IHPE – équipe EcoEvI (Ecologie et Evolution des Interactions)

Responsable : C. Grunau      picto-mail                                                                                rond-GB



 L’objectif de nos travaux est d’élucider les interactions entre l’environnement, la diversité et l’adaptabilité («fitness»), et d’en décrypter les bases moléculaires par des approches intégratives afin de mieux comprendre les mécanismes évolutifs et adaptatifs des interactions entre hôtes et symbiotes et/ou parasites en populations naturelles et proposer des stratégies de contrôle.
 
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Evolution des InteractionsApproche écologique du contrôle des maladiesBases moléculaires des interactions
Nous étudions l'effet des environnements (biotique et abiotique) sur l'évolution des organismes et l'organisation du vivant. Nos projets actuels visent à identifier l'impact de ces variations héritables et la biogéographie des organismes ainsi que sur la santé humaine. Notre vision de l'héritabilité est inclusive ; elle intègre la transmission d'éléments génétiques, épigénétiques, cytoplasmiques et de symbiotesLes maladies tropicales négligées (NTD) affectent aujourd’hui 1/6 de la population mondiale et ne cessent de prendre de l’ampleur. Nous développons des approches intégrées pour le contrôle des maladies tropicales négligées avec un intérêt particulier pour les différentes formes de schistosomoses. Récemment, notre groupe a caractérisé le foyer qui a émergé en Europe du sud (Corse) en 2013. De plus, nous travaillons en collaboration avec des partenaires dans les zones d'endémie sur de nouvelles stratégies de contrôle.Nous travaillons sur la compréhension des bases moléculaires régissant les interactions entre les hôtes et leurs environnements biotiques (parasites, symbiotes ou commensaux) et abiotiques. Des approches intégratives sont utilisées afin de caractériser les mécanismes de la compatibilité au sein de l’holobionte, et les processus adaptatifs de ces interactions. Un intérêt particulier est porté à la réponse immunitaire innée et mémoire chez les invertébrés.
- Publication dans Nature Communication : relai sur le site INEE et le twitter du CNRS
-Workshop CEMEB « Epigenetics for (Field)Ecologists » (Montpellier, France) 4-6/05/2017 (! organisateurs !)
– Workshop FUGI (Perpignan, France) 8-10/03/2017 (! organisateurs !)
– Workshop CEMEB « Epigenetics in Ecology and Evolution » (Montpellier, France) 4/04/2016
– Workshop IIMII (Perpignan, France) 30/03/2016 (! organisateurs !)
– Ecole Thématique CNRS  « BioPerspectives » (Cargèse, Corse) 29/03 au 2/04/2016
– Workshop « mollusk epigenetic » (Montpellier, France) 02/02/2016 (! organisateurs !)
PERSONNEL PERMANENT :
- ALLIENNE Jean-François, Technicien CNRS (100%)
