Equipe MIA : Micro-évolution des Interactions dans l’Anthropocène

De l’adaptation rapide en populations naturelles à la gestion des écosystèmes


L’équipe MIA s’intéresse aux réponses adaptatives (au sens large) rapides des populations naturelles aux changements globaux, que ce soit les modifications des conditions abiotiques (e.g.  réchauffement climatique) ou des interactions biotiques (e.g. émergence de pathogènes), et vise à proposer en réponse à cet enjeu majeur de l’Anthropocène de nouvelles mesures de gestion des écosystèmes.
Les écosystèmes sont des systèmes dynamiques qui souffrent aujourd’hui de nombreuses perturbations d’origine anthropique. L’équipe se concentre sur l’étude des des populations et des communautés et leurs réponses adaptatives rapides (sensu lato) aux changements biotiques et abiotiques contemporains. Cette courte échelle évolutive s’étend de la durée de vie de l’organisme, que nous considérons en tant qu’holobionte, à un petit nombre de générations. Nos approches sont principalement axées sur les populations naturelles mais incluent également des expérimentations in natura et en mésocosmes. Nous considérons toutes les modifications permettant des adaptations rapides potentielles : les variations au niveau génomique (mutations, variations du nombre de copies de gènes, introgression), les variations épigénomiques (dynamique des éléments transposables, modifications des histones, méthylation), ainsi que les modifications taxonomiques et fonctionnelles du microbiote. Nos recherches, qui considèrent l’organisme en tant que composante de l’écosystème et les liens entre la santé (médicale et vétérinaire) et l’environnement, entrent dans le cadre de l’approche « One Health – une seule santé ». Nous utilisons également des outils de modélisation épidémiologique et mathématique pour anticiper le devenir de ces interactions changeantes entre les organismes et leurs environnements. Les connaissances fondamentales acquises lors de nos études visent à proposer des mesures de gestion des écosystèmes en étroite collaboration avec les sciences sociales et les parties prenantes.


Responsables :
TOULZA Eve, Maître de Conférences Univ. Perpignan
VIDAL-DUPIOL Jérémie, Chercheur Ifremer

Personnel permanent :
BOISSIER Jérôme, Professeur Univ. Perpignan
BULLA Ingo, Ingénieur de Recherche CNRS
GUEGUEN Yannick, Chercheur Ifremer
KY Chin-Long, chercheur Ifremer
LANGAND Juliette, Maître de Conférence Univ. Perpignan
MONTAGNANI Caroline, chercheuse Ifremer
REY Olivier, Maître de Conférence Univ. Perpignan

Personnel non permanent :
DORANT Yann, Post-doctorant Ifremer
MATHIEU-BEGNE Eglantine, Post-doctorante Univ. Perpignan

BLANCHON Cécile, Doctorante Univ. Perpignan
BLIN Manon, Doctorante Cifre-Univ. Perpignan
DOUCHET Philippe, Doctorant Univ. Perpignan
GAWRA Janan, Doctorant Univ. Perpignan
ONYEKWERE Amos, Doctorant Univ. Perpignan

En cliquant sur la punaise vous obtiendrez le nom et l’URL du partenaire.

Nationaux

ANR : HySWARM (2018-2023) Hybrid swarm, the role of hybridization in the invasive capacity, epidemiology and diagnosis of schistosomiasis
Porteur de projet : Jérôme Boissier
Responsable scientifique IHPE : Jérôme Boissier
Partenaires :  BIPAR-ENVA Paris  /  INSERM-CPTP Toulouse  /  LDBIO DIAGNOSTICS Lyon

ANR : RADICAL (2017-2022) Radical-based therapeutic strategy to fight parasitic diseases
Porteur de projet : Gérard Audran
Responsable scientifique IHPE : Jérôme Boissier
Partenaires : ICR Marseille  /  LCC Toulouse

ANSES : Molrisk (2019-2023) Un nouvel outil pour inférer le risque de propagation des maladies infectieuses transmises par les mollusques d’eau douce en Europe
Porteur de projet : Jérôme Boissier
Responsable scientifique IHPE : Jérôme Boissier
Partenaires :  CEFE MontpellierMIVEGEC Montpellier

