade do Brasil, BRASIL
FNEICH Sara, PostDoctoral Fellow, INRA, Jouy-en-Josas, FRANCE
KEBEDE Tadesse, Adis Abeba University, ETHIOPIA
BULLA Ingo, researcher, institut für Mathematik und Informatik, Universität Greifswald, GERMANY
- PRATX Loris, PhD, INRA Institut Sophia Agrobiotech, Sophia Antipolis, Nice, FRANCE
GOMEZ-DIAZ Elena, PhD, Donana Biological Station, Sevilla, SPAIN
- SENTIS Arnaud, PostDoctoral Fellow, Laboratory Evolution and Biological Diversity EDB, University of Toulouse III, Toulouse FRANCE
RONDON Rodolfo, Ph.D student, team MIMM, Ifremer
DE CARVALHO AUGUSTO Ronaldo, Ph.D student, Laboratorio de Avaliaçao e Promocao da Saude Ambiental, Rio de Janeiro, BRASIL
FORMER COLLABORATORS…
PICARD Marion (Ph.D student 2011-2015) Postdoctoral Fellowship, Institute of Science and Technology Austria: IST Austria », Vicoso Group, AUSTRIA email 
- MINTSA N’GUEMA Rodrigue (Ph.D student 2006-2010) Assitant Professor, University of Franceville, GABON email
- BECH Nicolas (Ph.D student 2008-2010) Assitant Professor, University of Poitiers FRANCE email 
- BELTRAN Sophie (Ph.D student 2006-2010) Assitant Professor, University of Poitiers FRANCE email 
ROQUIS David, PhD student (2012-2015), Postdoctoral fellow,  laboratory « Population Epigenetics and Epigenomics » , Technischse Universität München, Munich, GERMANY email
- LIMA Mariana, Ph.D student (march-september 2015), Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, BRASIL email
BOON Nele, Ph.D student (april-august 2015), Katholieke Universiteit Leuven, BELGIUM
- DHEILLY Nolwenn, PostDoctoral Fellow (2011-2013) Assistant Professor, Stony Brook University, NY, USA
FNEICH Sara, Ph.D Student (2011-2014) Postdoctoral Fellow, INRA, UMR 1198 Biologie du Développement et de la Reproduction, Jouy en Josas, FRANCE email
PORTELA Julien, Ph.D student ( 2010-2013) creator of the start-up « GeneLife »
LEPESANT Julie, Ph.D Student (2009-2012) Postdoctoral Fellow, Foundation ARC for Cancer Research, Toulouse, FRANCE email
MONE Yves, Ph.D Student (2007-2010) Postdoctoral Fellow, INRA Montpellier, FRANCE
AFFOURMOU Kouamé, Ph.D Student (2007-2009) Assistant Professor, University of  Cocody, IVORY COAST email
ROGER Emmanuel, Ph.D Student (2004-2008) Assistant Professor, University of Lille, FRANCE email

Protocols in molecular biology and epigenetics © BMC


General Methods

Epigenetics

Bio-Informatics

Cell lines

  • HT1080: human fibrosarcoma culture (male), epithelial-like adherent cells growing as monolayers
  • TOU: lymphoblast cell culture, immortalized by transformation with EBV, contains 21p-