BOISSIER Jérôme, MCU UPVD (100%)
- COSSEAU Céline MCU UPVD (100%)
- DUVAL David MCU UPVD (100%)
- GALINIER Richard IR CNRS (100%)
GOURBAL Benjamin MCU UPVD (100%)
GRUNAU Christoph PR UPVD (100%)
LANGAND Juliette, MCU UPVD (100%)
MONE Hélène, DR CNRS (100%)
MOUAHID Gabriel, MCU UM2 (100%)
REY Olivier, MCU UPVD (100%)
TOULZA Eve, MCU Chaire UPVD-CNRS (100%)
POST-DOCTORANTS :
CLERISSI Camille, Post-Doctorant IFREMER (50% MIMM, 50% ECOEVI)
DE CARVALHO AUGUSTO Ronaldo, Post-Doctorant CNRS
DOCTORANTS :
- ALBA Annia, Doctorante, Co-tutelle UPVD/La Havane
- ALIAGA Benoît, Doctorant, Allocataire UPVD
FALLET Manon, Doctorante, Allocataire UPVD
HUOT Camille, doctorante, Allocataire UPVD
- KINCAID-SMITH Julien, Doctorant UPVD
- PINAUD Silvain, Doctorant, Allocataire UPVD
- PORTET Anaïs, Doctorante, Allocataire UPVD
VISITEURS :
BOON Nele, Katholieke Universiteit Leuven BELGIQUE
BULLA Ingo, Institut für Mathematik und Informatik, Universität Greifswald, ALLEMAGNE
COUTINHO CARNEIRO Vitor, Instituto de Bioquimica Medica de l’Universidade do Brasil, BRESIL
FNEICH Sara, INRA Jouy-en-Josas, FRANCE
GOMEZ-DIAZ Elena, Station Biologique Donana, Séville, ESPAGNE
- KEBEDE TadesseUniversité Addis Ababa, Ethiopie
- LIMA Mariana, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, BRESIL
- PRATX Loris, INRA Institut Sophia Agrobiotech, Sophia Antipolis, Nice, FRANCE
SENTIS Arnaud, Laboratoire Evolution et Diversité Biologique EDB, Université de Toulouse III, Toulouse FRANCE
ANCIENS  :
TETREAU Guillaume (Post-Doc 2015-2017 UPVD) Post-doctorant, Institut de Biologie Structurale, Grenoble, France email
ROQUIS David (2012-2015) Post-Doctorant, laboratoire « Population Epigenetics and Epigenomics » , Technischse Universität München, Munich, Allemagne email
RONDON Rodolfo
- PICARD Marion (2011-2015) Post-doctorante, Institute of Science and Technology Austria: IST Austria », Vicoso Group, Autriche email
FNEICH Sara (2011-2014) Post-Doctorante INRA, UMR 1198 Biologie du Développement et de la Reproduction, Jouy en Josas, FRANCE  email
- PORTELA Julien (2010-2013) Ingénieur à « Paradev » email 
DHEILLY Nolwenn (PostDoc 2011-2013) Assistant Professor, Stony Brook University, NY, USA
- LEPESANT Julie (2009-2012) Post-doctorante, Fondation ARC pour la Recherche sur le Cancer, Toulouse, FRANCE email
- BECH Nicolas (2008-2010) Maître de Conférences, Université de Poitiers email  
- MONE Yves (2007-2010) Post-doctorant, INRA Montpellier, FRANCE
- MINTSA N’GUEMA Rodrigues (2006-2010) Maître de Conférences, Université de Franceville, Gabon email
- BELTRAN Sophie (2006-2010) Maître de Conférences, Université de Poitiers email
- AFFOURMOU Kouamé (2007-2009) Maître de Conférences, Université de Cocody, COTE D’IVOIRE email
- ROGER Emmanuel (2004-2008) Maître de Conférences, Université de Lille I, FRANCE email