Ec2Co: DiTrawlMed (2019-2021) Diversity of dinoflagellate cysts suspended by demersal trawling activities in the continental shelf of the Mediterranean Sea using DNA metabarcoding
Porteur de projet : Estelle Masseret
Responsable scientifique IHPE : Eve Toulza
Partenaires : MARBEC Montpellier  /   ISEM Montpellier

CHANEL : POEMA (2021-2025) Accompagnement vers une production améliorée et éco-responsable de produits perliers CHANEL à partir de l’huître perlière P. margaritifera
Porteur de projet : Chin-Long Ky
Responsable scientifique IHPE : Chin-Long Ky
Partenaires : IHPE / RMPF

Fonds Européen pour les Affaires Maritimes et la Pêche : GestInnov (2021-2023) Gestion innovante et durable des mortalités d’huîtres
Porteur de projet : Jérémie Vidal-Dupiol
Responsable scientifique IHPE : Jérémie Vidal-Dupiol
Partenaires : IHPE /LGPMM /Ets Papin / Ets MediThau / RMPF

Institutionnels

IHPE Objectif Biologie des Systèmes : INCOMPRIS  (2021-2022) : Toward an INtegrative study of host COMPetences: the role of immune PRIming on disease dynamicS
Porteur de projet : Olivier Rey (MIA), Marie-Agnès Travers (TREV), Benjamin Gourbal (2MAP), Caroline Montagnani (MIA)
Responsable scientifique IHPE : Olivier Rey
Partenaires : HPE, Equipe 2MAP  / HPE, Equipe TREV  /

FREE2043 + Ecole doctorale 305 : LAGUNE (2019-2022) Thèse Cécile Blanchon : Evaluation des interactions entre contaminants organiques, communautés microbiennes et l’huître Crassostrea gigas en microcosmes et mésocosmes traités sous conditions photo-oxydatives contrôlées.
Porteur de projet : Christophe Calvayrac, Gaël Plantard & Eve Toulza
Responsable scientifique IHPE : Eve Toulza
Partenaires : BAE-LBBM Perpignan  /  PROMES Perpignan

FREE2043 : ParaPO (2020-2021) La gestion de la transmission des parasites des troupeaux, Fasciola hepathica et Calicophoron daubenyi, sur les estives des Pyrénées Orientales
Porteur de projet : Juliette Langand
Responsable scientifique IHPE : Juliette Langand
Partenaires : HPNP Tautavel  /  Parc Naturel Régional des Pyrénées Catalanes  / Fédération de chasse 66  / éleveurs agriculteurs, vétérinaires et abattoir de Perpignan

IFREMER DS : GENOMAX (2019-2021) Etude comparative des génomes des huîtres perlières P. margaritifera et P. maxima, une coopération franco-australienne
Porteur de projet : Chin-Long Ky
Responsable scientifique IHPE : Jérémie Vidal-Dupiol
Partenaires : James Cook University, AustralieRMPF Tahiti

IFREMER DS / GT Huître : TidORSTREA (2020-2025) Zones intertidales et changements d’habitats, plasticités phénotypiques et réponses adaptatives chez les bivalves sessiles en milieu tempéré (Crassostrea) et tropical (Saccostrea)
Porteur de projet : Chin-Long Ky & Yannick Gueguen
Responsable scientifique IHPE : Chin-Long Ky
Partenaires : LGPMM La Tremblade  / LEMAR Argenton IFREMER Sète  /  IFREMER Tahiti

IFREMER GT Huître : GT Huître (2019-2022) Mécanismes moléculaires responsables de la résistance de l’huître creuse, de la virulence de l’herpesvirus (OsHV1-µvar) et leur coévolution
Porteur de projet : Jérémie Vidal-Dupiol & Yannick Gueguen
Responsable scientifique IHPE : Jérémie Vidal-Dupiol
Partenaires : LGPMM La Tremblade PFOM Plouzané

