IHPE – équipe MIMM (Mécanismes d’Interaction et d’adaptation en Milieu Marin)

Responsable : D. Destoumieux-Garzon      picto-mail                                                             rond-GB

 Les invertébrés marins sont des espèces particulièrement sensibles aux stress environnementaux. Dans le contexte du changement global, les pressions environnementales s’accentuent, accroissant les phénomènes de mortalités aux  origines multifactorielles. Celles-ci sont particulièrement importantes pour les espèces côtières, lagunaires et lagonaires qui sont exposées à des microorganismes apportés par le bassin versant, aux pathogènes potentiels présents dans le milieu, ou encore à des efflorescences algales toxiques. De plus, dans ces écosystèmes de faible inertie, ces espèces sont confrontées à des changements rapides de température et de salinité et exposées à des xénobiotiques d’origine anthropique. La diversité de ces pressions biotiques et abiotiques et la méconnaissance de leur impact et de leurs synergies sur la physiologie et la fitness des invertébrés marins font qu’il est encore difficile de prédire les crises majeures que subissent ou subiront ces espèces. Dans ce contexte, notre objectif est de développer des approches intégratives visant à élucider les causes de ces crises chez des espèces d’intérêt aquacole (huîtres, moules) ou d’intérêt écologique (coraux).
Le projet de l’équipe vise d’une part à décrire les mécanismes qui gouvernent les interactions hôte-pathogène-environnement mises en jeu dans ces systèmes, notamment lors d’épisodes infectieux, et d’autre part à caractériser les réponses physiologiques et adaptatives des invertébrés marins et de leurs pathogènes face aux pressions environnementales. Nous nous intéresserons pour ceci non seulement aux mécanismes d’interaction mais également à leur diversité et à leur dynamique sous influence environnementale.

Adaptabilité des hôtes
(Responsable : Jérémie Vidal-Dupiol)

Emergence des pathogènes
(Responsable : Guillaume Charrière)


Illustration des modèles et écosystèmes étudiés.
Crédit photographique : Caroline Montagnani


The virulent vibrio, LGP32 (green), invade and replicate within oyster immune cells (Red: cytoplasm, Blue: nucleus).
Crédit photographique : Tristan Rubio

Sous la pression des changements globaux de nombreuses espèces doivent s’adapter pour perdurer dans l’ère de l’Anthropocène. Etudier leur adaptabilité (e.g la capacité d’un organisme, d’une population, d’une espèce à s’adapter à un changement environnemental) est donc essentiel pour appréhender le futur des espèces. Nos projets visent à comprendre et quantifier l’adaptabilité des invertébrés marins au travers d’approches intégratives (phénotypique, transcriptomique, (épi)-(méta)-génomique) et multi-échelles (du gène aux populations) permettant d’embrasser les subtilités de cette adaptabilité. Une attention particulière est portée aux mécanismes qui sous-tendent la plasticité phénotypique (épigénétique, rôle des microbiotes) et la mémoire immunitaire dans nos modèles d’étude.

Nous caractérisons l’étiologie complexe des maladies affectant les invertébrés marins et les mécanismes de leur émergence. Nous étudions d’une part les mécanismes moléculaires et cellulaires qui sous-tendent la virulence des pathogènes, leur capacité de colonisation et de transmission, et d’autre part le rôle de l’environnement biotique (relations prédateur-proie) et abiotique (pesticides, toxines) dans l’émergence des pathogènes. Afin d’aborder de manière intégrée ces questions dans différents contextes écologiques et économiques, nous utilisons différents modèles d’interactions biologiques et des approches exploratoires (Barcoding 16S/18S), de phénotypage approfondies (tests fonctionnels a haut-débit, dual RNAseq et Single-Cell RNAseq) et de criblage fonctionnel à haut-débit (INseq).


