IHPE – CLERISSI Camille

Camille-CIHPE UMR 5244
Université de Perpignan via Domitia
52 Avenue Paul Alduy
F-66860 Perpignan Cedex
Tel +33(0)4-68-66-20-50
Fax +33(0)4-68-66-22-81
email: camille.clerissi@univ-perp.fr
rond-GB
GRADE : Post-Doctorant IFREMER
EQUIPES :MIMM et ECOEVI
RESEAUX SOCIAUX SCIENTIFIQUES : ResearchGate
DOMAINE D’EXPERTISE : :
Microbiologie, Virologie, Ecologie, Evolution, Génomique, Bioinformatique, Biostatistiques, Analyses multivariées.
RECHERCHE :
Mes activités de recherche s’articulent autour de deux objectifs majeurs que sont l’identification de gènes associés à des phénotypes, et l’étude de l’influence environnementale sur la structure des communautés. J’utilise pour cela des méthodes à haut débit (génomique, transcriptomique, metabarcoding), et les outils bioinformatiques, statistiques et multi-dimensionnels associés. Des approches de génomiques comparatives et transcriptomiques m’ont permis de proposer des gènes candidats pour (i) expliquer les gammes d’hôtes d’un groupe de virus marins (les Prasinovirus), et (ii) décrire comment se met en place la symbiose entre les plantes légumineuses et les bactéries rhizobia. J’ai pu également décrire la diversité et la distribution des Prasinovirus à l’aide du metabarcoding, et révéler quelles variables environnementales influençaient le plus la structure de ces communautés.
Je travaille à présent sur la spécificité et la stabilité des communautés microbiennes associées à l’huître creuse Crassostrea gigas, dans le contexte de la théorie évolutive de l’hologénome. Cette théorie stipule que l’hôte et son microbiote (appelé l’holobionte) est la véritable entité qui est sous sélection naturelle. Si cela s’applique aux huîtres creuses, alors les individus qui résistent le mieux aux mortalités estivales pourraient montrer une forte stabilité de leur microbiote. Je vais tester cette hypothèse au cours de mon post-doctorat, et tenter de définir les bases moléculaires de l’interaction huître-microbiote.
CURSUS :
2016-présent : Post-doctorat « Spécificité et stabilité des communautés microbiennes associées à l’huître creuse Crassostrea gigas  » (Université de Perpignan via Domitia)
2013-2016 : Post-doctorat « Analyses omiques de l’adaptation au mutualisme des symbiontes de légumineuses : comparaison entre l’évolution expérimentale et naturelle » (Institut Pasteur de Paris, INRA de Castanet-Tolosan)
2009-2012 : Doctorat « Diversité et distribution des Prasinovirus (Phycodnaviridae) : influence des facteurs environnementaux et mécanismes évolutifs » (Université Pierre et Marie Curie, Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-Mer)
2007-2009 : Master « Océanographie et Environnements marins », spécialité « Ecosystèmes côtiers » (Université Pierre et Marie Curie, Paris)
2003-2007 : Licence « Biologie des Organismes » (Université Montpellier 2)
DERNIERES PUBLICATIONS (avant recrutement) :
Marchetti M, Clerissi C, Yousfi Y, Gris C, Bouchez O, Rocha EPC, Cruveiller S, Jauneau A, Capela D, Masson-Boivin C. 2016. Experimental evolution of rhizobia may lead to either extra- or intracellular symbiotic adaptation depending on the selection regime. Molecular Ecology, in press.
Clerissi C, Desdevises Y, Romac S, Audic S, de Vargas C, Acinas SG, Casotti R, Poulain J, Wincker P, Hingamp P, Ogata H, Grimsley N. 2015. Deep sequencing of amplified Prasinovirus and host green algal genes from an Indian Ocean transect reveals interacting trophic dependencies and new genotypes. Environmental Microbiology Reports, 7 (6): 979-989. doi:10.1111/1758-2229.12345.
Remigi P, Capela D, Clerissi C, Tasse L, Torchet R, Bouchez O, Batut J, Cruveiller S, Rocha EPC, Masson-Boivin C. 2014. Transient hypermutagenesis accelerates the evolution of legume endosymbionts following horizontal gene transfer. PLoS Biology, doi:10.1371/journal.pbio.1001942.