IFREMER DS : CORRUPT (2019-2021) Impact de sintéractions tripartites bactéries, virus, et hôte sur la réponse antivirale de l’huître C. gigas
Porteur de projet : Caroline Montagnani
Responsable scientifique IHPE : Caroline Montagnani
Partenaires : Station Biologique Roscoff, Equipe GV

IFREMER DS : DIVEPICOR (2020-2021) Etude de la diversité épigénétique des coraux et fonction écosystémique des récifs coralliens
Porteur de projet : Olivier Rey & Jérémie Vidal-Dupiol
Responsable scientifique IHPE : Olivier Rey
Partenaires : ENTROPIE Perpignan

IFREMER DS : ANOXIMO (2020-2021) Effet de l’ANOXIe et des MOrtalités d’huîtres sur les flux biogéochimiques et les communautés de micro-et macroorganismes de la lagune de Thau
Porteur de projet : Marion Richard
Responsable scientifique IHPE : Yannick Gueguen
Partenaires : MARBEC Montpellier

IFREMER DS : MICROLAG (2020-2021) Impact des mortalités d’huîtres sur le microbiome lagunaire. A la recherche d’un réservoir potentiel de pathogènes
Porteur de projet : Audrey Caro
Responsable scientifique IHPE : Yannick Gueguen
Partenaires : MARBEC Montpellier

IFREMER Ino’Idée : STAR (2019-2021) Stimulation antivirale chez l’huître Crassostrea gigas
Porteur de projet : Caroline Montagnani & Benjamin Morga
Responsable scientifique IHPE : Caroline Montagnani
Partenaires : IHPE, Equipe TREV  /  LEMAR Brest  /  LGPMM La Tremblade

IFREMER ANTIBIOTHAU (2021-2022) Projet pilote pour évaluer le risque de l’antibiorésistance dans le bassin ostréicole de Thau
Porteur de projet : Caroline Montagnani
Responsable scientifique : Caroline Montagnani
Partenaires : IHPE / MARBEC Montpellier / SMBT / MIVEGEC

IFREMER AFD : SAAFE (2021-2024) Marqueur d’adaptation et d’acclimatation aux changement globaux et gestion de l’écosystème
Porteur de projet : Jérémie Vidal-Dupiol
Responsable scientifique : Jérémie Vidal-Dupiol
Partenaires : IHPE / LEAD-NC / RMPF-PF / USP-Fiji

IFREMER DS : DIVEPICOR (2019-2021) Etude de la diversité épigénétique des coraux et fonction écosystémique des récifs coralliens
Porteur de projet : Olivier Rey
Responsable scientifique IHPE : Olivier Rey
Partenaires : IHPE

Régionaux

DRM Polynésie : OstreaPOL (2020-2023) Innovation scientifique et technologique pour la relance potentielle d’une filière ostréicole (Saccostrea sp.) en Polynésie française
Porteur de projet : Chin-Long Ky & Christian Monaco
Responsable scientifique IHPE : Chin-Long Ky
Partenaires :  RMPF Tahiti

DRM Polynésie : QUANAPA (2020-2025) Qualité des Nacres et Perles Améliorées : études des interactions donneuse-receveuse-environnement
Porteur de projet : Chin-Long Ky
Responsable scientifique IHPE : Chin-Long Ky
Partenaires :  RMPF Tahiti

DRM Polynésie : ColoGEN2 (2019-2021) Etude des variants de coloration des huîtres perlières des Tuamotu, diversité génétique et phénotypique
Porteur de projet : Chin-Long Ky
Responsable scientifique IHPE : Chin-Long Ky
Partenaires :  RMPF Tahiti

Privés

PARTENAIRE PRIVE : PinctAdapt (2019-2024) Adapatation et acclimatation transgenerationnel de l’huitre perlière aux changements globaux
Porteur de projet : Jérémy Le Luyer
Responsable scientifique IHPE : Jérémie Vidal-Dupiol
Partenaires : EIO Tahiti  /  Institut FRESNEL Marseille  /  Louis Bernatchez’s Lab, QuébecCRIOBE Perpignan