Schistosoma mansoni

NATIONAL COLLABORATIONS :
- P.B. ARIMONDO, Lab Pierre Fabre Centre de Recherche & Développement, Toulouse
– P. ABAD & C. COUSTAU, INRA Sophia-Antipolis, Nice
– R. PIERCE & E. ROGER, U 547 Inserm-Université Lille 2-Institut Pasteur, Lille
– J-M. REICHHART, Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire, CNRS, Strasbourg
– Y. MORET, BioGéoSciences, CNRS, Université de Bourgogne, Dijon
- C. NOVOA, National Office for Hunting and Wildlife, CNERA Fauna of Mountains
– A. ROBERT & B. MEUNIER, Laboratory of Chemistry of Coordination, Toulouse
– Y. DESDEVISES, University Pierre et Marie Curie, Oceanologic Observatory of Banyuls sur Mer
–  M. GAUTIER, Biological Center for Population Management, Montpellier
– N. BECH & S. BELTRAN, University of Poitiers
INTERNATIONAL COLLABORATIONS :
– S. MAS-COMA, Dept. Parasitologia, Universidad de Valencia, Spain
– L. DU PASQUIER, Université de  Basel, Switzerland
– T. HUYSE, Royal Museum for Central Africa, Tervuren, Belgium
– N. BOON, Laboratory of Biodiversity and Evolutionary Genomics, Leuven, Belgium
– M. REICHELT, MPI CE, Jena, Germany
– J. BULLA, Dpt. Mathématiques, Université de Bergen, Norway
– M. FREITAG & M. BLOUIN, Oregon State University, Corvallis, USA
– C. ADEMA, Center for Evolutionary and Theoretical Immunology, University of New Mexico, USA
– T. ANDERSON, Texas Biomedical Research Institute, USA
– G. OLIVEIRA, Centro de Pesquisas Rene Rachou, Belo Horizonte, Brazil
– O. NOYA, Instituto de Medicina Tropical, Universidad Central de Venezuela, Caracas, Venezuela
 – M. AEMERO, University of Gondar, Ethiopia
– B. ERKO, University of Addis Abeba, Ethiopia
– T. ANDERSON, Texas Biomedical Research Institute, Texas, USA
– A. MASSOUGBODJI,  Laboratory of Parasitology-Mycology, University of Abomey-Calavi, Cotonou, Benin
– M. IBIKOUNLE, Department of Zoology & Genetics, University of Abomey-Calavi, Cotonou, Benin
– M. KOMBILA, Department of Parasitology-Mycology, University of Health Sciences, Libreville, Gabon
– R. MINTSA NGUEMA,  CENAREST/ IRET Libreville, Gabon
– M. IDRIS, Department of Microbiology and Immunology, College of Medicine and Health Sciences, Sultan Qaboos University, Muscat, Oman
– S. YAFAE, Sultan Qaboos Hospital, Directorate General of Health Services, Dhofar Governorate, Salalah, Oman

INTERACTIONS

FUGE – Functional genomics & epigenomics of parasites

*FUGI : Functionnal genomics of flatworms – work-package epigenetic analysis : Flatworm Functional Genomics Initiative (FUGI) is a consortium funded by a Wellcome Trust Strategic Award to develop new research tools for the study and manipulation of parasitic flatworm species responsible for the devastating diseases echinococcosis (hydatid disease) and schistosomiasis (bilharzia). Our part of the project is to establish chromatin signatures for cestode and trematode stem cells
(Wellcome Trust Strategic Award)
Christoph GRUNAU, Benoit ALIAGA, Ronaldo AUGUSTO, David DUVAL
http://www.sanger.ac.uk/science/collaboration/flatworm-functional-genomics-initiative-fugi
*PROFIL : Epigenetic profiles of SP1 stem cells
(Contrat Doc handicap MESR 2014 – 2017)
Christoph GRUNAU, Benoit ALIAGA, Ronaldo AUGUSTO, David DUVAL

CHRONOS – genetic and epigenetic bases of the chronobiology of S. mansoni

* EpiCHRON : Etude épigénétique comparative de deux chronotypes de  mansoni (GenEpi 03/2015)
Hélène MONÉ, Gabriel MOUAHID, Christoph GRUNAU
http://ihpe.univ-perp.fr/ihpe-defi-epigenetique/
* PoolCHRON : Comparaison de séquençage populationnel de deux chronotypes du mansoni (en collaboration avec Oman)
Hélène MONÉ, Eve TOULZA, Julien KINCAID-SMITH, Gabriel MOUAHID
*GenoCHRON : QTL Mapping de deux chronotypes (en collaboration avec Texas Medical University et Oman)
Hélène MONÉ, Gabriel MOUAHID, Juliette LANGAND, Tim ANDERSON

