IHPE – équipe EcoEvI (Ecologie et Evolution des Interactions)

Responsable : C. Grunau      picto-mail                                                                                rond-GB



 L’objectif de nos travaux est d’élucider les interactions entre l’environnement, la diversité et l’adaptabilité («fitness»), et d’en décrypter les bases moléculaires par des approches intégratives afin de mieux comprendre les mécanismes évolutifs et adaptatifs des interactions entre hôtes et symbiotes et/ou parasites en populations naturelles et proposer des stratégies de contrôle.
 
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Evolution des InteractionsApproche écologique du contrôle des maladiesBases moléculaires des interactions
Nous étudions l'effet des environnements (biotique et abiotique) sur l'évolution des organismes et l'organisation du vivant. Nos projets actuels visent à identifier l'impact de ces variations héritables et la biogéographie des organismes ainsi que sur la santé humaine. Notre vision de l'héritabilité est inclusive ; elle intègre la transmission d'éléments génétiques, épigénétiques, cytoplasmiques et de symbiotesLes maladies tropicales négligées (NTD) affectent aujourd’hui 1/6 de la population mondiale et ne cessent de prendre de l’ampleur. Nous développons des approches intégrées pour le contrôle des maladies tropicales négligées avec un intérêt particulier pour les différentes formes de schistosomoses. Récemment, notre groupe a caractérisé le foyer qui a émergé en Europe du sud (Corse) en 2013. De plus, nous travaillons en collaboration avec des partenaires dans les zones d'endémie sur de nouvelles stratégies de contrôle.Nous travaillons sur la compréhension des bases moléculaires régissant les interactions entre les hôtes et leurs environnements biotiques (parasites, symbiotes ou commensaux) et abiotiques. Des approches intégratives sont utilisées afin de caractériser les mécanismes de la compatibilité au sein de l’holobionte, et les processus adaptatifs de ces interactions. Un intérêt particulier est porté à la réponse immunitaire innée et mémoire chez les invertébrés.
– proposition de stage de master 2 pour 2018-2019 (télécharger)
– organisation de l’école thématique FiedlEpigen du RTP 3E , 24-29/06/2018 à Perpignan
– Colloque d’écophysiologie animale CEPA3 à Strasbourg, 6-8/11/2017
– Visite des collègues du labex Cemeb : C.Chaparro; D.Horton (Brunel Univ UK); R. Lebron (Univ Granada ESP); M.Fallet; R.Augusto; A.Taudt (Univ Munich D); C.Grunau; J.Bridgert (Brunel Univ UK) 07/2017
Cemeb-juillet– Publication dans Nature Communication : relai sur le site INEE et le twitter du CNRS
-Workshop CEMEB « Epigenetics for (Field)Ecologists » (Montpellier, France) 4-6/05/2017 (! organisateurs !)
– Workshop FUGI (Perpignan, France) 8-10/03/2017 (! organisateurs !)
– Workshop CEMEB « Epigenetics in Ecology and Evolution » (Montpellier, France) 4/04/2016
– Workshop IIMII (Perpignan, France) 30/03/2016 (! organisateurs !)
– Ecole Thématique CNRS  « BioPerspectives » (Cargèse, Corse) 29/03 au 2/04/2016
– Workshop « mollusk epigenetic » (Montpellier, France) 02/02/2016 (! organisateurs !)

Une partie de l’équipe EcoEvI en mai 2018 (Octobre 2017)

