MIMM/Emergence/HAPLOFIT

HAPLOFIT

Rôle des haplotypes viraux dans la fitness virale


HAPLOFIT, Labex Cemeb 2019

Coordinateur : Jean-Michel Escoubas

Il est maintenant clair que les virus ne peuvent plus être considérés comme des génomes uniques, mais représentent des assemblages d’haplotypes génétiquement diversifiés, même au sein d’un même hôte. Le défi consiste à comprendre la distribution spatiale et la dynamique évolutive des assemblages d’haplotypes et les conséquences pour les caractères liés à la maladie, tels que la virulence. Le projet HaploFit a pour objectif de déterminer le rôle des assemblages d’haplotypes du virus de l’herpès OsHV-1 µVar, l’agent responsable du déclenchement du syndrome de mortalité de masse dans l’ostréiculture Française. Nous proposons de quantifier la variation de la composition des haplotypes viraux au sein et entre les individus d’huîtres de deux sites d’aquaculture, en utilisant une approche quantitative-génomique. Dans des expériences d’infection contrôlée, nous suivrons l’évolution de la diversité virale au sein de l’hôte et mesurerons les niveaux associés de pathogénicité sur des huîtres présentant différents antécédents génétiques de résistance. Ce projet exploratoire permettra de mieux comprendre le lien entre les processus de sélection virale intra-hôte, l’expression des symptômes de la maladie et la survenue d’un syndrome de mortalité massive.

Partenaire 1 : Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements  (UMR 5244, CNRS, Ifremer, Université de Perpignan Via Domitia, Université de Montpellier, Labex CeMeb, labex Tulip). Jean Delmotte, Cristian Chaparro, Caroline Montagnanie et Philippe Haffner.

Partenaire 2 : Institut des Sciencs de l’Evolution de Montpellier (UMR 5554, CNRS, IRD, EPHE, Université de Montpellier, Labex CeMeb). Jean-Christophe AVARRE et Oliver KALTZ.

Partenaire 3: Laboratoire des Sciences de l’Environnement Marin (LEMAR UMR6539, CNRS, IRD, Ifremer, Université de Bretagne Occidentale, Labex MER). Bruno Petton.