Protocols in molecular biology and epigenetics © BMC


General Methods

Epigenetics

Bio-Informatics

Cell lines

  • HT1080: human fibrosarcoma culture (male), epithelial-like adherent cells growing as monolayers
  • TOU: lymphoblast cell culture, immortalized by transformation with EBV, contains 21p-

Schistosoma mansoni

PRINCIPALES COLLABORATIONS NATIONALES :
- Toulouse, Labo Pierre Fabre Centre de Recherche & Développement (P.B. ARIMONDO)
- Toulouse, Laboratoire de Chimie de Coordination (A. ROBERT & B. MEUNIER)
– Nice, INRA Sophia-Antipolis (P. ABAD & C. COUSTAU)
- Lille, U 547 Inserm-Université Lille 2-Institut Pasteur (R. PIERCE & E. ROGER)
- Strasbourg, Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire-CNRS (J-M. REICHHART)
- Dijon, BioGéoSciences CNRS-Université de Bourgogne (Y. MORET)
- Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage CNERA Faune de Montagne (C. NOVOA)
- Université Pierre et Marie Curie, Observatoire Océanologique de Banyuls sur Mer (Y. DESDEVISES)
- Montpellier, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (M. GAUTIER)
- Université de Poitiers (N. BECH & S. BELTRAN)
PRINCIPALES COLLABORATIONS INTERNATIONALES :
- Espagne, Universidad de Valencia, Dept Parasitologia (S. MAS-COMA)
Suisse, Université de Basel (L. DU PASQUIER)
Belgique, Royal Museum for Central Africa, Tervuren (T. HUYSE)
Belgique, Laboratory of Biodiversity and Evolutionary Genomics, Leuven (N. BOON)
Allemagne, Max Planck Institute for Chemical Ecology, Jena (M. REICHELT)
- Norvège, Université de Bergen, Dept Mathématiques (J. BULLA)
- USA, Oregon State University, Corvallis (M. FREITAG & M. BLOUIN)
USA, University of New Mexico, Center for Evolutionary and Theoretical Immunology (C. ADEMA)
USA, Texas Biomedical Research Institute (T. ANDERSON)
Brésil, Centro de Pesquisas Rene Cachou, Belo Horizonte (G. OLIVEIRA)
- Venezuela, Universidad Central de Venezuela, Instituto de Medicina Tropical, Caracas (O. NOYA)
- Ethiopie, Université de Gondar (M. AEMERO)
Ethiopie, Université d’Addis Abeba (B. ERKO)
- Bénin, Université d’Abomey-Calavi, Faculté des Sciences de la Santé, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Cotonou (A. MASSOUGBODJI)
- Bénin, Université d’Abomey-Calavi, Faculté des Sciences et Techniques, Dept Zoologie et Génétique (M. IBIKOUNLE)
- Gabon, Université des Sciences de la Santé, Faculté de Médecine, Dept Parasitologie-Mycologie, Libreville (M. KOMBILA)
- Gabon, CENAREST/ IRET Libreville (R. MINTSA NGUEMA)
Oman, Sultan Qaboos University, Department of Microbiology and Immunology, College of Medicine and Health Sciences, Muscat (M. IDRIS)
Oman, Sultan Qaboos Hospital, Directorate General of Health Services, Salalah (S. YAFAE)

INTERACTIONS

FUGE – Functional genomics & epigenomics of parasites

*FUGI : Functional genomics of flatworms – work-package epigenetic analysis : Flatworm Functional Genomics Initiative (FUGI) is a consortium funded by a Wellcome Trust Strategic Award to develop new research tools for the study and manipulation of parasitic flatworm species responsible for the devastating diseases echinococcosis (hydatid disease) and schistosomiasis (bilharzia). Our part of the project is to establish chromatin signatures for cestode and trematode stem cells
(Wellcome Trust Strategic Award)
Christoph GRUNAU, Benoit ALIAGA, Ronaldo AUGUSTO, David DUVAL
http://www.sanger.ac.uk/science/collaboration/flatworm-functional-genomics-initiative-fugi
*PROFIL : Epigenetic profiles of SP1 stem cells
(Contrat Doc handicap MESR 2014 – 2017)
Christoph GRUNAU, Benoit ALIAGA, Ronaldo AUGUSTO, David DUVAL

CHRONOS – genetic and epigenetic bases of the chronobiology of S. mansoni

* EpiCHRON : Etude épigénétique comparative de deux chronotypes de  mansoni (GenEpi 03/2015)
Hélène MONÉ, Gabriel MOUAHID, Christoph GRUNAU
http://ihpe.univ-perp.fr/ihpe-defi-epigenetique/
* PoolCHRON : Comparaison de séquençage populationnel de deux chronotypes du mansoni (en collaboration avec Oman)
Hélène MONÉ, Eve TOULZA, Julien KINCAID-SMITH, Gabriel MOUAHID
*GenoCHRON : QTL Mapping de deux chronotypes (en collaboration avec Texas Medical University et Oman)
Hélène MONÉ, Gabriel MOUAHID, Juliette LANGAND, Tim ANDERSON