EN COURS

Cécile BLANCHON (2023 Dir. Christophe Calvayrac, Gael Plantard & Eve Toulza)
Evaluation des interactions entre contaminants organiques, communautés microbiennes et l’huître Crassostrea gigas en microcosmes et mésocosmes traités sous conditions photo-oxydatives contrôlées
Manon BLIN (2023 Dir. Jérôme Boissier & Julien Portela)
SchistoLAMP : un nouvel outil pour le diagnostic des schistosomiases
Philippe DOUCHET (2023 Dir. Jérôme Boissier & Olivier Rey)
Etude des communautés de trématodes inféodés aux écosystèmes d’eau douce par des approches d’ADN environnemental
Amos ONYEKWERE (2022 Dir. Jérôme Boissier & Olivier Rey)
Structure génétique de population et hybridation de la schistosomiase au Nigéria
Janan GAWRA (2021 Dir. Christoph Grunau, Jérémie Vidal-Dupiol & Jean-Baptiste Lamy)
Approche intégrative des mécanismes de résistance au syndrome de mortalités massives chez les juvéniles d’huître creuse Crassostrea gigas (POMS)

SOUTENUES

Jean DELMOTTE (2021 Dir. Jean-Michel Escoubas & Caroline Montagnani)
Caractérisation de la diversité et de la dynamique du virome de Crassostrea gigas et analyse de son interaction avec la réponse antivirale de l’huître.

Stephen MULERO (2020, Dir. Jérôme Boissier & Olivier Rey)
MOLRISK, un nouvel outil de diagnostic pour inférer le risque de transmission des maladies infectieuses transmises par les mollusques.
Stephen est ingénieur de recherche, responsable de la plateforme eDNA (AnaEE France) du laboratoire d’Ecologie Alpine

Camille HUOT (2019 Dir. David Duval & Eve Toulza)
Caractérisation et rôle, dans l’interaction tripartite, du microbiote d’hôtes intermédiaires Planorbidae des parasites trématodes Schistosoma spp., agents responsables de la bilharziose.

Pierre-Louis STENGER (2019 Dir. Chin Long Ky & Serge Planes)
Plasticité et diversité chromatique de l’huître perlière Pinctada margaritifera var. cumingii: exploration du triptyque phénome, génome et épigénome.
Pierre-Louis est en post-doctorat à l’Institut Agronomique Néo-Calédonien IAC

Julien KINCAID-SMITH (2018 Dir. Jérôme Boissier & Eve Toulza)
Modification des traits d’histoire de vie au cours de l’hybridation et analyse des mécanismes moléculaires sous-jacents chez les parasites plathelminthes du genre Schistosoma (le pdf sur HAL)
Julien est en post-doctorat au Royal Veterinary College de Londres (UK)

Maxime LAFONT (2017 Dir. Benjamin Gourbal & Caroline Montagnani)
Mécanismes et spécificité du priming immunitaire antiviral chez un Lophotrochozoaire, l’huître creuse Crassostrea gigas ( le pdf sur HAL )
Maxime est Directeur Technique chez Bioceanor

Kelly BRENER-RAFFALLI (2017 Dir. Guillaume Mitta & Eve Toulza)
Dynamique de l’holobionte corallien et plasticité transcriptomique : variabilité interindividuelle, interpopulationnelle et interspécifique (le pdf  sur HAL)
Kelly est Conseillère Principale d’Education dans l’Education Nationale

Marion PICARD (2015 Dir. Jérôme Boissier & Céline Cosseau)
Etude des bases moléculaires du déterminisme sexuel et de la différenciation chez une espèce hétérogamétique femelle ZZ-ZW : Schistosoma mansoni (le pdf sur HAL)
Marion effectue son 3e post-doctorat, au BIOM 

Rodolfo RONDON (2015 Dir. Caroline Montagnani & Céline Cosseau)
Effets de l’exposition parental au diuron sur le méthylome et transcriptome de l’huître creuse Crassostrea gigas : Impact de fonctions de gènes ciblées par le polluant ?
Rodolfo est chercheur à l’INACH (Chili)

portail de la collection depuis 2021
listing des publications depuis 2021
production des auteurs de l’équipe avant la création de celle-ci :

