IHPE – CLEMENT Julie

portrait-Clement-JIHPE UMR 5244
Université de Perpignan via Domitia
52 Avenue Paul Alduy
F-66860 Perpignan Cedex
Tel +33(0)4-68-66-20-50
Fax +33(0)4-68-66-22-81
email: julie.clement@univ-perp.fr

GRADE : Chargée de Recherches CNRS
EQUIPE : 2MAP

RESEAUX SOCIAUX SCIENTIFIQUES :

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DOMAINE D’EXPERTISE-RECHERCHE :
Mon parcours scientifique s’est construit autour d’un intérêt marqué pour l’évolution des populations et leur adaptation à leur environnement. Durant ma thèse, j’ai développé des compétences en écologie évolutive et en épidémiologie. Par des approches d’infections in vitro et de biologie moléculaire, j’ai voulu comprendre l’effet de la résistance de l’hôte et de la compétition intraspécifique sur les traits d’histoire de vie d’un parasite (Phytophthora infestans) de la pomme de terre. Lors de mon ATER, j’ai développé des compétences à l’échelle du génome en recherchant les traces de sélection dans différentes souches géographiques d’un même parasite (Schistosoma mansoni). J’ai à la fois réalisé les expériences au laboratoire (infections, biologie moléculaire) et je me suis formée à l’analyse bioinformatique pour analyser les données issues du reséquençage de génomes (recherche de SNPs et CNVs, génomique des populations).

Depuis 2013, je travaille sur la régulation de la localisation des sites de recombinaison méiotique à l’échelle du génome (analyses bioinformatiques de données -omiques). Dans mes projets, j’ai exploré différents aspects du rôle de PRDM9, une protéine capable de diriger la machinerie de recombinaison à ses sites de fixation. Son rôle dans l’évolution des cartes de recombinaison et donc des génomes est intrigant, d’autant plus qu’elle aurait été perdue partiellement ou totalement plusieurs fois au cours de l’évolution chez les Métazoaires. Jusqu’à récemment, mes recherches étaient centrées sur le modèle souris mais je participe aujourd’hui à deux projets impliquant des espèces de poisson et j’ai rejoint l’IHPE pour développer un projet portant sur la recombinaison méiotique chez des invertébrés. Mon objectif est d’explorer le rôle de PRDM9 chez ces espèces en combinant différentes approches, et tester l’hypothèse d’une fonction de localisation des sites de recombinaison méiotique. Ceci me permettra ensuite de comprendre comment des modifications du génome (ex. élements mobiles) ou de la chromatine (ex. méthylation d’histones) causées par des perturbations environnementales peuvent impacter le processus de recombinaison méiotique, et donc les innovations génétiques qui en émergent.

En dehors des activités de recherche, je veille à diffuser et à encourager les bonnes pratiques d’analyse et de stockage des données et je milite pour une science plus ouverte et reproductible (principes FAIR).

 

CURSUS :
2022- CRCN CNRS (IHPE)
2019-2022 CRCN CNRS (Institut de Génétique Humaine, Montpellier)
2013-2019 Post-Doctorat (Institut de Génétique Humaine, Montpellier)
2011-2012 ATER (Université de Perpignan via Domitia)
2008-2011 Doctorat (INRA Rennes)
2004-2007 Ecole Nationale Superieure d’Agronomie et des Industries Alimentaires (ENSAIA Nancy)
2002-2004 CPGE BCPST (Lycée Faidherbe, Lille)
2002 Baccalauréat Scientifique

 

DERNIERES PUBLICATIONS HORS IHPE :

  • Délye, J. A. J. Clément, F. Pernin, B. Chauvel, V. Le Corre. 2010. High gene flow promotes the genetic homogeneity of arable weed populations at the landscape level. Basic and Applied Ecology 11:504-512
  • A. J. Clément, H. Magalon, R. Pellé, B. Marquer and D. Andrivon. 2010. Alteration of pathogenicity-linked life history traits by resistance of its host Solanum tuberosum impacts sexual reproduction of the plant pathogenic oomycete Phytophthora infestans. Journal of Evolutionary Biology 23:2668-2676
  • A. J. Clément, H. Magalon, I. Glais, E. Jacquot and D. Andrivon. 2012. To be or not to be competitive: Phytophthora infestans’ dilemma for optimizing its reproductive fitness. PLoS ONE, 7(6):e37838
  • A. J. Clément, T. K. Baldwin, H. Magalon, I. Glais, C. Gracianne, D. andrivon and E. Jacquot. 2013. Discrimination and quantification of Phytophthora infestans isolates using a real-time PCR assay that targets polymorphisms of the Avr3a gene. Letters in Applied Microbiology, 56(5):322-332
  • Andrivon, J. Montarry, R. Corbière, C. Pasco, I. Glais, B. Marquer, J.A.J. Clément, M. Castel, F. Hamelin. 2013. The hard life of Phytophthora infestans: when trade-offs shape evolution in a biotrophic plant pathogen. Plant Pathology 62:28-35
  • A.J Clément, D. Roquis, H. Parrnello, C. Cosseau, J. Boissier, A. Rognon, M. Gautier, G. Mitta and C. Grunau. 2013. Private Selective Sweeps Identified from Next-Generation Pool-Sequencing Reveal Convergent Pathways under Selection in Two Inbred Schistosoma mansoni Strains. PLoS Neglected Tropical Diseases 7(12):e2591
  • Grey*, J.A.J. Clément*, J. Buard, B. Leblanc, Y. Gut, M. Gut, L. Duret, B. de Massy. 2017. In vivo binding of PRDM9 reveals interaction with non-canonical genomic. Genome Research 27:580-590 *co-first authors
  • Clément, B. de Massy. 2017. Birth and death of a protein. eLife 6:e29502
  • Diagouraga*, J.A.J. Clément*, L. Duret, J. Kadlec, B. de Massy, F. Baudat. 2018. PRDM9 histone methyltransferase activity is essential for specifying meiotic recombination hotspots in mouse *co-first authors ; Molecular Cell 69(5):853-865
  • Papanikos*, J.A.J. Clément*, C. Grey,…, B. de Massy**, A. Toth**. 2019. Mouse ANKRD31 Regulates Spatiotemporal Patterning of Meiotic Recombination Initiation and Ensures Recombination between X and Y Sex Chromosomes. *co-first authors **co-corresponding authors. Molecular Cell 74(5) :1069-1085
  • Leclerc, J.A.J. Clément, D. Andrivon, F. Hamelin. 2019. Assessing the effects of quantitative host resistance on the life-history traits of sporulating parasites with growing lesions ; Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 286(1912)
  • Imai*, M. Biot*, J.A.J. Clément, M. Teragaki, S. Urbach, T. Robert, F. Baudat, C. Grey, B. de Massy. 2020. PRDM9 activity depends on HELLS and promotes local 5-hydroxymethylcytosine enrichment ; eLife 9 :1-33 *co-first authors
  • Nore*, A.B. Juarez-Martinez*, J.A.J. Clément, C. Brun, B. Diagouraga, C. Grey, H.-M. Bourbon, J. Kadlec, T. Robert and B. de Massy. TOPOVIBL-REC114 interaction regulates meiotic DNA double-strand breaks *co-first authors bioRxiv doi: https://doi.org/10.1101/2021.11.30.470517