IHPE – ALIAGA Benoît *

SITUATION ACTUELLE : thèse soutenue en mai 2018
E-MAIL : benoit.aliaga@orange.fr
SITUATION A L’IHPE : Doctorant 2014-2018
ENCADRANTS : Christoph GRUNAU & David DUVAL
EQUIPE : ECOEVI
RESEAUX SOCIAUX SCIENTIFIQUES (cliquer sur le logo) :   
 TITRE DE LA THESE (soutenue le 24 mai 2018) :
Comparaison des épigénomes des espèces non modèles
MOTS CLES :
épigénétique, cellules souches, developpement, Schistosoma mansoni, Ecchinococcus multilocularis, Chip-seq, bioinformatique
RESUME DE LA THESE :
Les mécanismes épigénétiques contribuent à générer une variabilité phénotypique héréditaire. Le plus étudié de ces mécanismes est la méthylation de l’ADN au niveau des résidus cytosine. Cette méthylation est principalement (mais pas exclusivement) située dans le contexte CpG. En dépit d’être l’un des supports épigénétiques les plus analysés, cette méthylation n’a pas été étudiée de manière exhaustive chez toutes les espèces. Au cours de mon doctorat, j’ai contribué à développer un nouveau logiciel de prédiction de la méthylation de l’ADN basée sur les taux de mutation localisés au niveau des régions CpG. L’analyse de séquences issues de bases de données pour 147 espèces ont permis d’identifier 4 types de méthylation dans les corps des gènes. Ces types de méthylation ne sont pas congruents avec la phylogénie du vivant. Ces résultats suggèrent une convergence évolutive sous contraintes environnementales ou fonctionnelles et une universalité du code de méthylation de l’ADN. Nos différents résultats permettent de générer des liens conceptuels entre méthylation de l’ADN, fonction des gènes et environnement pour une large gamme de clades phylogénétiques. Pour valider l’importance de l’épigénétique dans la plasticité phénotypique, je me suis focalisé dans une seconde partie de ma thèse au succès parasitaire de Schistosoma au sein de son hôte intermédiaire, le mollusque Biomphalaria glabrata. En effet, l’interaction entre ce parasite trématode agent de la bilharziose et ce mollusque est caractérisée par un polymorphisme de compatibilité. Du côté du parasite, le principal marqueur moléculaire de la compatibilité est le profil d’expression de mucines polymorphes appelées SmPoMuc. Nous montrons que l’utilisation d’agent épimutagènes provoque des modifications de la structure de la chromatine notamment au niveau des promoteurs SmPoMuc. Ces modifications sont à l’origine de la variabilité phénotypique puisque le succès parasitaire s’en trouve augmenté. Nous établissons ici que les changements épigénétiques peuvent être un élément important de la plasticité phénotypique adaptative chez S. mansoni, aussi importante que la composante génétique.
 Fig. : cycle de vie de Schistosoma mansoni et Ecchinococcus multilocularis
PUBLICATIONS A L’IHPE :  lien
PUBLICATIONS HORS IHPE :
– Boutte J., Aliaga B., Lima O., Ferreira de Carvalho J., Ainouche A., Macas J., Rousseau-Gueutin M., Coriton O., Ainouche M., Salmon A. Haplotype detection from next generation sequencing in high ploidy-level species: 45S rDNA gene copies in the hexaploid Spartina maritima. G3 Genes Genomes Genetics (2016) 6: 29-40.
Aliaga B. Genome-wide comparison of chromatin structure changes in infective forms of parasitic flatworms . 6ème journée du réseau IMH « Interaction Micro-organisme Hôtes », 19 Novembre 2014, Montpellier
– J. Boutte, B. Aliaga, J. Ferreira de Carvalho, O. Lima, S. Coudouel, D. Naquin, P. Wincker, J. Poulain, C. Da Silva, M. Ainouche and A. Salmon. Automatized detection of duplicated copies from NGS data: application to 45S rDNA and coding genes in hexaploid Spartina species (Poaceae). International Conference on Polyploidy, Hybridization, and Biodiversity (ICPHB), 7-10 May 2012, Průhonice, Czech Republic.
 INFORMATION COMPLEMENTAIRE :
Déficient auditif, je suis Vice-Président de l’APIDA66 (Association pour l’Intégration des Déficients Auditifs des Pyrénées-Orientales) et je fais partie des porteurs de l’opération « Oreille Blanche« , notamment sur le campus de l’UPVD (voir l’actu).
Thèse financée par un Contrat Doctoral Handicap du Ministère.