2021

Crego-Vicente, B., P. Fernández-Soto, B. Febrer-Sendra, J. García-Bernalt Diego, J. Boissier, E. K. Angora, A. Oleaga and A. Muro* (2021) Application of a genus-specific LAMP assay for schistosome species to detect Schistosoma haematobium x Schistosoma bovis hybrids. Journal of Clinical Medicine 10: 1308.
DOI 10.3390/jcm10061308 / HAL / Facteur d’impact 2019=3.303 / 5 ans= pas encore, publié depuis 2017 seulement / Quartile 1 dans Medicine, General & Internal

De Carvalho Augusto, R., O. Rey, C. Cosseau, C. Chaparro, J. Vidal-Dupiol, J. F. Allienne, D. Duval, S. Pinaud, S. Tönges, R. Andriantsoa, E. Luquet, F. Aubret, M. Dia Sow, P. David, V. Thomson, D. Joly, M. Gomes Lima, D. Federico, E. Danchin, A. Minoda and C. Grunau (2021) A simple ATAC-seq protocol for population epigenetics [version 2; peer review: 2 approved]. Wellcome Open Research 5: 121 revised
DOI 10.12688/wellcomeopenres.15552.2 / HAL

Dittami, S. M., E. Arboleda, J.-C. Auguet, A. Bigalke, E. Briand, P. Cardenas, U. Cardini, J. Decelle, A. H. Engelen, D. Eveillard, C. M. M. Gachon, S. M. Griffiths, T. Harder, E. Kayal, E. Kazamia, F. H. Lallier, M. Medina, E. M. Marzinelli, T. Morganti, L. Núñez Pons, S. Prado, J. Pintado Valverde, M. Saha, M. A. Selosse, D. Skillings, W. Stock, S. Sunagawa, E. Toulza, A. Vorobev, C. Leblanc, F. Not The Holomarine working group (2021) A community perspective on the concept of marine holobionts: current status, challenges, and future directions. Peer Journal 9: e10911.
DOI 10.7717/peerj.10911 / HAL / Facteur d’impact 2019=2.379 / 5 ans=2.81 / Quartile 2 dans Multidisciplinary Sciences
[Historique : 2019 Peer J Preprint, 2020 Recommended PCI Ecology, 2021 Peer Journal]

Fargeot, L., G. Loot, J. Prunier, O. Rey, C. Veyssière and S. Blanchet (2021) Patterns of Epigenetic Diversity in Two Sympatric Fish Species: Genetic vs. Environmental Determinants. Genes 12: 107.
DOI 10.3390/genes12010107 / HAL / Facteur d’impact 2019=3.759 / 5 ans=3.822 / Quartile 2 dans Genetics & Heredity

Le Govic, Y., B. Gourbal and J. Boissier (2021). Booming omics in Schistosoma. Trends in Parasitology 37: 6-8
DOI 10.1016/j.pt.2020.10.010 / HAL / Facteur d’impact 2019=6.918 / 5 ans=7.352 / Quartile 1 dans Parasitology

Mulero, S., E. Toulza, A. Loisier, M. Zimmerman, J. F. Allienne, J. Foata, Y. Quilichini, J. P. Pointier, O. Rey and J. Boissier (2021) Malacological survey in a bottle of water: a comparative study between manual sampling and environmental DNA metabarcoding approaches. Global Ecology and Conservation 25: e01428.
DOI 10.1016/j.gecco.2020.e01428 / HAL / Facteur d’impact 2019=2.526 / 5 ans=3.202 / Quartile 2 dans Biodiversity Conservation ; Quartile 2 dans Ecology

Petton, B., D. Destoumieux-Garzόn, F. Pernet, E. Toulza, J. De Lorgeril, L. Degremont and G. Mitta (2021) The Pacific Oyster Mortality Syndrome, a polymicrobial and multifactorial disease: state of knowledge and future directions. Frontiers in Immunology 12: 630343.
DOI 10.3389/fimmu.2021.630343 / HAL / Facteur d’impact 2019=5.085 / 5 ans=5.733 / Quartile 1 dans Immunology