COMPAT – Bases and Mecanisms of Compatibility between parasites and snails

* COMPATMAP : Mapping of compatibility genes in mansoni (en collaboration avec Texas Medical University)
Tim ANDERSON, Anne ROGNON, Anaïs PORTET, David DUVAL, Benjamin GOURBAL
* STRESS : Compatibilité et stress environnemental
David DUVAL, Benoit ALIAGA, Anais PORTET, Silvain PINAUD, Anne ROGON
* SELECT : Sélection de l’incompatibilité chez Biomphalaria glabrata
David DUVAL, Anne ROGNON
* HISTO : Histologie comparative des familles de BgGUA sensibles et résistantes à SmGH2.
Collaboration avec Michael BLOUIN (Oregon state University, USA)
Benjamin GOURBAL, Allan, Euan RAMSAY, Michael BLOUIN
* CUBA : Compatibilité de Fasciola hepatica avec Pseudosuccinea collumela (thèse en co-tutelle entre le laboratoire IHPE à l’Université de Perpignan et l’institut « Pedro Kouri » de la Havane Cuba)
(Financement Ambassade de France à Cuba 2015-2018)
Annia ALBA MENENDEZ, Antonio Alejandro VAZQUEZ PERERA, David DUVAL, Benjamin GOURBAL

HYBRID – Mechanisms and Effects of parasite hybridisations

* HYBRIDVIE : Modification des traits d’histoire de vie au cours de l’hybridation et analyse des mécanismes moléculaires sous-jacents chez les parasites plathelminthes du genre Schistosoma
(Contrat ED)
Eve TOULZA, Jérome BOISSIER, Julien KINCAID-SMITH, Olivier REY
* INTRO : Analyse de l’introgression à l’échelle du génome de l’hybride corse
Eve TOULZA, Julien KINCAID-SMITH, Ingo BULLA, Jérome BOISSIER, Olivier REY
* SCHISTOCORSE : Appui à la surveillance environnementale du risque de bilharziose en Corse (ARS)
Jérôme BOISSIER, Eve TOULZA, Julien KINCAID-SMITH, Jean-François ALLIENNE
* SCHISTOBEN : Introgressive hybridization between haematobium and S. bovis in Southern Benin. Projet de thèse en cotutelle.
Moudachirou IBIKOUNLE, Hélène MONE, Juliette LANGAND, Gabriel MOUAHID, Jean-François ALLIENNE
* SCHISTOCAM : Investigation of genetic population structure of mansoni and S. haematobium in Cameroon (avec Univ des Montagnes, Cameroun)
Jérome BOISSIER, Félicité DJUIKWO, Jean-François ALLIENNE

CONTROL – New diagnostic and treatment options against schistosomes

* ANTISCHISTO : Design, synthesis and biological evaluation of praziquantel and endoperoxide conjugates as antischistosomal agents (avec Soochow University, China)
Jérome BOISSIER, Chunhua QIAO
* EUPHORBIA : Gene expression in the mansoni exposed to Euphorbia milii latex
(CNPq Brésil)
Ronaldo AUGUSTO, Christoph GRUNAU, Guillaume TETREAU
* eDNA : L’ADN environnemental, un nouvel outil diagnostic pour la Bilharziose urinaire
(BQR 2016)
Jérome BOISSIER, Eve TOULZA, Oliver REY, Jean-François ALLIENNE, Stephen MULERO (stage M1)

IMMUNITY – Mecanisms of invertebrate immunity

* INVIMORY : Immunité mémoire chez les invertébrés : spécificité et mécanismes de l’immunité mémoire chez le mollusque Lophotrochozoaire Biomphalaria glabrata
(2014-2018 ANR)
Benjamin GOURBAL, David DUVAL, Silvain PINAUD, Richard GALINIER
http://www.agence-nationale-recherche.fr/?Projet=ANR-13-JSV7-0009
* PRIMO : Bases moléculaires et cellulaires de la primo réponse immunitaire chez glabrata
(Contrat Doc MESR 2014 – 2017)
Benjamin GOURBAL, Anaïs PORTET, David DUVAL
* SURFACE : Caractérisation du support cellulaire de la mémoire immunitaire chez les Lophotrochozoaires. Identification de marqueurs membranaires hémocytaires afin de caractériser les infra-populations de cellules immunitaires
(BQR 2016)
Benjamin GOURBAL, Anaïs PORTET, Silvain PINAUD, David DUVAL
* BIOMPHALYSINE : Diversité et fonction des biomphalysines chez glabrata
David DUVAL, Silvain PINAUD, Guillaume TETREAU, Marie BUYSE

