IHPE – DUPONT Samuel

DupontIHPE UMR 5244
Université de Montpellier
Place Eugène Bataillon CC 80
F-34095 Montpellier Cedex 5
Tel +33(0)4-67-14-37-26
Fax +33(0)4-67-14-46-22
email: samuel.dupont@ifremer.fr
rond-GB
GRADE : Post-Doctorant
EQUIPE MIMM
RESEAUX SOCIAUX SCIENTIFIQUES (en cours) 
DOMAINE D’EXPERTISE :
Microbiologie, Virologie, Ecologie, Biologie moléculaire, Microscopie, Chimie des substances naturelles.
RECHERCHE :
« Hémo-microbiote de Crassostrea gigas: diversité microbienne et dynamique lors de pathogénèse expérimentale. »
L’huître Crassostrea gigas, espèce la plus exploitée en France et dans le monde, souffre d’épisodes de mortalité estivale dévastateurs, dont la gravité a augmenté de façon spectaculaire depuis 2008. Des projets de recherche ont mis en évidence que ces mortalités étaient liées à: des facteurs abiotiques, des pratiques d’élevage, la génétique des huîtres, leur histoire de vie, leur statut immunitaire et, bien sûr, des agents pathogènes. Il a été récemment suggéré que les bactéries vivant dans l’hémolymphe des huîtres (hémo-microbiote) pourraient également être un facteur affectant la fitness des huîtres. Cependant, la plupart des recherches ne prennent pas en compte l’hémo-microbiote global, mais se concentrent sur les populations bactériennes. Le post-doctorant sera associé à un programme de recherche intégrant (i) l’analyse qualitative et quantitative de la globalité de l’hémo-microbiote (virus, procaryotes et eucaryotes) par des approches classiques (microscopie et cytométrie) mais aussi des approches de métagénomique (metabarcoding et « shotgun metagenomic sequencing ») ; (ii) l’analyse de la dynamique de l’hémo-microbiote chez des huîtres de fonds génétiques différents et de statuts immunitaires variés et ce, dans des environnements et après des histoires d’interactions différents entre les protagonistes de ce pathosystème. Ces études permettront de déterminer si l’huître peut contrôler, adapter la composition de son hémo-microbiote pour améliorer sa fitness, en particulier dans le contexte de l’émergence de maladies.
CURSUS :
2014-2015 Post-doctorat en virologie (Laboratoire de Microbiologie des Environnements Extrêmes UMR6197 CNRS-UBO-Ifremer, Plouzané)
Projet de recherche: « Isolements, purifications et caractérisations de particules virales et de vésicules membranaires à partir d’archées méthanogènes hyperthermophiles provenant de sources hydrothermales océaniques profondes. » LM2E UMR 6197
2010-2013  Doctorat en écologie microbienne (Université Pierre et Marie Curie, Paris)
Projet de recherche: « Etude du microbiome associé à l’éponge carnivore Asbestopluma hypogea » (MCAM UMR7245 CNRS – MNHN)
2009-2010 Master 2 mention « Microbiologie Fondamentale et Appliquée » (Université de Bretagne Occidentale, Brest)
Stage: «  Diversité des microeucaryotes et des procaryotes des sédiments marins profonds du bassin du New-Jersey » (LUBEM EA3882 UBO)
2008-2009  Master 1 mention « Biologie et Santé » (Université de Bretagne Occidentale, Brest)
Stage: « Diversité des bactéries et des virus thermophiles des sources hydrothermales terrestres des iles sub-Antarctiques française par approche culturale » (LM2E UMR6197, Plouzané)
 2006-2008: Licence de biologie mention « Biologie des Organismes et des populations » (Université de Bretagne Occidentale, Brest)
2004-2006: DUT de biologie mention « Industries Alimentaires et Biologiques » (Université de Rennes 1, Saint-Brieuc)

 

DERNIERES PUBLICATIONS (hors thématique actuelle) :
J. Lossouarn, S. Dupont, C. Mercier, A. Gorlas, P. Forterre & C. Geslin. An abyssal mobilome : virus, plasmids and vesicles from deep-sea hydrothermal vents. Acceptée dans Research in microbiology (2015) doi:10.1016/j.resmic.2015.04.001
S. Dupont, A. Carré-Mlouka, I. Domart-Coulon, J. Vacelet, & M. L. Bourguet-Kondracki. Exploring cultivable Bacteria from the prokaryotic community associated with the carnivorous Asbestopluma hypogea ». FEMS Ecology Microbiology (2014) 88:160-174
S. Dupont, A. Carré-Mlouka, F. Descarrega, A. Ereskovsky, A.Longeon, E. Mouray, I. Florent & M. L. Bourguet-Kondracki. Biodiversity and biological activities of the bacterial community associated with the marine sponge Phorbas tenacior (Porifera, Demospongiae). Letters in applied microbiology (2014) 58 :42-52
Orange, S. Dupont, O. Le Goff, N. Bienvenu, J.R. Disnar, F. Westall & M. Le Romancer. Experimental fossilisation of the thermophilic Gram-positive Bacteria Geobacillus SP7A: a long duration morphological and survival study. Geomicrobiology (2014)
S. Dupont, E. Corre, Y. Li, J. Vacelet, & M. L. Bourguet-Kondracki. First insights into the microbiome of a carnivorous sponge. FEMS Ecology Microbiology (2013) 86:520-531
S. Dupont, E. Corre, Y. Li, J. Vacelet, & M. L. Bourguet-Kondracki. Diversity of bacteria associated with the carnivorous sponge Asbestopluma hypogea. Cytotechnology (2013) 65:686-687