Rey, O., E. Toulza, C. Chaparro, J. F. Allienne, J. Kincaid-Smith, E. Mathieu-Bégné, F. Allan, D. Rollinson, B. L. Webster and J. Boissier (2021) Diverging patterns of introgression from Schistosoma bovis across S. haematobium African lineages. Plos Pathogens 17: e1009313.
DOI 10.1371/journal.ppat.1009313 / HAL / Facteur d’impact 2019=6.218 / 5 ans=6.479 / Quartile 1 dans Microbiology ; Quartile 1 dans Parasitology ; Quartile 1 dans Virology

Rey, O., B. L. Webster, T. Huyse, D. Rollinson, F. Van Den Broeck, J. Kincaid-Smith, A. Onyekwere and J. Boissier (2021) Population genetics of African Schistosoma species. Infection Genetics and Evolution 89: 104727.
DOI 10.1016/j.meegid.2021.104727 / HAL / Facteur d’impact 2019=2.773 / 5 ans=2.720 / Quartile 3 dans Infectious Diseases

Richard, M., J. L. Rolland, Y. Gueguen, J. De Lorgeril, J. Pouzadoux, B. Mostajir, B. Bec, S. Mas, D. Parin, P. Le Gall, S. Mortreux, A. Fiandrino, F. Lagarde, G. Messiaen, M. Fortune and E. Roque D’Orbcastel (2021). In Situ Characterisation of Pathogen Dynamics during a Pacific Oyster Mortality Syndrome Episode. Marine Environmental Research 165: 105251.
DOI 10.1016/j.marenvres.2020.105251 / HAL / Facteur d’impact 2019=2.727 / 5 ans=3.496 / Quartile 1 dans Marine & Freswhater Biology  ; Quartile 2 dans Environmental Sciences ; Quartile 3 dans Toxicology

Rothe, C., T. Zimmer, M. Schunk, C. Wallrauch, K. Helfrich, F. Gultekin, G. Bretzel, J. F. Allienne and J. Boissier (2021) Developing Endemicity of Schistosomiasis, Corsica, France. Emerging Infectious Disease 27: 319-321.
DOI 10.3201/eid2701.204391 / HAL / Facteur d’impact 2019=6.259 / 5 ans=6.757 / Quartile 1 dans Immunology ; Quartile 1 dans Infectious diseases

Stenger, P. L., C. L. Ky, C. Reisser, C. Cosseau, C. Grunau, M. Mege, S. Planes and J. Vidal-Dupiol (2021) Environmentally driver color variation in the pearl oster Pinctada margaritifera var. cumingii (Linnaeus, 1758) is associated with differential methylation of CpGs in pigment- and biomineralization-related genes. Frontiers in Genetics 12: 630290.
DOI 10.3389/fgene.2021.630290 / HAL / Facteur d’impact 2019=3.260 / 5 ans=4.007 / Quartile 2 dans Genetics & Heredity

Stenger, P. L., C. L. Ky, C. Reisser, J. Duboisset, H. Dicko, P. Durand, L. Quintric, S. Planes and J. Vidal-Dupiol (2021) Molecular Pathways and Pigments Underlying the Colors of the Pearl Oyster Pinctada margaritifera var. cumingii (Linnaeus 1758). Genes 12: 421.
DOI 10.3390/genes12030421 / HAL / Facteur d’impact 2019= 3.759 / 5 ans= 3.822 / Quartile 2 dans Genetics & Heredity

2020

Alves Monteiro, H. J., C. Brahmi, A. B. Mayfield, J. Vidal-Dupiol, B. Lapeyre and J. Le Luyer (2020) Molecular mechanisms of acclimatation to long-term elevated temperature exposure in marine symbioses. Global Change Biology 26(3): 1271-1284.
DOI 10.1111/gcb.14907 / HAL /  Facteur d’impact 2019=8.555 / 5 ans = 9.827 / Quartile 1 Biodiversity & Conservation ; Quartile 1 Ecology ; Quartile 1 Environmental Sciences