PERSONNEL PERMANENT :
ALLIENNE Jean-François, Technicien CNRS (100%)
BOISSIER Jérôme, PR UPVD (100%)
BULLA Ingo, Ingénieur de Recherches CNRS (100%)
COSSEAU Céline MCU UPVD (100%)
DUVAL David MCU UPVD (100%)
GALINIER Richard IR CNRS (100%)
GOURBAL Benjamin MCU UPVD (100%)
GRUNAU Christoph PR UPVD (100%)
LANGAND Juliette, MCU UPVD (100%)
MONE Hélène, DR CNRS (100%)
MOUAHID Gabriel, MCU UM2 (100%)
REY Olivier, MCU UPVD (100%)
TOULZA Eve, MCU Chaire UPVD-CNRS (100%)
POST-DOCTORANTS :
DE CARVALHO AUGUSTO Ronaldo, Post-Doctorant CNRS
DOCTORANTS :
ALBA Annia, Doctorante, Co-tutelle UPVD/La Havane
ANGORA Etienne, Doctorant UPVD-Université de Basel Suisse
FALLET Manon, Doctorante, Allocataire UPVD
HUOT Camille, doctorante, Allocataire UPVD
KINCAID-SMITH Julien, Doctorant UPVD
LASICA Chrystelle, Doctorante UPVD
LASSALLE Damien, Doctorant UPVD
LUVIANO APARICIO Nelia, Doctorante UPVD
MULERO Stephen, Doctorant UPVD
SAVASSI Boris, Doctorant UPVD
VISITEURS :
LEBRON Ricardo,Universidad de Granada ESPAGNE email
BRIDGER Joanna, Brunel University London ANGLETERRE email
HORTON Daniel, Brunel University London ANGLETERRE email
BOON Nele, Katholieke Universiteit Leuven BELGIQUE email
COUTINHO CARNEIRO Vitor, Instituto de Bioquimica Medica de l’Universidade do Brasil, BRESIL
FNEICH Sara, INRA Jouy-en-Josas, FRANCE
GOMEZ-DIAZ Elena, Station Biologique Donana, Séville, ESPAGNE
KEBEDE TadesseUniversité Addis Ababa, Ethiopie
LIMA Mariana, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, BRESIL
PRATX Loris, INRA Institut Sophia Agrobiotech, Sophia Antipolis, Nice, FRANCE
SENTIS Arnaud, Laboratoire Evolution et Diversité Biologique EDB, Université de Toulouse III, Toulouse FRANCE
ANCIENS  :
ALIAGA Benoît, Doctorant, Allocataire UPVD
CLERISSI Camille, (Post-Doctorant IFREMER) Maître de Conférences EPHE
PINAUD Silvain (Doctorant 2013-2017) Post-doctorant, Wellcome Sanger Institute, Hinxton UK
PORTET Anaïs (Doctorante 2013-2017)
TETREAU Guillaume (Post-Doc 2015-2017 UPVD) Post-doctorant, Institut de Biologie Structurale, Grenoble, France email
ROQUIS David (Doctorant 2012-2015) Post-Doctorant, laboratoire « Population Epigenetics and Epigenomics » , Technischse Universität München, Munich, Allemagne email
RONDON Rodolfo (Doctorant 2012-2015) Post-doctorant, Laboratoire de biotechnologie et génomique acuicole (LBGA), Centre de Biotechnologie, Université de Concepcion, CHILI email
PICARD Marion (Doctorante 2011-2015) Post-doctorante, MIVEGEC, Montpellier email
FNEICH Sara (Doctorante 2011-2014) Post-Doctorante INRA, UMR 1198 Biologie du Développement et de la Reproduction, Jouy en Josas, FRANCE  email
PORTELA Julien (Doctorant 2010-2013) Directeur Technique de la société « Paradev » email 
DHEILLY Nolwenn (PostDoc 2011-2013) Assistant Professor, Stony Brook University, NY, USA
LEPESANT Julie (Doctorant 2009-2012) en CDI chez Capgemini email
BECH Nicolas (Doctorant 2008-2010) Maître de Conférences, Université de Poitiers email  
MONE Yves (Doctorant 2007-2010) Post-doctorant, INRA Montpellier, FRANCE
MINTSA N’GUEMA Rodrigues (Doctorant 2006-2010) Maître de Conférences, Université de Franceville, Gabon email
BELTRAN Sophie (Doctorante 2006-2010) Maître de Conférences, Université de Poitiers email
AFFOURMOU Kouamé (Doctorant 2007-2009) Maître de Conférences, Université de Cocody, COTE D’IVOIRE email
ROGER Emmanuel (Doctorant 2004-2008) Maître de Conférences, Université de Lille I, FRANCE email