– Recrutement d’un CDD d’assistant ingénieur (descriptif) clos le 10/07/2019
– Recrutement d’un post-doctorat (descriptif) clos le 11/07/2019
– Le 28 février 2019, Delphine Destoumieux-Garzón et Gerard Wong ont été élus vice-présidents de la Gordon Research Conference sur les Peptides Antimicrobiens en 2021 et présidents en 2023
– Offre de post-doctorat pour 2016 (clôt) : « Hémo-microbiote de l’huître: diversité microbienne et dynamique au cours de pathogenèse expérimentale chez Crassostrea gigas» (Descriptif).

 

Une partie de l’équipe MIMM en mai 2019 (archives 2018 et 2017)

 PERSONNEL PERMANENT :
DESTOUMIEUX-GARZÓN Delphine (Ph.D, HDR), DR2 CNRS (90%)
CHARRIERE Guillaume (Ph.D, HDR), MCU UM (100%)
DE LORGERIL Julien (Ph.D), C1 Ifremer (100%)
ESCOUBAS Jean-Michel (Ph.D, HDR), CR1 CNRS (100%)
GUEGUEN Yannick (Ph.D, HDR), C3 Ifremer (100%)
HAFFNER Philippe Technicien Ifremer (100%)
LAGORCE Arnaud (Ph.D), MCU UPVD (100%)
LEROY Marc, TCN CNRS (100%)
MITTA Guillaume (Ph.D, HDR), PR1 UPVD (100%)
MONTAGNANI Caroline (Ph.D, HDR), C2a Ifremer (90%)
POUZADOUX Juliette, Technicienne Ifremer (100%)
ROLLAND Jean-Luc (Ph.D, HDR), C1 Ifremer (100%)
TRAVERS Marie-Agnès (Ph.D) C Ifremer (100%)
VIDAL-DUPIOL Jérémie (Ph.D) C1 Ifremer (100%)
VIGNAL Emmanuel (Ph.D) MCF UM (100%)
PERSONNEL NON PERMANENT :
AMRAOUI Hajar, Contractuelle
BARRETO Caïré, Doctorant, Allocataire UM (Brézil)
BURIOLI Erika, Post-doctorante CNRS
DELMOTTE Jean, Doctorant, Allocataire UM
GAWRA Janan, Doctorant UPVD
HAMMEL Maurine, doctorante, Allocataire UM
LEGENTY Enola, Technicienne administrative, Contrat Alternance BTS
MORILLAS Coren, Technicienne en biologie, Contrat Alternance Licence Pro
OYANEDEL Daniel, Doctorant, Allocataire Etranger (Chili)
ROBINO Etienne, Doctorant, Allocataire UM
SACCAS Mathilde, CDD Ifremer
STENGER Pierre-Louis, Doctorant, Allocataire Université de Polynésie Française
VEGA HEREDIA Sarahi, Post-doctorante CONACYT-MEXICO
ANCIEN PERSONNEL :
NADIR-MARASCO Sofia (BTS Management en Alternance 2017-2019)
NOËL Thierry Chercheur Ifremer, retraité
VERGNES Agnès Technicienne Ifremer, en reconversion professionnelle
LUCASSON Aude (Doctorante 2015-2018) Responsable du laboratoire auto-contrôle chez AZURA aquaculture, Maroc
TEANINIURAITEMOANA Vaihiti (Post-doctorante Ifremer 2016-2018), chercheur Ifremer à Tahiti
PERRET Angélique (Licence Pro de Biologie en Alternance 2017-2018)
CLERISSI Camille (Post-Doctorant ifremer) Chercheur EPHE, Perpignan
BACHÈRE Evelyne Chercheur Ifremer, retraitée
ABI KHALIL Celina (Doctorante 2013-2016) Clinical & regulatory affairs chez BIOM’UP
BRENER RAFFALLI Kelly (Doctorante 2013-2017) CEP, Collège, Céret
DA ROSA Rafael (doctorant 2008-2011) Professeur, Laboratoire d’Immunologie Appliquée à l’Aquaculture, Université Fédérale de Santa Catarina, Florianópolis, BRESIL
DUPERTHY Marylise (doctorante 2007-2010) Professeure adjointe au Département de microbiologie, infectiologie et immunologie de l’Université de Montréal, CANADA