MICROBE – Microbial diversity and Holobiont dynamics in mollusks

* MICROBIOMPH : Diversité microbienne et dynamique du microbiote chez le mollusque gastéropode Biomphalaria glabrata. Analyse metabarcoding 16S de la diversité du microbiote intestinal et mucosal et suivi de sa dynamique au cours d’un stress d’infection parasitaire à mansoni.
(Défi Holobionte et Fitness 2015)
Benjamin GOURBAL, Anaïs PORTET, David DUVAL, Eve TOULZA, Richard GALINIER
http://ihpe.univ-perp.fr/ihpe-defi-holobionte/
* MISMAtcH : Microbiota Interaction between SchistosoMA and its Host. Caractérisation et rôle du microbiote dans l’interaction hôte/parasite, Biomphalaria glabrata et Schistosoma mansoni, agent responsable de la bilharziose.
(2016-2019 – Contrat ED)
Camille HUOT, David DUVAL, Richard GALINIER, Eve TOULZA.
* AMIGO : Association MIcrobiota – GenOtype : specificity and stability in healthy and diseased oysters
(AAP postdoc IFREMER)
Eve TOULZA, Camille CLERISSI
* DECIPHER-2 : Déchiffrage des maladies multifactorielles : le cas des mortalités d’huître. Task 2 : Characterizing the holobiont dynamics variability in challenged oysters
(ANR DECIPHER 2015-2019)
Eve TOULZA, Cristian CHAPARRO, Aude LUCASSON, Yannick GUEGUEN, Julien DE LORGERIL
http://www.agence-nationale-recherche.fr/projet-anr/?tx_lwmsuivibilan_pi2%5BCODE%5D=ANR-14-CE19-0023
* BIOMPHALARIA VIRUS : Identification et caractérisation des virus ARN de Biomphalaria à partir des données de RNAseq.
Richard GALINIER, Guillaume TETREAU, Anaïs PORTET, David DUVAL, Silvain PINAUD, Benjamin GOURBAL

EPIMORY- Implication de mécanismes épigénétiques dans la mémoire immunitaire chez les mollusques

* HEMOMeth: Approche BS-seq pour étudier les modifications de methylation de l’ADN hémocytaires au cours d’une infection par mansoni chez B. glabrata.
(GenEpi 2016)
Céline COSSEAU, Manon FALLET
http://ihpe.univ-perp.fr/ihpe-defi-epigenetique/
* ATAC : Mis en place de l’ATAC-Seq chez glabrata et C. gigas
(GenEpi 2016)
Silvain PINAUD, Maxime LAFONT, Caroline MONTAGNANI, Benjamin GOURBAL, Céline COSSEAU, Christoph GRUNAU, Cristian CHAPARRO, David DUVAL
http://ihpe.univ-perp.fr/ihpe-defi-epigenetique/
* TRANSGIGAS : Acquisition de résistances TRANS générationnelles chez l’huître creuse Crassostrea GIGAS : implication de la composante épigénétique
(2016-2019 – Chercheur d’Avenir Région LR –)
Céline COSSEAU, Manon FALLET
* TransDIURON : Développement des marquers pour l’exposition parental au Diuron chez les naissants d’huitre gigas basé sur la methylation de l’ADN (en collaboration avec Ifremer Nante)
Céline COSSEAU, Christoph GRUNAU
* VIVALDI-2 : Occurrence of epigenetic changes in oysters resisting to summer mortalities
VIVALDI WP-2 (H2020)
Guillaume MITTA, Célline COSSEAU, Christoph GRUNAU
http://www.vivaldi-project.eu/European-funding-for-research/Horizon-2020