Blanchet, S., J. G. Prunier, I. Paz-Vinas, K. Saint-Pé, O. Rey, A. Raffard, E. Mathieu-Bégné, G. Loot, L. Fourtune and V. Dubut (2020) A river runs through it: The causes, consequences, and management of intraspecific diversity in river networks. Evolutionary Applications 13: 1195-1213.
DOI 10.1111/eva.12941 / HAL / Facteur d’impact 2019=4.013 / 5 ans = 5.631 / Quartile 1 Evolutionary Biology

Clerissi C., De Lorgeril J., Petton B., Lucasson A., Escoubas J.M., Gueguen Y., Dégremont L., Mitta G. and Toulza E. (2020) Microbiota composition and evenness predict survival rate of oysters confronted to pacific oyster mortality syndrome. Frontiers in Microbiology 11: 311
DOI 10.3389/fmicb.2020.00311 / HAL / Facteur d’impact 2019=4.235 / 5 ans = 4.926 / Quartile 1 dans Microbiology

Clerissi, C., L. Guillou, J. M. Escoubas and E. Toulza (2020) Unveiling protist diversity associated with the Pacific oyster Crassostrea gigas using blocking and excluding primers. BMC Microbiology 20(13).
DOI 10.1186/s12866-020-01860-1 / HAL / Facteur d’impact 2019 = 2.989 / 5 ans = 3.381 / Quartile 2 Microbiology

De Lorgeril J., Petton B., Lucasson A., Perez V., Stenger P.L., Dégremont L., Montagnani C., Escoubas J.M., Haffner P., Allienne J.F., Leroy M., Lagarde F., Vidal-Dupiol J., Gueguen Y. and Mitta G. (2020) Differential basal expression of immune genes confers Crassostrea gigas resistance to Pacific Oyster Mortality Syndrome. BMC Genomics 21: 63
DOI 10.21203/rs.2.16448/v2 / HAL / Facteur d’impact 2019=3.594 / 5 ans = 4.093 / Quartile 2 dans Biotechnologies & Applied Microbiology  ; Genetics & Heredity

Delmotte J., Chaparro C., Galinier R., De Lorgeril J., Petton B., Stenger P.L., Vidal-Dupiol J., Destoumieux-Garzon D., Gueguen Y., Montagnani C., Escoubas J.M. and Mitta G. (2020) Contribution of viral genomic diversity to oyster susceptibility in the Pacific oyster mortality syndrome. Frontiers in Microbiology 11: 1579
DOI 10.3389/fmicb.2020.01579 / HAL / Facteur d’impact 2019=4.235 / 5 ans = 4.926 / Quartile 1 dans Microbiology

Dupont S., Lokmer A., Corre E., Auguet J.-C., Petton. B., Toulza E., Montagnani C., Tanguy G., Pecqueur D., Salmeron C., Guillou L., Desnues C., La Scola B., Bou Khalil J., de Lorgeril J., Mitta G., Gueguen Y. and Escoubas J.-M. (2020) Oyster hemolymph is a complex and dynamic ecosystem hosting bacteria, protists and viruses. Animal Microbiome 2: 12
DOI 10.1186/s42523-020-00032-w / HAL 

Huot C., Clerissi C., Gourbal B., Galinier R., Duval D. and Toulza E. (2020) Schistosomiasis vector snails and their microbiota display a phylosymbiosis pattern. Frontiers in Microbiology 10: 3092
DOI 10.3389/fmicb.2019.03092 /HAL / Facteur d’impact 2019=4.235 / 5 ans = 4.926 / Quartile 1 dans Microbiology

Kebede, T., N. Bech, J. F. Allienne, O. Rey, B. Erko and J. Boissier (2020) Genetic evidence of the role of non-human primates as reservoir host for human schistosomiasis. Plos Neglected Tropical Diseases 14(9): e0008538
DOI 10.1371/journal.pntd.0008538 / HAL / Facteur d’impact 2019 = 3.885 / 5 ans =4.236 / Quartile 1 Parasitology ; Quartile 1 Tropical Medicine

