IHPE – équipe MIMM (Mécanismes d’Interaction et d’adaptation en Milieu Marin)

EQUIPE MIMM
Mécanismes d’Interaction et d’Adaptation en Milieu Marin
Responsable : Delphine DESTOUMIEUX-GARZÓN

 rond-GB
 Les invertébrés marins sont des espèces particulièrement sensibles aux stress environnementaux. Dans le contexte du changement global, les pressions environnementales s’accentuent, accroissant les phénomènes de mortalités aux  origines multifactorielles. Celles-ci sont particulièrement importantes pour les espèces côtières, lagunaires et lagonaires qui sont exposées à des microorganismes apportés par le bassin versant, aux pathogènes potentiels présents dans le milieu, ou encore à des efflorescences algales toxiques. De plus, dans ces écosystèmes de faible inertie, ces espèces sont confrontées à des changements rapides de température et de salinité et exposées à des xénobiotiques d’origine anthropique. La diversité de ces pressions biotiques et abiotiques et la méconnaissance de leur impact et de leurs synergies sur la physiologie et la fitness des invertébrés marins font qu’il est encore difficile de prédire les crises majeures que subissent ou subiront ces espèces. Dans ce contexte, notre objectif est de développer des approches intégratives visant à élucider les causes de ces crises chez des espèces d’intérêt aquacole (huîtres, moules) ou d’intérêt écologique (coraux).
Le projet de l’équipe vise d’une part à décrire les mécanismes qui gouvernent les interactions hôte-pathogène-environnement mises en jeu dans ces systèmes, notamment lors d’épisodes infectieux, et d’autre part à caractériser les réponses physiologiques et adaptatives des invertébrés marins et de leurs pathogènes face aux pressions environnementales. Nous nous intéresserons pour ceci non seulement aux mécanismes d’interaction mais également à leur diversité et à leur dynamique sous influence environnementale.

Adaptabilité des hôtes
(Responsable : Jérémie Vidal-Dupiol)

Emergence des pathogènes
(Responsable : Guillaume Charrière)


The virulent vibrio, LGP32 (green), invade and replicate within oyster immune cells (Red: cytoplasm, Blue: nucleus). crédits: Tristan Rubio

Sous la pression des changements globaux de nombreuses espèces doivent s’adapter pour perdurer dans l’ère de l’Anthropocène. Etudier leur adaptabilité (e.g la capacité d’un organisme, d’une population, d’une espèce à s’adapter à un changement environnemental) est donc essentiel pour appréhender le futur des espèces. Nos projets visent à comprendre et quantifier l’adaptabilité des invertébrés marins au travers d’approches intégratives (phénotypique, transcriptomique, (épi)-(méta)-génomique) et multi-échelles (du gène aux populations) permettant d’embrasser les subtilités de cette adaptabilité. Une attention particulière est portée aux mécanismes qui sous-tendent la plasticité phénotypique (épigénétique, rôle des microbiotes) et la mémoire immunitaire dans nos modèles d’étude.

Nous caractérisons l’étiologie complexe des maladies affectant les invertébrés marins et les mécanismes de leur émergence. Nous étudions d’une part les mécanismes moléculaires et cellulaires qui sous-tendent la virulence des pathogènes, leur capacité de colonisation et de transmission, et d’autre part le rôle de l’environnement biotique (relations prédateur-proie) et abiotique (pesticides, toxines) dans l’émergence des pathogènes. Afin d’aborder de manière intégrée ces questions dans différents contextes écologiques et économiques, nous utilisons différents modèles d’interactions biologiques et des approches exploratoires (Barcoding 16S/18S), de phénotypage approfondies (tests fonctionnels a haut-débit, dual RNAseq et Single-Cell RNAseq) et de criblage fonctionnel à haut-débit (INseq).


Offre de post-doctorat pour 2016 (clôt) :
« Hémo-microbiote de l’huître: diversité microbienne et dynamique au cours de pathogenèse expérimentale chez Crassostrea gigas» (Descriptif).

 