DUPONT Samuel (Post-doctorant Ifremer 2014-2016) Gérant d’Entreprise.  Co-fondateur de la société Bioceanor, Cagnes-sur-mer
GONZALEZ Marcelo  (doctorant 2002-2005) Chercheur à l’INACH « Instituto Antartico Chileno »  – Laboratorio de Biorrecursos Antárticos – Punta Arenas CHILI
GREEN Tim (post-doctorant 2012-2013) Vancouver Island University CANADA
LAFONT Maxime (Doctorant 2014-2017) R§D Manager Bioceanor, Cagnes-sur-mer
LOPEZ-JOVEN Carmen (post-doctorante 2013-2015) Postdoctorat, Universidad Austral de Chile, Valdivia CHILI
MELLO Danielle F. (Doctorante, bourse d’échange 2013) Post-doctoral associate, Meyer Lab, Duke University, NC, USA
POIRIER Aurore (Doctorante 2012-2015) Postdoctorat, Institute for Liver & Digestive Health, University College, London, UK
RONDON Rodolfo (Doctorant 2013-2015) Post-doctorant, Laboratory of Biotechnology and Aquatic Genomics, Department of Oceanography, Interdisciplinary Center for Aquaculture Research (INCAR), University of Concepción, Concepcion CHILI
RUBIO Tristan (Doctorant 2014-2017) 2018-2020 Post-doctorat à l’Institut IBCP au sein du laboratoire MMSB (Molecular Microbiology and Structural Biochemistry) de Lyon.
SCHMITT Paulina (doctorante 2007-2010) Chercheur au Laboratoire de « Genética e Inmunología Molecular », Pontificia Universidad Católica de Valparaíso », Valparaíso CHILI
VANHOVE Audrey (doctorante 2011-2014) Post-doctorat, Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (Unité du Professeur Mélanie Blokesch) SUISSE
VIDAL-DUPIOL Jérémie (doctorant 2007-2011) Chercheur Ifremer, IHPE, Perpignan
ZENAGUI Reda (doctorant 2008-2012) Ingénieur, Département de génétique moléculaire, Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier
COLLABORATIONS NATIONALES :
– Nicolas BIERNE, CNRS, ISEM, Montpellier
– Philippe BULET, CNRS, BioPark, Archamps
– Hervé COTTET, Institut Max Mousseron, Montpellier
– Agnès DELMAS, CNRS, Centre de Biophysique Moléculaire, Orléans
– Annick JACQ, Université d’Orsay
– Chin Long KY, Ifremer, Écosystèmes Insulaires Océaniens, Centre Ifremer du Pacifique
– Frédérique LE ROUX, et Yannick LABREUCHE, Ifremer, Biologie Intégrative des Modèles Marins, Station Biologique de Roscoff
– Bruno PETTON et Pierre BOUDRY, Ifremer, Lemar, Pfom, Brest
– Agnès TRAVERS, Lionel DEGREMONT, Benjamin MORGA, SG2M, Ifremer, La Tremblade
– Frédéric THOMAS, MIVEGEC, Montpellier
COLLABORATIONS INTERNATIONALES :
– Marcelo GONZALEZ, Institut Antarctique Chilien (INACH), Chili
– Timothy J. GREEN, Macquarie University, Department of Biological Sciences, Sydney, Australia
– Michael METZGER, Pacific Northwest Research Institute, Seattle, USA
– Rafael D. ROSA, Université Fédérale de Santa Catarina, Florianopolis, Brésil
– Paulina SCHMITT, Pontificia Universidad Católica de Valparaiso, Chili
 

Adaptabilité des hôtes
(Responsable : Jérémie Vidal-Dupiol)

Emergence des pathogènes
(Responsable : Guillaume Charrière)


* ADACNI :
Processus adaptatifs chez les cnidaires: étude intégrative de la réponse au stress thermique et au changement climatique, des gènes aux populations