COMPAT – Bases and Mechanisms of Compatibility between parasites and snails

* COMPATMAP : Mapping of compatibility genes in mansoni (en collaboration avec Texas Medical University)
Tim ANDERSON, Anne ROGNON, Anaïs PORTET, David DUVAL, Benjamin GOURBAL
* STRESS : Compatibilité et stress environnemental
David DUVAL, Benoit ALIAGA, Anais PORTET, Silvain PINAUD, Anne ROGON
* SELECT : Sélection de l’incompatibilité chez Biomphalaria glabrata
David DUVAL, Anne ROGNON
* HISTO : Histologie comparative des familles de BgGUA sensibles et résistantes à SmGH2.
Collaboration avec Michael BLOUIN (Oregon state University, USA)
Benjamin GOURBAL, Allan, Euan RAMSAY, Michael BLOUIN
* CUBA : Compatibilité de Fasciola hepatica avec Pseudosuccinea collumela (thèse en co-tutelle entre le laboratoire IHPE à l’Université de Perpignan et l’institut « Pedro Kouri » de la Havane Cuba)
(Financement Ambassade de France à Cuba 2015-2018)
Annia ALBA MENENDEZ, Antonio Alejandro VAZQUEZ PERERA, David DUVAL, Benjamin GOURBAL

HYBRID – Mechanisms and Effects of parasite hybridisations

* HYBRIDVIE : Modification des traits d’histoire de vie au cours de l’hybridation et analyse des mécanismes moléculaires sous-jacents chez les parasites plathelminthes du genre Schistosoma
(Contrat ED)
Eve TOULZA, Jérome BOISSIER, Julien KINCAID-SMITH, Olivier REY
* INTRO : Analyse de l’introgression à l’échelle du génome de l’hybride corse
Eve TOULZA, Julien KINCAID-SMITH, Ingo BULLA, Jérome BOISSIER, Olivier REY
* SCHISTOCORSE : Appui à la surveillance environnementale du risque de bilharziose en Corse (ARS)
Jérôme BOISSIER, Eve TOULZA, Julien KINCAID-SMITH, Jean-François ALLIENNE
* SCHISTOBEN : Introgressive hybridization between haematobium and S. bovis in Southern Benin. Projet de thèse en cotutelle.
Moudachirou IBIKOUNLE, Hélène MONE, Juliette LANGAND, Gabriel MOUAHID, Jean-François ALLIENNE
* SCHISTOCAM : Investigation of genetic population structure of mansoni and S. haematobium in Cameroon (avec Univ des Montagnes, Cameroun)
Jérome BOISSIER, Félicité DJUIKWO, Jean-François ALLIENNE

CONTROL – New diagnostic and treatment options against schistosomes

* ANTISCHISTO : Design, synthesis and biological evaluation of praziquantel and endoperoxide conjugates as antischistosomal agents (avec Soochow University, China)
Jérome BOISSIER, Chunhua QIAO
* EUPHORBIA : Gene expression in the mansoni exposed to Euphorbia milii latex
(CNPq Brésil)
Ronaldo AUGUSTO, Christoph GRUNAU, Guillaume TETREAU
* eDNA : L’ADN environnemental, un nouvel outil diagnostic pour la Bilharziose urinaire
(BQR 2016)
Jérome BOISSIER, Eve TOULZA, Oliver REY, Jean-François ALLIENNE, Stephen MULERO (stage M1)

IMMUNITY – Mecanisms of invertebrate immunity

* INVIMORY : Immunité mémoire chez les invertébrés : spécificité et mécanismes de l’immunité mémoire chez le mollusque Lophotrochozoaire Biomphalaria glabrata
(2014-2018 ANR)
Benjamin GOURBAL, David DUVAL, Silvain PINAUD, Richard GALINIER
http://www.agence-nationale-recherche.fr/?Projet=ANR-13-JSV7-0009
* PRIMO : Bases moléculaires et cellulaires de la primo réponse immunitaire chez glabrata
(Contrat Doc MESR 2014 – 2017)
Benjamin GOURBAL, Anaïs PORTET, David DUVAL
* SURFACE : Caractérisation du support cellulaire de la mémoire immunitaire chez les Lophotrochozoaires. Identification de marqueurs membranaires hémocytaires afin de caractériser les infra-populations de cellules immunitaires
(BQR 2016)
Benjamin GOURBAL, Anaïs PORTET, Silvain PINAUD, David DUVAL
* BIOMPHALYSINE : Diversité et fonction des biomphalysines chez glabrata
David DUVAL, Silvain PINAUD, Guillaume TETREAU, Marie BUYSE