Protocols in molecular biology and epigenetics © BMC


General Methods

Epigenetics

Bio-Informatics

Cell lines

  • HT1080: human fibrosarcoma culture (male), epithelial-like adherent cells growing as monolayers
  • TOU: lymphoblast cell culture, immortalized by transformation with EBV, contains 21p-

Schistosoma mansoni

PRINCIPALES COLLABORATIONS NATIONALES :
– Toulouse, Labo Pierre Fabre Centre de Recherche & Développement (P.B. ARIMONDO)
– Toulouse, Laboratoire de Chimie de Coordination (A. ROBERT & B. MEUNIER)
– Nice, INRA Sophia-Antipolis (P. ABAD & C. COUSTAU)
– Lille, U 547 Inserm-Université Lille 2-Institut Pasteur (R. PIERCE & E. ROGER)
– Strasbourg, Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire-CNRS (J-M. REICHHART)
– Dijon, BioGéoSciences CNRS-Université de Bourgogne (Y. MORET)
– Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage CNERA Faune de Montagne (C. NOVOA)
– Université Pierre et Marie Curie, Observatoire Océanologique de Banyuls sur Mer (Y. DESDEVISES)
– Montpellier, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (M. GAUTIER)
– Université de Poitiers (N. BECH & S. BELTRAN)
PRINCIPALES COLLABORATIONS INTERNATIONALES :
Espagne, Universidad de Valencia, Dept Parasitologia (S. MAS-COMA)
Suisse, Université de Basel (L. DU PASQUIER)
Belgique, Royal Museum for Central Africa, Tervuren (T. HUYSE)
Belgique, Laboratory of Biodiversity and Evolutionary Genomics, Leuven (N. BOON)
Allemagne, Max Planck Institute for Chemical Ecology, Jena (M. REICHELT)
Norvège, Université de Bergen, Dept Mathématiques (J. BULLA)
USA, Oregon State University, Corvallis (M. FREITAG & M. BLOUIN)
USA, University of New Mexico, Center for Evolutionary and Theoretical Immunology (C. ADEMA)
USA, Texas Biomedical Research Institute (T. ANDERSON)
Brésil, Centro de Pesquisas Rene Cachou, Belo Horizonte (G. OLIVEIRA)
Venezuela, Universidad Central de Venezuela, Instituto de Medicina Tropical, Caracas (O. NOYA)
Ethiopie, Université de Gondar (M. AEMERO)
Ethiopie, Université d’Addis Abeba (B. ERKO)
Bénin, Université d’Abomey-Calavi, Faculté des Sciences de la Santé, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Cotonou (A. MASSOUGBODJI)
Bénin, Université d’Abomey-Calavi, Faculté des Sciences et Techniques, Dept Zoologie et Génétique (M. IBIKOUNLE)
Gabon, Université des Sciences de la Santé, Faculté de Médecine, Dept Parasitologie-Mycologie, Libreville (M. KOMBILA)
Gabon, CENAREST/ IRET Libreville (R. MINTSA NGUEMA)
Oman, Sultan Qaboos University, Department of Microbiology and Immunology, College of Medicine and Health Sciences, Muscat (M. IDRIS)
Oman, Sultan Qaboos Hospital, Directorate General of Health Services, Salalah (S. YAFAE)

INTERACTIONS

FUGE – Functional genomics & epigenomics of parasite development and evolution

*FUGI : (Wellcome Trust Strategic Award 2015-2020) Functional genomics of flatworms – work-package epigenetic analysis
Ronaldo AUGUSTO, Christoph GRUNAU
http://www.sanger.ac.uk/science/collaboration/flatworm-functional-genomics-initiative-fugi
*ADMIRE : (ANR 2018-2022) Key pathogenicity determinants of the adaptation of a nematode pest to a resistant host plant – work-package epigenetic analysis
Christoph GRUNAU, Céline COSSEAU, Pierre ABAD (ISA)
*TRANSCAN : (ANR 2018-2022) Ecology and evolution of transmissible cancers – work-package epigenetic analysis
Christoph GRUNAU, Céline COSSEAU, Cristian CHAPARRO, Frédéric THOMAS (MIVEGEC)