Clerissi C, Grimsley N, Subirana L, Maria E, Oriol L, Ogata H, Moreau H, Desdevises Y. 2014. Prasinovirus distribution in the Northwest Mediterranean Sea is affected by the environment and particularly by phosphate availability. Virology, doi:10.1016/j.virol.2014.07.016.
Bellec L, Clerissi C, Edern R, Foulon E, Simon N, Grimsley N, Desdevises Y. 2014. Cophylogenetic interactions between marine viruses and eukaryotic picophytoplankton. BMC Evolutionary Biology, 14: 59. doi:10.1186/1471-2148-14-59.
Clerissi C, Grimsley N, Ogata H, Hingamp P, Poulain J, Desdevises Y. 2014. Unveiling of the diversity of prasinoviruses (Phycodnaviridae) in marine samples by using high-throughput sequencing analyses of PCR-amplified DNA polymerase and Major Capsid Protein genes. Applied and Environmental Microbiology, 80(10) : 3150-3160. doi:10.1128/Aem.00123-14.
Hingamp P, Grimsley N, Acinas SG, Clerissi C, Subirana L, Poulain J, Ferrera I, Sarmento H, Villar E, Lima-Mendez G, Faust K, Sunagawa S, Claverie J-M, Moreau H, Desdevises Y, Bork P, Raes J, de Vargas C, Karsenti E, Kandels-Lewis S, Jaillon O, Not F, Pesant S, Wincker P, Ogata H. 2013. Exploring nucleo-cytoplasmic large DNA viruses in Tara Oceans microbial metagenomes. The ISME Journal, doi:10.1038/ismej.2013.59.
Clerissi C, Grimsley N, Desdevises Y. 2013. Genetic exchanges of inteins between prasinoviruses. Evolution, 67 (1): 18-33. doi:10.1111/j.1558-5646.2012.01738.x.
Clerissi C, Desdevises Y, Grimsley N. 2012. Prasinoviruses of the marine green alga Ostreococcus tauri are mainly species-specific. Journal of Virology, 86 (8): 4611. doi:10.1128/JVI.07221-11.
Karsenti E, Acinas SG, Bork P, Bowler C, de Vargas C, Raes J, Sullivan MB, Arendt D, Benzoni F, Claverie J-M, Follows M, Gorsky G, Hingamp P, Iudicone D, Jaillon O, Kandels-Lewis S, Krzic U, Not F, Ogata H, Pesant S, Reynaud EG, Sardet C, Sieracki ME, Speich S, Velayoudon D, Weissenbach J, Wincker P, and the Tara Oceans Consortium (Abergel C, Arslan D, Audic S, Aury JM, Babic N, Beaufort L, Bittner L, Boss E, Boutte C, Brum J, Carmichael M, Casotti R, Chambouvet A, Chang P, Chica C, Clerissi C, Colin S, Cornejo-Castillo FM, Da Silva C, De Monte S, Decelle J, Desdevises Y, Dimier C, Dolan J, Duhaime M, Durrieu de Madron X, d’Ortenzio F, d’Ovidio F, Ferrera I, Garczarek L, Garet-Delmas MJ, Gasmi S, Gasol JM, Grimsley N, Heilig R, Ignacio-Espinoza J, Jamet JL, Karp-Boss L, Katinka M, Khalili H, Kolber Z, Le Bescot N, Le Goff H, Lima-Mendez G, Mahé F, Mazzocchi MG, Montresor M, Morin P, Noel B, Pedrós-Alió C, Pelletier E, Perez Y, Picheral M, Piganeau G, Poirot O, Poulain J, Poulton N, Prejger F, Prihoda J, Probert I, Rampal J, Reverdin G, Romac S, Romagnan JB, Roullier F, Rouviere C, Samson G, Santini S, Sarmento H, Sciandra A, Solonenko S, Stemmann L, Subirana L, Sunagawa S, Tanaka A, Testor P, Thompson A, Tichanné-Seltzer V, Tirichine L, Toulza E, Tozzi S, Veluchamy A, Zingone A). 2011. A holistic approach to marine eco-systems biology. PLoS Biology, 9 (10):e1001177. doi:10.1371/journal.pbio.1001177.