Une partie de l’équipe Mimm en octobre 2017

 PERSONNEL PERMANENT :
DESTOUMIEUX-GARZÓN Delphine (Ph.D, HDR), DR2 CNRS (90%)
CHARRIERE Guillaume (Ph.D, HDR), MCU UM (100%)
DE LORGERIL Julien (Ph.D), C1 Ifremer (100%)
ESCOUBAS Jean-Michel (Ph.D, HDR), CR1 CNRS (100%)
GUEGUEN Yannick (Ph.D, HDR), C3 Ifremer (100%)
HAFFNER Philippe, T Ifremer (100%)
LAGORCE Arnaud (Ph.D), MCU UPVD (100%)
LEROY Marc, TCN CNRS (100%)
MITTA Guillaume (Ph.D, HDR), PR1 UPVD (100%)
MONTAGNANI Caroline (Ph.D, HDR), C2a Ifremer (90%)
NOËL Thierry, C2A Ifremer (10%)
ROLLAND Jean-Luc (Ph.D, HDR), C1 Ifremer (100%)
VERGNES Agnès, T Ifremer (100%)
VIDAL-DUPIOL Jérémie, C1 Ifremer (100%)
PERSONNEL NON PERMANENT :
DELMOTTE Jean, Doctorant, Allocataire UM
GWARA Janan, Doctorant, Allocataire UPVD
HAMMEL Maurine, doctorante, Allocataire UM
LUCASSON Aude, Doctorante, Allocataire UM/Ifremer
NADIR-MARASCO Sofia, étudiante en management (BTS en Alternance)
OYANEDEL Daniel, Doctorant, Allocataire Etranger (Chili)
ROBINO Etienne, Doctorant, Allocataire UM
STENGER Pierre-Louis, Doctorant, Allocataire Université de Polynésie Française
TEANINIURAITEMOANA Vaihiti, Post-doctorante Ifremer Tahiti
ANCIEN PERSONNEL :
PERRET Angélique, étudiante en biologie (Licence Pro en Alternance)
CLERISSI Camille
(Post-Doctorant ifremer) Chercheur EPHE
BACHÈRE Evelyne
(Ph.D, HDR), C3 Ifremer (100%) retraitée
ABI KHALIL Celina
(Doctorante 2013-2016) Clinical & regulatory affairs chez BIOM’UP
BRENER RAFFALLI Kelly
(Doctorante 2013-2017) thèse soutenue le 9/11/2017
DA ROSA Rafael
(doctorant 2008-2011) Professeur, Laboratoire d’Immunologie Appliquée à l’Aquaculture, Université Fédérale de Santa Catarina, Florianópolis, SC, Brésil après un post-doctorat dans le laboratoire du Professeur Sirley Daffre à San Paulo, Brésil
DUPERTHY Marylise
(doctorante 2007-2010) Professeure adjointe au Département de microbiologie, infectiologie et immunologie de l’Université de Montréal, Canada après un post-doctorat au Department of Molecular Biology, The Laboratory for Molecular Infection Medicine Sweden (MIMS), Umeå University, Umeå, Suède
DUPONT Samuel
(Post-doctorant Ifremer 2014-2016) Gérant d’Entreprise.  Co-fondateur de la société Bioceanor, Cagnes-sur-mer, France
GONZALEZ Marcelo
(doctorant 2002-2005) Chercheur à l’INACH « Instituto Antartico Chileno »  – Laboratorio de Biorrecursos Antárticos – Punta Arenas Chili
GREEN Tim
(post-doctorant 2012-2013) Vancouver Island University (tenure track position)
LAFONT Maxime
(Doctorant 2014-2017) thèse soutenue le 22/11/2017
LOPEZ-JOVEN Carmen
(post-doctorante 2013-2015) Postdoctorat, Universidad Austral de Chile, Valdivia, Chili   @
MELLO Danielle F.
(Doctorante, bourse d’échange 2013) Post-doctoral associate, Meyer Lab, Duke University, NC, USA @
POIRIER Aurore
(Doctorante 2012-2015) Postdoctorat, Institute for Liver & Digestive Health, University College, London, Angleterre @
RONDON Rodolfo
(Doctorant 2013-2015) Post-doctorant, Laboratory of Biotechnology and Aquatic Genomics, Department of Oceanography, Interdisciplinary Center for Aquaculture Research (INCAR), University of Concepción, Concepción, Chili
RUBIO Tristan
(Doctorant 2014-2017) thèse soutenue le 23/11/2017
SCHMITT Paulina
(doctorante 2007-2010) Chercheur au Laboratoire de « Genética e Inmunología Molecular », Pontificia Universidad Católica de Valparaíso », Valparaíso, Chili   @ après un postdoctorat dans le laboratoire du Professeur Andrew Ouelette à l’University of South California, USA.
VANHOVE Audrey
(doctorante 2011-2014) Post-doctorat, Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (Unité du Professeur Mélanie Blokesch), Suisse après un postdoctorat au Boston Children’s Hospital, Harvard Medical School (Unité du Professeur Paula Watnick), USA
VIDAL-DUPIOL Jérémie
(doctorant 2007-2011) Chercheur Ifremer, IHPE
ZENAGUI Reda
(doctorant 2008-2012) Ingénieur, Département de génétique moléculaire, Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier, France
COLLABORATIONS NATIONALES :
– Frédérique LE ROUX, Ifremer, PFOM, Station Biologique de Roscoff
– Agnès TRAVERS, Ifremer, La Tremblade
– Bruno PETTON & Pierre BOUDRY, Ifremer, PFOM, Brest
– Annick JACQ, Université d’Orsay
– Claudine MEDIGUE, Génoscope, Ivry
– Farida AKCHA, Ifremer, Laboratoire Ecotoxicologie, Nantes
– David PIQUEMAL, ACOBIOM, Montpellier
– Alain GIVAUDAN & Sophie GAUDRIAULT, INRA, Montpellier
– Hervé COTTET, Institut Max Mousseron, Montpellier
COLLABORATIONS INTERNATIONALES :
– Sun NYUNT WAI & Marylise DUPERTHUY, The laboratory for molecular infection and medicine, University of Umea, Suède
– Mélanie BLOKESCH & Charles VAN DER HENST, Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Suisse
– Hans-Georg SAHL, Université de Bonn, Allemagne
– Rafael DA ROSA, Université Fédérale de Santa Catarina, Florianopolis, Brésil
– Marcelo GONZALEZ, Institut Antarctique Chilien (INACH), Chili
– Timothy GREEN, Macquarie University, Australie
– Paulina SCHMITT, Pontificia Universidad Católica de Valparaiso, Chili
 

