MIMM/Emergence/HEMOMICROBIOTE

Composition et dynamique de l’hémo-microbiote de Crassostrea gigas : diversité microbienne, relation avec le fond génétique des huîtres et avec l’environnement

Politique de site Ifremer 2015-2016 ; CoDyVir, EMBRC France 2017

Les mortalités massives d’huîtres creuses sont révélatrices de maladies multifactorielles complexes dont la pathogenèse reste mal connue. De plus, de nombreuses études émergent aujourd’hui sur l’impact des assemblages d’espèces (holobiontes) et de leur dynamique sur l’interaction du méta-organisme avec l’environnement. Dans ce contexte, le projet hémo-microbiote propose pour la première fois – via des approches globales, sans a priori- (i) de caractériser  l’ensemble de la communauté microbienne (procaryotes, protistes et virus) présente au sein de l’hémolymphe des huitres. Pour cela nous avons utilisé 5 familles d’huitres de fonds génétique différents produites en écloserie. Ces 5 familles ont ensuite été transplantées dans l’environnement naturel en période infectieuse et non infectieuse. La diversité microbienne de l’hémolymphe a ensuite été analysée par des approches de séquençage haut débit. Ces approches nous ont permis (i) de caractériser la structure et la dynamiques des 3 communautés microbiennes et (ii) de déterminer l’influence du fond génétique des huîtres et de la microflore environnementale sur la composition et la dynamique de ces communautés.

Résultats marquants

Ce projet a permis de montrer que l’hémolymphe des huîtres constitue une niche écologique complexe et dynamique. En effet, l’hémolymphe héberge des bactéries comme déjà décrit mais aussi des protistes et des virus. L’acquisition de ces populations microbiennes durant les stades précoces de développement des huîtres n’est quasiment pas influencée par le fonds génétique des animaux et les facteurs environnement semblent prépondérants dans l’établissement de ce microbiote. La transplantation des huîtres en milieu naturel durant des périodes non-infectieuses et infectieuses montrent que là encore l’environnement joue un rôle prépondérant dans la dynamique de l’hémo-microbiote. Toutefois, durant la période infectieuse, le fond génétique des animaux joue un rôle clé dans la dynamique des populations virales de l’hémolymphe.

Résultats marquants

Ce projet a permis de montrer que l’hémolymphe des huîtres constitue une niche écologique complexe et dynamique. En effet, l’hémolymphe héberge des bactéries comme déjà décrit mais aussi des protistes et des virus. L’acquisition de ces populations microbiennes durant les stades précoces de développement des huîtres n’est quasiment pas influencée par le fonds génétique des animaux et les facteurs environnement semblent prépondérants dans l’établissement de ce microbiote. La transplantation des huîtres en milieu naturel durant des périodes non-infectieuses et infectieuses montrent que là encore l’environnement joue un rôle prépondérant dans la dynamique de l’hémo-microbiote. Toutefois, durant la période infectieuse, le fond génétique des animaux joue un rôle clé dans la dynamique des populations virales de l’hémolymphe.

illustration à venir