IHPE – Défi Epigénétique

DEFI TRANSVERSAL
« Poids relatif de la génétique et de l’épigénétique dans l’évolution adaptative»
Responsable : Christoph GRUNAU

 rond-GB

 

Depuis la découverte de l’ADN comme base de l’hérédité génétique, l’information véhiculée par elle était considérée comme seule source des variants phénotypiques héritables. Cependant, l’épigénétique, à savoir l’ensemble des modifications héritables de l’expression du génome héritables par voie non-génétique, a émergé dans les dernières années comme une discipline incontournable pour la compréhension des processus biologiques. Les avancées extraordinaires des techniques de séquençage permettent aujourd’hui l’analyse conjointe des génomes, épigénomes et transcriptomes dans toute leur complexité. Ces technologies sont devenues accessibles à des équipes qui n’utilisaient pas couramment la biologie moléculaire classique donnant ainsi un nouvel élan aux recherches qui visent à élucider les inter-relations entre gène-environnement-phénotype dans des processus d’adaptation et d’évolution. La découverte de l’épigénome, et la caractérisation de sa dynamique, sont en train de bouleverser profondément notre vision des mécanismes de l’hérédité et de l’adaptation.
Il ne s’agit pas aujourd’hui de la question est ce que l’évolution adaptative repose sur l’information génétique ou épigénétique, mais d’évaluer le poids relatif dans des différents systèmes biologiques.
 

2019 Research programs
– « MARCO-POLO 2 »: Monitoring the Adaptive Response of COrals to Past Oceanic cLimatOscillation (Olivier Rey, Jérémie Vidal-Dupiol, Cristian Chaparro), Partenaires extérieures: Delphine Dissard (UPMC) et Chloé Brahmi (Ifremer)

 2018 Research programs
– « MARCO-POLO »: Monitoring the Adaptive Response of COrals to Past Oceanic cLimatOscillation (Olivier Rey, Jérémie Vidal-Dupiol, Cristian Chaparro)
– « GEM »: Génétique et Epigénétique de la résistance au syndrome de Mortalité massive des juvéniles d’huitres creuses (Jérémie Vidal-Dupiol, Céline Cosseau, Christoph Grunau)

 2017 Research programs
– « IP-Star » : Cofinancement de l’acquisition d’un automate de ChIP-Seq/MeDIP-seq, ouverture de la plateforme Epigénétique Environnementale, labelisé par le Labex CeMEB

 2016 Research programs
– Implication des modifications d’histones dans la réponse environnementale de de l’huitre creuse Crassostrea gigas. (Manon Fallet, Cristian Chaparro, Jean-Michel Escoubas, Christoph Grunau & Céline Cosseau)
– Implication de l’épigénétique dans le support cellulaire de la mémoire immunitaire chez Biomphalaria glabrata. (Silvain Pinaud, Cristian Chaparro, Céline Cosseau, David Duval & Benjamin Gourbal)

2015 Research programs
– Etude des miRNAs de Biomphalaria glabrata (David Duval)
– Etude épigénétique comparative de deux variants chronotypiques de Schistosoma mansoni (Gabriel Mouhaid, Helene Moné, Christoph Grunau, Céline Cosseau et Juliette Langand)
– Rôles respectifs de la génétique et de l’épigénétique dans l’adaptation du parasite Schistosoma mansoni à des hôtes intermédiaires d’origines géographiques différentes (David Roquis, Christoph Grunau, Céline Cosseau, Cristian Chaparro)

 

  • Roquis, D., Rognon, A., Chapparo, C., Boissier, J., Arancibia, N., Cosseau, C., Parrinello, H. and Grunau, C. (2016) Frequency and mitotic heritability of epimutations in Schistosoma mansoni. Mol Ecol 25: 1741-1758.
  • Augusto, R., Minoda, A., Rey, O., Cosseau, C., Chaparro, C., Vidal-Dupiol, J., Allienne, J.F., Duval, D., Pinaud, S., Gourbal, B., Krick, M., Van Andro, M., Mousset, M., Tönges, S., Andiantsoa, R., Luquet, E., Aubret, F., Sow, M., David, P., Thomson, V., Federico, D., Joly, D., Gomes Lima, M., Grunau, C.  Chromatin structure changes in Daphnia populations upon exposure to predator cues – Or – The discovery of Wolterecks “Matrix” – In prep 2019
  • Duval, D. et al. Arm Race Between Endogenous miRNAs From Host And Circulating Xeno-MiRNA Of Parasites. – In prep 2019
  • Pinaud, S., Cosseau, C., Lebron, R., Chapparo, C., Fallet, M., Galinier, R., Duval, D., Grunau, C., Gourbal, B. Hemocytes epigenetic reprogramming drives innate immune memory in the lophotrochozoan snail Biomphalaria glabrata. – In prep 2019

 

2018
conference « Epigenetic Inheritance in Schistosoma mansoni – Biomphalaria glabrata interactions » Céline  Cosseau (invité) Sept 2018, Hydra, Grèce

2017
Oral

– Bataille moléculaire entre petits ARNs au sein de l’interaction hôte/parasite, Biomphalaria glabrata/Schistosoma mansoni. Pinaud S, Portet A, Galinier R, Chaparro C, Gourbal B, Duval D. Immuninv 2017, 7-9 Juin 2017, Lyon
– Innate immune memory, a new paradigm in invertebrates: the case of the vector snail Biomphalaria glabrata. Benjamin Gourbal (invité), Innate Immune Memory 2017, 14-16 Mars 2017, Wellcome Genome Campus, Cambridge, Royaume-Uni.