MICROBE – Microbial diversity and Holobiont dynamics in mollusks

* MICROBIOMPH : Diversité microbienne et dynamique du microbiote chez le mollusque gastéropode Biomphalaria glabrata. Analyse metabarcoding 16S de la diversité du microbiote intestinal et mucosal et suivi de sa dynamique au cours d’un stress d’infection parasitaire à mansoni.
(Défi Holobionte et Fitness 2015)
Benjamin GOURBAL, Anaïs PORTET, David DUVAL, Eve TOULZA, Richard GALINIER
http://ihpe.univ-perp.fr/ihpe-defi-holobionte/
* MISMAtcH : Microbiota Interaction between SchistosoMA and its Host. Caractérisation et rôle du microbiote dans l’interaction hôte/parasite, Biomphalaria glabrata et Schistosoma mansoni, agent responsable de la bilharziose.
(2016-2019 – Contrat ED)
Camille HUOT, David DUVAL, Richard GALINIER, Eve TOULZA.
* AMIGO : Association MIcrobiota – GenOtype : specificity and stability in healthy and diseased oysters
(AAP postdoc IFREMER)
Eve TOULZA, Camille CLERISSI
* DECIPHER-2 : Déchiffrage des maladies multifactorielles : le cas des mortalités d’huître. Task 2 : Characterizing the holobiont dynamics variability in challenged oysters
(ANR DECIPHER 2015-2019)
Eve TOULZA, Cristian CHAPARRO, Aude LUCASSON, Yannick GUEGUEN, Julien DE LORGERIL
http://www.agence-nationale-recherche.fr/projet-anr/?tx_lwmsuivibilan_pi2%5BCODE%5D=ANR-14-CE19-0023
* BIOMPHALARIA VIRUS : Identification et caractérisation des virus ARN de Biomphalaria à partir des données de RNAseq.
Richard GALINIER, Guillaume TETREAU, Anaïs PORTET, David DUVAL, Silvain PINAUD, Benjamin GOURBAL

EPIMORY- Implication de mécanismes épigénétiques dans la mémoire immunitaire chez les mollusques

* HEMOMeth: Approche BS-seq pour étudier les modifications de methylation de l’ADN hémocytaires au cours d’une infection par mansoni chez B. glabrata.
(GenEpi 2016)
Céline COSSEAU, Manon FALLET
http://ihpe.univ-perp.fr/ihpe-defi-epigenetique/
* ATAC : Mis en place de l’ATAC-Seq chez glabrata et C. gigas
(GenEpi 2016)
Silvain PINAUD, Maxime LAFONT, Caroline MONTAGNANI, Benjamin GOURBAL, Céline COSSEAU, Christoph GRUNAU, Cristian CHAPARRO, David DUVAL
http://ihpe.univ-perp.fr/ihpe-defi-epigenetique/
* TRANSGIGAS : Acquisition de résistances TRANS générationnelles chez l’huître creuse Crassostrea GIGAS : implication de la composante épigénétique
(2016-2019 – Chercheur d’Avenir Région LR –)
Céline COSSEAU, Manon FALLET
* VIVALDI-2 : Occurrence of epigenetic changes in oysters resisting to summer mortalities
VIVALDI WP-2 (H2020)
Guillaume MITTA, Célline COSSEAU, Christoph GRUNAU
http://www.vivaldi-project.eu/European-funding-for-research/Horizon-2020
 * EPIPARA : Génie Epigénétique : contrôle parasitaire avec des « armes » non conventionnelles
Christoph GRUNAU, Célline COSSEAU, Nelia LUVIANO