CHRONOS – genetic and epigenetic bases of the chronobiology of S. mansoni

* ChronoGet : (GenEpi 03/2015, ANR 2017-2021, Bourse de Thèse Région Occitanie 2018-2021, NIH 2017-2022)
http://www.agence-nationale-recherche.fr/projet-anr/?tx_lwmsuivibilan_pi2%5BCODE%5D=ANR-17-CE12-0005 /
http://grantome.com/grant/NIH/R01-AI133749-01 /
http://ihpe.univ-perp.fr/ihpe-defi-epigenetique/
WP1 _ QTL Mapping de deux chronotypes
WP2 _ Transcriptomics
Hélène MONE, Gabriel MOUAHID, Tim ANDERSON (Texas Medical University)
WP3 _ Etude épigenetique comparative de deux chronotypes de S. mansoni
Gabriel MOUAHID, Christoph GRUNAU, Cristian CHAPARRO, Chrystelle LASICA, Hélène MONE
WP4 _ Data integration

HYBRID – Mechanisms and Effects of parasite hybridisations

* HYSWARM : (ANR 2018-2022) The role of hybridization in the invasive capacity, epidemiology and diagnostic of schistosomiasis
Eve TOULZA, Olivier REY, Jean-François ALLIENNE, Jérome BOISSIER
* HYBRIDVIE : (Contrat ED305 2015-2018) Modification des traits d’histoire de vie au cours de l’hybridation et analyse des mécanismes moléculaires sous-jacents chez les parasites plathelminthes du genre Schistosoma
Eve TOULZA, Jérome BOISSIER, Julien KINCAID-SMITH, Olivier REY
* SCHISTOCORSE : (ARS) Appui à la surveillance environnementale du risque de bilharziose en Corse
Jérôme BOISSIER, Eve TOULZA, Julien KINCAID-SMITH, Jean-François ALLIENNE
* SCHISTOBEN : (Bourse de Thèse Campus France 2018-2021) Introgressive hybridization between S.  haematobium and S. bovis in Southern Benin.
Segnito Boris SAVASSI, Moudachirou IBIKOUNLE, Hélène MONE, Gabriel MOUAHID, Jean-François ALLIENNE
* SCHISTONIG : (Bourse de Thèse Campus France 2018-2021)Population genetic structure and hybridization of Schistosomes in Nigeria
Amos ONYEKWERE, Jérôme BOISSIER
* SCHISTOSEN : (BQR 2018) Développement de marqueurs moléculaires et étude de génomique des populations de schistosome hybride au Sénégal.
Olivier REY
* SCHISTOCAM : Investigation of genetic population structure of S. mansoni and S. haematobium in Cameroon
Félicité DJUIKWO (Université des Montagnes, Cameroun), Jean-François ALLIENNE, Jérôme BOISSIER
* SCHISTOPIA : Investigation of genetic population structure of S. mansoni and S. haematobium in Ethiopia
Jérôme BOISSIER, Tadesse KEBEDE, Jean-François ALLIENNE, Olivier REY

CONTROL – New diagnostic and treatment options against schistosomes

* RADICAL : (ANR 2018-2020) Design, synthesis and biological evaluation of praziquantel and endoperoxide conjugates as antischistosomal agents
Jérome BOISSIER, Chunhua QIAO (Soochow University, China)
http://www.agence-nationale-recherche.fr/projet-anr/?tx_lwmsuivibilan_pi2%5BCODE%5D=ANR-17-CE18-0017
* eDNA : (BQR 2016, Bourse de Thèse Région Occitanie 2017-2020) L’ADN environnemental, un nouvel outil diagnostic pour la Bilharziose urinaire
Stephen MULERO, Jérome BOISSIER, Eve TOULZA, Jean-François ALLIENNE, Oliver REY
* EPIPARA: (Bourse de Thèse Région Occitanie 2017-2020) Génie épigénétique : contrôle parasitaire avec des « armes » non conventionnelles<
Nelia LUVIANO, Marie LOPEZ (IBMM), Christoph GRUNAU, Céline COSSEAU