Adaptabilité des hôtes
(Responsable : Jérémie Vidal-Dupiol)

Emergence des pathogènes
(Responsable : Guillaume Charrière)


* DECIPHER :

* DEFENSEL :
Ingénierie biomoléculaire de peptides antimicrobiens inspirée par la biodiversité marine ancestrale

* GEM :
Génétique et épigénétique de la résistance au syndrome de mortalités massives des juvéniles d'huîtres creuses Crassostrea gigas

* MAINMONIDE :
Evaluer les impacts du changement climatique sur le récif corallien d'Eilat de demain

* PROVIGAS :
Protection antivirale chez l'huître Crassostrea gigas

* VIVALDI :
Prévenir et contrôler les maladies de mollusques bivalves

* ALGOVIR :
Influence d'une micro-algue toxique Alexandrium pacificum (catenella) sur la virulence d'une souche bactérienne pathogène pour l'huître creuse, Vibrio tasmaniensis LGP 32

* AMIBADAPT :
Exploration des amibes marines et leurs endosymbiotes en tant que niche adaptative intracellulaire environnementale pour l'émergence de pathogènes

* APOTOX :
Etude des effets apoptotiques induits par les neurotoxines du dinoflagellé Alexandrium pacificum (catenella) chez l'huître Crassostrea gigas : Conséquences sur la susceptibilité des huîtres aux pathogènes

* BLUECANCER :
Biologie cellulaire et évolutive du cancer transmissible de la moule bleue

* DIVERSIVIB :
Caractérisation d'une nouvelle vibriose associée au syndrôme de mortalité massive des huîtres juvéniles

* EN3VI :
Caractérisation de la virulence de la bactérie pathogène d'huîtres Vibrio tasmaniensis LGP 32, induite par le dinoflagellé Alexandrium pacificum (catenella)

* HEMOMICROBIOTE :
Composition et dynamique de l’hémo-microbiote de Crassostrea gigas : diversité microbienne, relation avec le fond génétique des huîtres et avec l’environnement

* HEMOVIR :
Interaction des haplotypes viraux et des hémocytes de l’huître lors d’infection par OsHV-1 µVar

* INTERVIBRIO :
Identification de réservoirs de vibrios pathogènes d'huîtres et des espèces planctoniques pouvant favoriser leur infection dans la lagune de Thau

* LIKE INHOSPITALITY :
Explorer le paradoxe des holobiontes : des interfaces microbicides sièges d'interactions durables avec les bactéries

* VIBRAM :
Etude du rôle des interactions Vibrios-Amibes dans l'émergence de pathogènes en milieu marin

*VIVALDI :
Prévenir et contrôler les maladies de mollusques bivalves

Prix des étudiants MIMM

Maxime Lafont
Prix du meilleur exposé.
Immuninv 2017, 7-9 juin 2017, Lyon, France
Laura Chapelet
Prix du meilleur poster décerné par la Sociéte Française des Peptides Antimicrobiens
Antimicrobial Peptide Symposium, AMP2016, 6-8 juin 2016, Montpellier, France
Tristan Rubio
Vainqueur région Languedoc-Roussillon
Concours « Ma thèse en 180 secondes », 2016
Tristan Rubio
Vainqueur des Doctoriales transfrontalières France-Espagne, 2015
Aurore Poirier
Prix du meilleur poster
EMBO / ESF Research conference on integrated insect immunology, 23-28 Septembre 2013, Pultusk, Pologne