MATER – Parental effects in insects

* MATER-IMMUNITY : Transfert maternel d’immunité chez les insectes / Caractérisation fonctionnelle et évolution (en collaboration avec UMR 6282 BioGéoSciences CNRS/Université Bourgogne Franche Comté et Institut Sophia Arobiotech)
(2014-2019 – ANR )
Yannick MORET, Guillaume TETREAU, Richard GALINIER, David DUVAL, Benjamin GOURBAL,
http://www.agence-nationale-recherche.fr/?Projet=ANR-14-CE02-0009
* CytoFLY : Cytoplasmic allopatric and sympatric effects on the genome and epigenome of Drosophila melanogaster (en collaboration avec TU Dresden)
Klaus REINHARDT, Christoph GRUNAU

CORAIL – l’interaction symbodinium / microbiote / cnidaire face au stress environnementale

* ADACNI : Dynamique de l’holobionte corallien et plasticité transcriptomique: variabilité interspécifique, interpopulationnelle et interindividuelle
(ANR + Contrat ED 2013-2016, ATER 2017)
Eve TOULZA, Kelly BRENER, Guillaume MITTA, Olivier REY
http://www.agence-nationale-recherche.fr/suivi-bilan/editions-2013-et-anterieures/environnement-et-ressources-biologiques/adaptation-des-genes-aux-populations-genetique-et-biologie-de-ladaptation-aux-stress-et-aux-perturbations/fiche-projet-genom-btv/?tx_lwmsuivibilan_pi2%5BCODE%5D=ANR-12-ADAP-0016
* BIOGENO : BIOGeographie de l’association GENOtype / microbiote chez Pocillopora damicornis
Eve TOULZA (en collaboration avec François BONHOMME et Mehdi ADJEROUD), Kelly BRENER
* ThermoTol (2008-2016) : Adaptation de Pocillopora acuta à un stress thermique sur 3 generations: implication du génotype, épigénotype et du symbiote
(ANR ADACNI)
Jérémie VIDAL-DUPIOL, Eve TOULZA, Cristian CHAPARRO, Christoph GRUNAU, Kelly BRENNER, David ROQUIS, Guillaume MITTA
http://www.agence-nationale-recherche.fr/suivi-bilan/editions-2013-et-anterieures/environnement-et-ressources-biologiques/adaptation-des-genes-aux-populations-genetique-et-biologie-de-ladaptation-aux-stress-et-aux-perturbations/fiche-projet-genom-btv/?tx_lwmsuivibilan_pi2%5BCODE%5D=ANR-12-ADAP-0016

Emerging projects

* CrispSnail :Mise en place de Crispr/CAS9 chez B. glabrata (BQR 2017)
David DUVAL
* ParaPO :Evaluation du parasitisme à trématodes (grande douve et paramphistome) dans le département des Pyrénées-Orientales
Juliette LANGAND
* PATHOSEN : Analyse du différence de pathogenicité de souches mansoni du Senegal (en collaboration avec Laboratory of Biodiversity and Evolutionary Genomics et Insitutde Medecine Tropicale de Antwerpen)
Benjamin GOURBAL, Christoph GRUNAU, Tine HUYSE, Nele BOON
* IMPRINTING : Sex-specific parental imprinting in the trematode Schistosoma mansoni
Julien KINCAID-SMITH, Eve TOULZA, Céline COSSEAU, Jérome BOISSIER
* GENETHIOPIA : Investigation of genetic population structure of Schistosoma mansoni isolates from humans and non-human primates in Ethiopia (Univ Addis Abbeba)
Jérome BOISSIER, Tadesse KEBEDE, Jean-François ALLIENNE
* CO-INFECT : Recherches centrée sur la problématique du polyparasitisme avec les co-infections paludisme-helminthes chez les femmes enceintes et les jeunes enfants.
A. GARCIA, Hélène MONE, Gabriel MOUAHID, Moudachirou IBIKOUNLE
* ECHINO : Etude systématique d’Echinostoma parasite de Biomphalaria pfefferi au Sénégal
Benjamin GOURBAL, Gabriel MOUAHID
* PFEFFERI : Etude systématique de quelques trématodes parasites de Biomphalaria pfefferi en Oman
Hélène MONE, Gabriel MOUAHID
* VANUATU : Etude systématique de quelques trématodes parasites de poissons des îles Vanuatu
Elisabeth FALIEX, R.A. BRAY, Gabriel MOUAHID
* INDOPLANORBIS : Indoplanorbis exustus est un gasteropode d’eau douce vecteur de plusieurs espèces de schistosomes du bétail domestique en Asie ( incognitum, S. nasale, S. indicum). Sa présence en Afrique a été mise en évidence récemment au Gabon et au Bénin et pose le problème de l’expansion des schistosomes asiatiques en Afrique. L’objectif est de voir où se situent les populations africaines par rapport aux populations asiatiques (phénomène d’introduction ou non)
En collaboration avec le Bénin et Oman.
Hélène MONE, Gabriel MOUAHID, Jean-Pierre POINTIER, Camille CLERISSI
* INFEST : Mécanismes d’infestation d’un parasite de poisson d’eau douce (Tracheliastes polycolpus) par une approche intégrative.
Thèse en co-tutelle entre le laboratoire IHPE à l’Université de Perpignan, et le laboratoire EDB à Toulouse.
Géraldine LOOT, Simon BLANCHET, Eglantine MATHIEU-BEGNE, Olivier REY