IMMUNITY – Mecanisms of invertebrate immunity

* INVIMORY : (ANR 2014-2018) Immunité mémoire chez les invertébrés : spécificité et mécanismes de l’immunité mémoire chez le mollusque Lophotrochozoaire Biomphalaria glabrata
David DUVAL, Richard GALINIER, Cristian CHAPARRO, Céline COSSEAU, Benjamin GOURBAL
http://www.agence-nationale-recherche.fr/?Projet=ANR-13-JSV7-0009
* SURFACE : (BQR 2016) Caractérisation du support cellulaire de la mémoire immunitaire chez les Lophotrochozoaires. Identification de marqueurs membranaires hémocytaires afin de caractériser les infra-populations de cellules immunitaires
Benjamin GOURBAL
* BIOMPHALYSINE : (BQR 2017, Bourse de Thèse FRM 2017-2020) Diversité et fonction des biomphalysines chez B. glabrata
Damien LASSALLE, Benjamin GOURBAL, David DUVAL

MICROBE – Microbial diversity and Holobiont dynamics in mollusks

* MISMAtcH : (Contrat ED305 2016-2019) Microbiota Interaction between SchistosoMA and its Host. Caractérisation et rôle du microbiote dans l’interaction hôte/parasite, Biomphalaria glabrata et Schistosoma mansoni, agent responsable de la bilharziose.
Camille HUOT, Richard GALINIER, Eve TOULZA.
* DECIPHER : (ANR 2015-2019) Déchiffrage des maladies multifactorielles : le cas des mortalités d’huître. WP 2 : Characterizing the holobiont dynamics variability in challenged oysters
Eve TOULZA, Cristian CHAPARRO, Aude LUCASSON, Yannick GUEGUEN, Julien DE LORGERIL, Céline COSSEAU
http://www.agence-nationale-recherche.fr/projet-anr/?tx_lwmsuivibilan_pi2%5BCODE%5D=ANR-14-CE19-0023

EPIMORY- Implication de mécanismes épigénétiques dans la mémoire immunitaire chez les mollusques

* Epigenetic memory in the B. glabrata immune system
WP1_ miRNA : Rôle des micro-ARNs dans l’interaction S. mansoni / B. glabrata
(GenEpi 2015)
David DUVAL
http://ihpe.univ-perp.fr/ihpe-defi-epigenetique/
WP2_ HEMOMeth : Approche BS-seq pour étudier les modifications de methylation de l’ADN hémocytaires au cours d’une infection par S. mansoni chez B. glabrata
(GenEpi 2016)
Céline COSSEAU, Manon FALLET
http://ihpe.univ-perp.fr/ihpe-defi-epigenetique/
WP3_ ATAC: Mise en place de l’ATAC-seq chez B. glabrata et C. gigas
(GenEpi 2016)
Silvain PINAUD, Maxime LAFONT, Caroline MONTAGNANI, Benjamin GOURBAL, Céline COSSEAU, Christoph GRUNAU, Cristian CHAPARRO, David DUVAL
http://ihpe.univ-perp.fr/ihpe-defi-epigenetique/

WP4_ Data Intégration
* TRANSGIGAS : (Chercheur d’Avenir Région LR 2016-2019) Acquisition de résistances TRANSgénérationnelles chez l’huître creuse Crassostrea GIGAS : implication de la composante épigénétique
Manon FALLET, Céline COSSEAU
* VIVALDI : (EU-H2020 2016-2020) Preventing and mitigating farmed bivalve diseases _ WL-2 Occurence of epigenetic changes in oysters resisting to summer mortalities
Célline COSSEAU, Christoph GRUNAU, Guillaume MITTA
http://www.vivaldi-project.eu/

COMPAT Bases and Mechanisms of Compatibility between parasites and snails

* SELECT : Sélection de l’incompatibilité chez Biomphalaria glabrata
Anne ROGNON, David DUVAL
* COMPATMAP : Mapping of compatibility genes in SChistosoma mansoni
Tim ANDERSON (Texas Medical University), Anne ROGNON, David DUVAL, Benjamin GOURBAL
 * STRESS : Compatibilité et stress environmental
Ronaldo AUGUSTO, Anne ROGNON, Christoph GRUNAU, Chrisina MELLO-SILVA (FIOCRUZ), David DUVAL