MATER – Parental effects in insects

* MATER-IMMUNITY : Transfert maternel d’immunité chez les insectes / Caractérisation fonctionnelle et évolution (en collaboration avec UMR 6282 BioGéoSciences CNRS/Université Bourgogne Franche Comté et Institut Sophia Arobiotech)
(2014-2019 – ANR )
Yannick MORET, Guillaume TETREAU, Richard GALINIER, David DUVAL, Benjamin GOURBAL,
http://www.agence-nationale-recherche.fr/?Projet=ANR-14-CE02-0009
* CytoFLY : Cytoplasmic allopatric and sympatric effects on the genome and epigenome of Drosophila melanogaster (en collaboration avec TU Dresden)
Klaus REINHARDT, Christoph GRUNAU

CORAIL – l’interaction symbodinium / microbiote / cnidaire face au stress environnementale

* ADACNI : Dynamique de l’holobionte corallien et plasticité transcriptomique: variabilité interspécifique, interpopulationnelle et interindividuelle
(ANR + Contrat ED 2013-2016, ATER 2017)
Eve TOULZA, Kelly BRENER, Guillaume MITTA, Olivier REY
http://www.agence-nationale-recherche.fr/suivi-bilan/editions-2013-et-anterieures/environnement-et-ressources-biologiques/adaptation-des-genes-aux-populations-genetique-et-biologie-de-ladaptation-aux-stress-et-aux-perturbations/fiche-projet-genom-btv/?tx_lwmsuivibilan_pi2%5BCODE%5D=ANR-12-ADAP-0016
* BIOGENO : BIOGeographie de l’association GENOtype / microbiote chez Pocillopora damicornis
Eve TOULZA (en collaboration avec François BONHOMME et Mehdi ADJEROUD), Kelly BRENER
* ThermoTol (2008-2016) : Adaptation de Pocillopora acuta à un stress thermique sur 3 generations: implication du génotype, épigénotype et du symbiote
(ANR ADACNI)
Jérémie VIDAL-DUPIOL, Eve TOULZA, Cristian CHAPARRO, Christoph GRUNAU, Kelly BRENNER, David ROQUIS, Guillaume MITTA
http://www.agence-nationale-recherche.fr/suivi-bilan/editions-2013-et-anterieures/environnement-et-ressources-biologiques/adaptation-des-genes-aux-populations-genetique-et-biologie-de-ladaptation-aux-stress-et-aux-perturbations/fiche-projet-genom-btv/?tx_lwmsuivibilan_pi2%5BCODE%5D=ANR-12-ADAP-0016