VIRUS

 * RESIVIR : Recherche et caractérisation de virus résidents dans les différents modèles biologiques du laboratoire (Crassostrea gigas, Biomphalaria glabrata, Schistosoma mansoni et Pocillopora damicornis).
(Défi Holobionte et Fitness 2016)
Richard GALINIER, Cristian CHAPARRO, Jean-Michel ESCOUBAS
http://ihpe.univ-perp.fr/ihpe-defi-holobionte/

GESTION DURABLE DES RESSOURCES

* PERDIX : Identité et variabilité génétique des populations de Perdrix grise en France
(ONCFS 2015-2017)
Jérome BOISSIER, Nicolas BECH (Univ Poitiers), Elisabeth BRO (ONCFS), Claude NOVOA (ONCFS), Jean-François ALLIENNE
 * CUNIPAT : Analyse et conception de modes de gestion intégrés (pâturage, production, santé animale) en systèmes cunicoles AB. Analyse de la résistance aux parasites via l’ingestion de tannins chez le lapin.
(AgriBio4 / INRA 2015-2018)
David DUVAL,
* KEOPS 2 (Kerguelen Ocean and Plateau compared Study 2) : Impact of natural iron fertilization on the biogeochemical cycles in the Southern Ocean
Analyse métatranscriptomique de la réponse microbienne à la fertilisation.
Ingrid OBERNOSTERER (Banyuls), Sara BEIER (Bremerhaven), Pavla Debeljak, E TOULZA

EPIGENETIQUE & EVOLUTION / BIO-MATHEMATIQUE

* NOTOS : Statistical modelling in Epigenetics: a pan-species study of distribution of CpG o/e ratios and DNA methylation patterns
(AURORA 2015 – Campus France (collaboration Norvège) / RTP-3E 2015 / Contrat Doc handicap MESR 2014-2017)
Christoph GRUNAU, Benoit ALIAGA, Ingo BULLA, Jan BULLA, Cristian CHAPARRO

PAST PROJECTS

* TransDIURON : Développement des marquers pour l’exposition parental au Diuron chez les naissants d’huitre gigas basé sur la methylation de l’ADN (en collaboration avec Ifremer Nantes)
Céline COSSEAU, Christoph GRUNAU

DISCLAIMER – Our group provides this data in good faith, but makes no warranty, express or implied, or assumes any legal liability or responsibility for any purpose that the data is used for.


MethDB:  the database for DNA methylation and environmental epigenetic effects.


PrimerDB:  the local oligonucleotide database (access restriction applies).


AntibodyDB:  the local antibody database (access restriction applies).


Local Galaxy Instance provides a graphical interface for bioinformatics analysis (access restriction applies)


SchistoGbrowse v2.54 genome browser for assembly version 5.2 (access restriction applies)


SnakeCharmer for selection of restriction enzymes for COmbined Bisulfite Restriiction Assay (COBRA)


MethTools analysis of bisulfite DNA methylation sequencing