CORAIL – l’interaction symbodinium / microbiote / cnidaire face au stress environnemental

* ThermoTol : (ANR ADACNI) Adaptation de Pocillopora acuta à un stress thermique sur 3 generations : implication du génotype, épigénotype et du symbiote
WP1_ Adaptation experiment
WP2 _ Transcriptomics
WP3 _ Genomics
WP4 _ Epigenomics
WP5 _ Symbiontomics
WP6 _ Data Integration
Jérémie VIDAL-DUPIOL, David ROQUIS, Kelly BRENER-RAFFALLI, Eve TOULZA, Cristian CHAPARRO, Christoph GRUNAU, Guillaume MITTA
http://www.agence-nationale-recherche.fr/suivi-bilan/editions-2013-et-anterieures/environnement-et-ressources-biologiques/adaptation-des-genes-aux-populations-genetique-et-biologie-de-ladaptation-aux-stress-et-aux-perturbations/fiche-projet-genom-btv/?tx_lwmsuivibilan_pi2%5BCODE%5D=ANR-12-ADAP-0016
* MARCO-POLO: (GenEpi 2018) Monitoring the Adaptative Response of COrals to Past Oceanic cLimatOscillations
Jérémie VIDAL-DUPIOL, Olivier Rey
http://ihpe.univ-perp.fr/ihpe-defi-epigenetique

GESTION DURABLE DES RESSOURCES

* ParaPO : (BQR 2018) Evaluation du parasitisme à trématodes (grande douve + paramphistome) dans le département des Pyrénées-Orientales
Juliette LANGAND
 * EpidemControl : Calculation of the optimal resource allocation strategy for management of infectious diseases
Ingo BULLA, Dimitry GROMOV (St Petersburg), Ehtan TOMERO-SEVERSON (Los Alamos), Ian SPICKNALL (CDC)

BIO-MATHEMATIQUES

* GenRecon: Reconstruction of the genealogy of a population incorporating horizontal evolutionary events
Ingo BULLA, Eve TOULZA
* jpHMM: A jumping profile hidden Markov model fot the recombination analysis of HIV and HBV
Ingo BULLA

PROJETS PEDAGOGIQUES

* Master BDD: Master Biodiversité, écologie, évolution Parcours : Biodiversité et développement durable
https://www.univ-perp.fr/master-biodiversite-ecologie-evolution-parcours-biodiversite-et-developpement-durable-4730.kjsp
Juliette LANGAND

EMERGING PROJECTS

* CONVErGE : (projets de recherche exploratoires du CeMEB 2018) Convergent evolution in ape malaria agents : from gentoype to phenotype
Franck PRUGNOLLE (MIVEGEC), Richard GALINIER
* EPID : (projets de recherche exploratoires du CeMEB 2018) Epignetics of inbreeding depression<
Patrice DAVID (CEFE), Christoph GRUNAU
* SALSA : (projets de recherche exploratoires du CeMEB 2018) Identification of novel mechanisms to study differential responses to salinity stress in the euryhaline telost Dicentrarchus labrax
C. LORIN-NEBEL (MARBEC), Céline COSSEAU
* Tigersnail : (PEPS 2017) Population epigenomics of Australian Tiger Snails
Christoph GRUNAU, Fabien AUBRET (EDB)
* Crispsnail : (BQR 2017) Mise en place de Crispr/CAS9 chez B. glabrata
David DUVAL, Jean-François ALLIENNE
* INFEST : Mécanismes d’infestation d’un parasite de poisson d’eau douce (Tracheliastes polycolpus) par une approche intégrative (Thèse en co-tutelle entre le laboratoire IHPE à l’Université de Perpignan et le laboratoire EDB de Toulouse)
Géraldine LOOT, Simon BLANCHET, Eglantine MATHIEU-BEGNE, Olivier REY
* CUBA : Compatibilité de Fasciola hepatica avec Pseudosuccinea collumela (thèse en co-tutelle entre le laboratoire IHPE à l’Université de Perpignan et l’institut « Pedro Kouri » de la Havane Cuba)
(Financement Ambassade de France à Cuba 2015-2018)
Annia ALBA MENENDEZ, Antonio Alejandro VAZQUEZ PERERA, Benjamin GOURBAL