Emerging projects

 * ParaPO : Evaluation of the parasitism of trematodes (big moat and paramphistome) in the French department of the Pyrénées-Orientales
* PATHOSEN : Analyse du différence de pathogenicité de souches mansoni du Senegal (en collaboration avec Laboratory of Biodiversity and Evolutionary Genomics et Insitutde Medecine Tropicale de Antwerpen)Benjamin GOURBAL, Christoph GRUNAU, Tine HUYSE, Nele BOON
* IMPRINTING : Sex-specific parental imprinting in the trematode Schistosoma mansoni
Julien KINCAID-SMITH, Eve TOULZA, Céline COSSEAU, Jérome BOISSIER
* GENETHIOPIA : Investigation of genetic population structure of Schistosoma mansoni isolates from humans and non-human primates in Ethiopia (Univ Addis Abbeba)
Jérome BOISSIER, Tadesse KEBEDE, Jean-François ALLIENNE
* CO-INFECT : Recherches centrée sur la problématique du polyparasitisme avec les co-infections paludisme-helminthes chez les femmes enceintes et les jeunes enfants.
A. GARCIA, Hélène MONE, Gabriel MOUAHID, M. IBIKOUNLE
* ECHINO : Etude systématique d’Echinostoma parasite de Biomphalaria pfefferi au Sénégal
Benjamin GOURBAL, Gabriel MOUAHID
* PFEFFERI : Etude systématique de quelques trématodes parasites de Biomphalaria pfefferi en Oman
Hélène MONE, Gabriel MOUAHID
* VANUATU : Etude systématique de quelques trématodes parasites de poissons des îles Vanuatu
FALIEX, R.A. BRAY, Gabriel MOUAHID
* INDOPLANORBIS : Indoplanorbis exustus est un gasteropode d’eau douce vecteur de plusieurs espèces de schistosomes du bétail domestique en Asie ( incognitum, S. nasale, S. indicum). Sa présence en Afrique a été mise en évidence récemment au Gabon et au Bénin et pose le problème de l’expansion des schistosomes asiatiques en Afrique. L’objectif est de voir où se situent les populations africaines par rapport aux populations asiatiques (phénomène d’introduction ou non)
(en collaboration avec Benin et Oman)
Hélène MONE, Gabriel MOUAHID, P. POINTIER, Camille CLERISSI
* INFEST : Mechanisms of infestation of a parasite of freshwater fish (Tracheliastes polycolpus) by an integrative approach
(Thesis between IHPE lab in Perpignan and EDB lab in Toulouse)
Géraldine LOOT, Simon BLANCHET, Eglantine MATHIEU-BEGNE, Olivier REY

VIRUS

 * RESIVIR : Recherche et caractérisation de virus résidents dans les différents modèles biologiques du laboratoire (Crassostrea gigas, Biomphalaria glabrata, Schistosoma mansoni et Pocillopora damicornis).
(Défi Holobionte et Fitness 2016)
Richard GALINIER, Cristian CHAPARRO, Jean-Michel ESCOUBAS
http://ihpe.univ-perp.fr/ihpe-defi-holobionte/

SUSTAINABLE RESSOURCE MANAGEMENT

* PERDIX : Identité et variabilité génétique des populations de Perdrix grise en France
(ONCFS 2015-2017)
Jérome BOISSIER, Nicolas BECH (Univ Poitiers), Elisabeth BRO (ONCFS), Claude NOVOA (ONCFS), Jean-François ALLIENNE
 * CUNIPAT : Analyse et conception de modes de gestion intégrés (pâturage, production, santé animale) en systèmes cunicoles AB. Analyse de la résistance aux parasites via l’ingestion de tannins chez le lapin.
(AgriBio4 / INRA 2015-2018)
David DUVAL,
* KEOPS 2 (Kerguelen Ocean and Plateau compared Study 2) : Impact of natural iron fertilization on the biogeochemical cycles in the Southern Ocean
Analyse métatranscriptomique de la réponse microbienne à la fertilisation.
Ingrid OBERNOSTERER (Banyuls), Sara BEIER (Bremerhaven), Pavla Debeljak, E TOULZA

EPIGENETIC & EVOLUTION / BIO-MATHEMATICS

* NOTOS : Statistical modelling in Epigenetics: a pan-species study of distribution of CpG o/e ratios and DNA methylation patterns
(AURORA 2015 – Campus France (collaboration Norvège) / RTP-3E 2015 / Contrat Doc handicap MESR 2014-2017)
Christoph GRUNAU, Benoit ALIAGA, Ingo BULLA, Jan BULLA, Cristian CHAPARRO

DISCLAIMER – Our group provides this data in good faith, but makes no warranty, express or implied, or assumes any legal liability or responsibility for any purpose that the data is used for.


MethDB:  the database for DNA methylation and environmental epigenetic effects.


PrimerDB:  the local oligonucleotide database (access restriction applies).


AntibodyDB:  the local antibody database (access restriction applies).


Local Galaxy Instance provides a graphical interface for bioinformatics analysis (access restriction applies)


SchistoGbrowse v2.54 genome browser for assembly version 5.2 (access restriction applies)


SnakeCharmer for selection of restriction enzymes for COmbined Bisulfite Restriiction Assay (COBRA)


MethTools analysis of bisulfite DNA methylation sequencing