Poster
– miRNA of parasite become circulating xeno-miRNA to circumvent host immunity in invertebrates.Pinaud S, Portet A, Galinier R, Chaparro C, Gourbal B,Duval D.EMBO Conference on hijacking host signalling and epigenetic mimicry during infections, 13-16 Juin 2017, Paris
– Specific Immune Memory in Invertebrates, a Trained Immunity Hypothesis in Immune Cells from the Schistosomiasis Vector Snail, Biomphalaria glabrata. Pinaud S., Portet A., Duval D., Galinier R., Gourbal B. Innate Immune Memory 2017, 14-16 Mars 2017, Wellcome Genome Campus, Cambridge, Royaume-Uni.
– Histone acetylation modifications in the circadian shedding rhythm of Schistosome mansoni Moné H., Mouahid G., Roquis D., Allienne JF., Al-Mashikhi K., Al-Yafae S., Duval D., Galinier R., Mitta G., Tétreau G., Théron A., Rognon A., Grunau C. ESEB, Groningen, Pays-Bas.

2015
Workshop «Tools for genetic and epigenetic engineering»: Juin 6, 2015 – Narbonne, France
– David Roquis  : “Targets for epigenetic editing in Schistosoma mansoni ?”
– Rodolpho Rondo : “Trans-generational effects of the herbicide Diuron on the methylome of the Pacific Oyster Crassostrea gigas
Ariadna Picard-Picolo : “Targets for epigenetic editing in Pocillopora damicornis?”
– Christoph Grunau  FUGI Project: « Functional genomics for Schistosoma
– Caroline Montagnani : « RNAi in Crassostrae gigas
– David Duval : « RNAi in Biomphalaria glabrata

  • ChIP-Seq
  • MeDIP-Seq
  • WGBS
  • BS-Seq
  • miRNA-Seq
  • SeqCapEpi (Exome capture couplé à du BS-seq)
  • Manipulation des ADNs anciens/dégradés (plateforme ADN dégradé Cemeb)
  • Initiation du projet « GEM »:Génétique et Epigénétique de la résistance au syndrome de Mortalité massive des juvéniles d’huitres creuses (Jérémie Vidal-Dupiol, Céline Cosseau, Christoph Grunau). Ceprojet à par la suite bénéficié d’un financement Direction Scientifique Ifremer et d’une bourse ED305 pour Janan Kahmo Gawra (2018-2021)
  • Initiation du projet « MARCO-POLO » : Monitoring the Adaptive Response of COrals to Past Oceanic cLimatOscillation. Ce projet fait actuellement l’objet de nouvelles collaborations avec du personnel de l’UMR LOCEAN (Delphine Dissard – IRD).
  • Acquisition de IP-Star fin 2017 (cofinancement CeMEB, CNRS, UPVD), en 2018 exécution de 5 projets de recherche (FUGI, Transgigas, ChronoGet, PerlChIP, TigerSnake) et d’un projet de formation par la recherche (école thématique CNRS FieldEpiGen) sur la machine
  • Initiation Contrat ANR [ANR17CE12000501] CHRONOGET (2017-2020): « Recherche des déterminants génétiques, épigénétiques et transcriptomiques du rythme d’émergence des larves responsables de la transmission des schistosomes à l’Homme »
  • Inititation de projet de thèse – Bourse ED305 – Manon Fallet (2016-2019) : « Epigénétique et réponse environnementale chez l’huître creuse d’intérêt économique Crassostrea gigas. »
  • Inititation de projet de thèse – Bourse Région Occitanie – Chrystelle Lasica (2018-2021) : « Contrôle du rythme circadien des schistosomes, parasites de l’Homme aux portes de l’Occitanie »

2015: Workshop «Tools for genetic and epigenetic engineering»: Juin 6, 2015 – Narbonne, France; Jose Juan Lopez-Rubio (Université de Montpellier), David C. Rodriguez, de l’Université de Groningen (Pays-Bas).

RTP 3Epigénétique en Ecologie et Evolution: http://rtp-3e.wix.com/rt3e
Proposition de formation « Epigenetics: DNA methylation and bisulfite treatment » CNRS Formation Entreprises

Christoph Grunau (Equipe EcoEvI) christoph.grunau@univ-perp.fr