PAST PROJECTS

* TransDIURON : Développement des marqueurs pour l’exposition parentale au Diuron chez les naissants d’huitre C. gigas basé sur la methylation de l’ADN (en collaboration avec Ifremer Nantes)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5804544/
Céline COSSEAU, Christoph GRUNAU
* EUPHORBIA: Gene expression in the S. mansoni exposed to Euphorbia milii latex (CNPq Brésil)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5550001/
Ronaldo AUGUSTO, Christoph GRUNAU, Guillaume TETREAU
* CytoFLY : Cytoplasmic allopatric and sympatric effects on the genome and epigenome of Drosophila melanogaster (en collaboration avec TU Dresden)
https://www.mdpi.com/2075-4655/2/3/17
Klaus REINHARDT (TU Dresden), Christoph GRUNAU
* IMPRINTING : sex-specific parental imprinting in the trematode Schistosoma mansoni
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5861417/
Julien KINCAID-SMITH, Eve TOULZA, Céline COSSEAU, Jérôme BOISSIER
* HISTO : Histologie comparative des familles de BgGUA sensibles et résistantes à SmGH2. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0020751917302989
Collaboration avec Michael BLOUIN (Oregon state University, USA)
Benjamin GOURBAL, Euan ALLAN, Michael BLOUIN
* RESIVIR : Recherche et caractérisation de virus résidents dans les différents modèles biologiques du laboratoire (Crassostrea gigas, Biomphalaria glabrata, Schistosoma mansoni et Pocillopora damicornis).
(Défi Holobionte et Fitness 2016)
http://ihpe.univ-perp.fr/ihpe-defi-holobionte/
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0001706X1630715X
Richard GALINIER, Cristian CHAPARRO, Jean-Michel ESCOUBAS
* BIOGENO : BIOGeographie de l’association GENOtype / microbiote chez Pocillopora damicornis https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-018-0423-6
Eve TOULZA (en collaboration avec François BONHOMME et Mehdi ADJEROUD), Kelly BRENER-RAFFALLI
* PATHOSEN : Analyse du différence de pathogénicité de souches S. mansoni du Senegal (en collaboration avec Laboratory of Biodiversity and Evolutionary Genomics et Institut de Médecine Tropicale de Antwerpen)
Benjamin GOURBAL, Christoph GRUNAU, Tine HUYSE, Nele BOON
* PROFIL : Epigenetic profiles of SP1 stem cells
(Contrat Doc handicap MESR 2014 – 2017)
http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1007066
Christoph GRUNAU, Benoît ALIAGA, Ronaldo AUGUSTO, David DUVAL
* PoolCHRON : Comparaison de séquençage populationnel de deux chronotypes de S. mansoni (en collaboration avec Oman)
Helene MONÉ, Eve TOULZA, Julien KINCAID-SMITH, Gabriel MOUAHID
* INTRO : Analyse de l’introgression à l’échelle du génome de l’hybride corse
Eve TOULZA, Julien KINCAID-SMITH, Ingo BULLA, Jérome BOISSIER, Olivier REY
* PRIMO : Bases moléculaires et cellulaires de la primo réponse immunitaire chez B. glabrata
(Contrat Doc MESR 2014 – 2017)
Benjamin GOURBAL, Anaïs PORTET, David DUVAL
* MATER-IMMUNITY : Transfert maternel d’immunité chez les insectes / Caractérisation fonctionnelle et évolution (en collaboration avec UMR 6282 BioGéoSciences CNRS/Université Bourgogne Franche Comté et Institut Sophia Arobiotech)
Yannick MORET, Guillaume TETREAU, Richard GALINIER, David DUVAL, Benjamin GOURBAL,
* MICROBIOMPH : Diversité microbienne et dynamique du microbiote chez le mollusque gastéropode Biomphalaria glabrata. Analyse metabarcoding 16S de la diversité du microbiote intestinal et mucosal et suivi de sa dynamique au cours d’un stress d’infection parasitaire à S. mansoni.