* CORRUPT :
interaCtiOns vibRio viRus hUitre rePonse anTivirale
Impact des interactions tripartites bactéries, virus et hôte sur la réponse antivirale de l’huître C.gigas

* DECIPHER :
Déchiffrage des maladies multifactorielles : cas des mortalités de l'huître

* DEFENSEL :
Ingénierie biomoléculaire de peptides antimicrobiens inspirée par la biodiversité marine ancestrale

* GEM :
Génétique et épigénétique de la résistance au syndrome de mortalités massives des juvéniles d'huîtres creuses Crassostrea gigas

* HERA :
Programme de Recherche sur la santé et l'environnement
Intégration de la recherche sur l'environnement et la santé : une vision pour l'Union Européenne

* MAINMONIDE :
Evaluer les impacts du changement climatique sur le récif corallien d'Eilat de demain

* PROVIGAS :
Protection antivirale chez l'huître Crassostrea gigas

* STAR :
Stimulation antivirale chez l'huître Crassostrea gigas

* VIVALDI :
Prévenir et contrôler les maladies de mollusques bivalves

* ALGOVIR :
Influence d'une micro-algue toxique Alexandrium pacificum (catenella) sur la virulence d'une souche bactérienne pathogène pour l'huître creuse, Vibrio tasmaniensis LGP 32

* AMIBADAPT :
Exploration des amibes marines et leurs endosymbiotes en tant que niche adaptative intracellulaire environnementale pour l'émergence de pathogènes

* APOTOX :
Etude des effets apoptotiques induits par les neurotoxines du dinoflagellé Alexandrium pacificum (catenella) chez l'huître Crassostrea gigas : Conséquences sur la susceptibilité des huîtres aux pathogènes

* BLUECANCER :
Biologie cellulaire et évolutive du cancer transmissible de la moule bleue

* DIVERSIVIB :
Caractérisation d'une nouvelle vibriose associée au syndrôme de mortalité massive des huîtres juvéniles

* EN3VI :
Caractérisation de la virulence de la bactérie pathogène d'huîtres Vibrio tasmaniensis LGP 32, induite par le dinoflagellé Alexandrium pacificum (catenella)

* HAPLOFIT:
Rôle des haplotypes viraux dans la fitness virale

* HEMOMICROBIOTE :
Composition et dynamique de l’hémo-microbiote de Crassostrea gigas : diversité microbienne, relation avec le fond génétique des huîtres et avec l’environnement

* HEMOVIR :
Interaction des haplotypes viraux et des hémocytes de l’huître lors d’infection par OsHV-1 µVar

* INTERVIBRIO :
Identification de réservoirs de vibrios pathogènes d'huîtres et des espèces planctoniques pouvant favoriser leur infection dans la lagune de Thau

* LIKE INHOSPITALITY :
Explorer le paradoxe des holobiontes : des interfaces microbicides sièges d'interactions durables avec les bactéries

* TRANSCAN :
Ecologie et évolution des cancers transmissibles

* VIBRAM :
Etude du rôle des interactions Vibrios-Amibes dans l'émergence de pathogènes en milieu marin

*VIVALDI :
Prévenir et contrôler les maladies de mollusques bivalves

Prix des étudiants MIMM

Maxime Lafont
Prix du meilleur exposé.
Immuninv 2017, 7-9 juin 2017, Lyon, France
Laura Chapelet
Prix du meilleur poster décerné par la Sociéte Française des Peptides Antimicrobiens
Antimicrobial Peptide Symposium, AMP2016, 6-8 juin 2016, Montpellier, France
Tristan Rubio
Vainqueur région Languedoc-Roussillon
Concours « Ma thèse en 180 secondes », 2016
Tristan Rubio
Vainqueur des Doctoriales transfrontalières France-Espagne, 2015
Aurore Poirier
Prix du meilleur poster
EMBO / ESF Research conference on integrated insect immunology, 23-28 Septembre 2013, Pultusk, Pologne