(Défi Holobionte et Fitness 2015)
http://ihpe.univ-perp.fr/ihpe-defi-holobionte/
Benjamin GOURBAL, Anaïs PORTET, David DUVAL, Eve TOULZA, Richard GALINIER
* AMIGO : Association MIcrobiota – GenOtype : specificity and stability in healthy and diseased oysters
(AAP postdoc IFREMER)
Eve TOULZA, Camille CLERISSI
* BIOMPHALARIA VIRUS : Identification et caractérisation des virus ARN de Biomphalaria à partir des données de RNAseq.
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0001706X1630715X?via%3Dihub
Richard GALINIER, Guillaume TETREAU, Anaïs PORTET, David DUVAL,Silvain PINAUD, Benjamin GOURBAL
* PERDRIX : Identité et variabilité génétique des populations de Perdrix grise en France
(ONCFS 2015-2017)
http://www.oncfs.gouv.fr/IMG/file/oiseaux/galliformes/plaine/FS297_bech_perdrix_grise_diversite_genetique.pdf
Jérome BOISSIER, Nicolas BECH (Univ Poitiers), Elisabeth BRO (ONCFS), Claude NOVOA (ONCFS), Jean-François ALLIENNE
* CUNIPAT : Analyse et conception de modes de gestion intégrés (pâturage, production, santé animale) en systèmes cunicoles AB. Analyse de la résistance aux parasites via l’ingestion de tannins chez le lapin.
(AgriBio4 / INRA 2015-2018)
David DUVAL
* KEOPS 2 (Kerguelen Ocean and Plateau compared Study 2) : Impact of natural iron fertilization on the biogeochemical cycles in the Southern Ocean
Analyse métatranscriptomique de la réponse microbienne à la fertilisation.
Ingrid OBERNOSTERER (Banyuls), Sara BEIER (Bremerhaven), Pavla Debeljak, E TOULZA
* NOTOS : Statistical modelling in Epigenetics: a pan-species study of distribution of CpG o/e ratios and DNA methylation patterns
(AURORA 2015 – Campus France (collaboration Norvège) / RTP-3E 2015 / Contrat Doc handicap MESR 2014-2017)
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-018-2115-4
Christoph GRUNAU, Benoit ALIAGA, Ingo BULLA, Jan BULLA, Cristian CHAPARRO
* ADACNI : Dynamique de l’holobionte corallien et plasticité transcriptomique: variabilité interspécifique, interpopulationnelle et interindividuelle
(ANR + Contrat ED 2013-2016, ATER 2017)
https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-018-0423-6
Eve TOULZA, Guillaume MITTA, Olivier REY
* MENFOP : Mission d’expertise en didactique des Sciences de la Vie et de la Terre à Djibouti – renforcement des compétences des formateurs, Professeurs et conseillers pédagogiques, amélioration des programmes des SVT
Gabriel MOUAHID
* INDOPLANORBIS : Indoplanorbis exustus est un gastéropode d’eau douce vecteur de plusieurs espèces de schistosomes du bétail domestique en Asie (S. incognitum, S. nasale, S. indicum)
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/zsc.12297
Hélène MONE, Gabriel MOUAHID, P. POINTIER, Camille CLERISSI

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MethDB:  the database for DNA methylation and environmental epigenetic effects.


PrimerDB:  the local oligonucleotide database (access restriction applies).


AntibodyDB:  the local antibody database (access restriction applies).


Local Galaxy Instance provides a graphical interface for bioinformatics analysis (access restriction applies)


SchistoGbrowse v2.54 genome browser for assembly version 5.2 (access restriction applies)


SnakeCharmer for selection of restriction enzymes for COmbined Bisulfite Restriiction Assay (COBRA)


MethTools analysis of bisulfite DNA methylation sequencing