Lafont M., Vergnes A., Vidal-Dupiol J., De Lorgeril J., Gueguen Y., Haffner P., Petton B., Chaparro C., Barrachina C., Destoumieux-Garzon D., Mitta G., Gourbal B. and Montagnani C. (2020) A sustained mechanism supports long-term immune priming in the pacific oyster Crassostrea gigas. mBIO 11: e02777-02719
DOI 10.1128/mBio.02777-19 / HAL / Facteur d’impact 2019=6.784 / 5 ans = 7.349 / Quartile 1 dans Microbiology

Le Govic Y., Gourbal B. and Boissier J. (2020) Booming omics in Schistosoma. Trends in Parasitology online
DOI 10.1016/j.pt.2020.10.010 / Facteur d’impact 2019=6.918 / 5 ans = 7.352 / Quartile 1 dans Parasitology

Le Moullac, G., C. Soyez, P. Lyonnard, S. Chabrier, L. Milhade, Y. Gueguen and B. Beliaeff (2020) Non-invasive functional exploration techniques for bivalves with applications to pearl oyster Pinctada margaritifera. Reviews in Aquaculture 1-9.
DOI 10.1111/raq.12409 / HAL / Facteur d’impact 2019=7.772 / 5 ans = 7.568) / Quartile 1 Fisheries

Lucasson A., Luo X., Mortaza S., De Lorgeril J., Toulza E., Petton B., Escoubas J.M., Clerissi C., Degremont L., Gueguen Y., Destoumieux-Garzon D., Jacq A., Mitta G. (2020). A core of functionally complementary bacteria colonizes oysters in Pacific Oyster Mortality Syndrome. BIORXIV : 384644 .

Rey, O., C. Eizaguirre, B. Angers, M. Baltazar-Soares, K. Sagonas, J. G. Prunier and S. Blanchet (2020) Linking epigenetics and biological conservation: towards a conservation epigenetics perspective. Functional Ecology 34 : 414-427.
DOI 10.1111/1365-2435.13429 / HAL / Facteur d’impact 2019=4.434 / 5 ans =4.288 / Quartile 1 Ecology

Reyser, T., T. H. To, C. Egwu, L. Paloque, M. Nguyen, A. Hamouy, C. Stigliani, C. Bijani, J. M. Augereau, J. P. Joly, J. Portela, J. Havot, S. R. A. Marque, J. Boissier, A. Robert, F. Benoit-Vical and G. Audran (2020) Alkoxyamines designed as potential drugs against Plasmodium and Schistosoma parasites. Molecules MDPI 25(17): 3838.
DOI 10.3390/molecules25173838 / HAL / Facteur d’impact 2019=3.267 / 5 ans = 3.589 / Quartile 2 Biochemistry & Molecular Biology ; Quartile 2 Chemistry Multidisciplinary

The Holomarine working group, S. M. Dittami, E. Arboleda, J.-C. Auguet, A. Bigalke, E. Briand, P. Cardenas, U. Cardini, J. Decelle, A. H. Engelen, D. Eveillard, C. M. M. Gachon, S. M. Griffiths, T. Harder, E. Kayal, E. Kazamia, F. H. Lallier, M. Medina, E. M. Marzinelli, T. Morganti, L. Núñez Pons, S. Prado, J. Pintado Valverde, M. Saha, M. A. Selosse, D. Skillings, W. Stock, S. Sunagawa, E. Toulza, A. Vorobev, C. Leblanc and F. Not (2020) A community perspective on the concept of marine holobionts: current status, challenges, and future directions. Peer J Preprints  7: e27519v3+ Reviewed and recommanded by PCI Ecology (26/02/2020).
DOI 10.7287/peerj.preprints.27519v3

capture-PCI-Ecology-Article-Dittami-2020

Vidal-Dupiol J., Chaparro C., Pratlong M., Pontarotti P., Grunau C. and Mitta G. (2020) Sequencing, de novo assembly and annotation of the genome of the scleractinian coral, Pocillopora acuta. BIORXIV (698688 du 19 avril 2020)

2019

Angora, E. K., J. Boissier, H. Menan, O. Rey, K. Tuo, A. O. Touré, J. T. Coulibaly, A. Méité, G. Raso, E. K. N’Goran, J. Utzinger and O. Balmer (2019) Prevalence and risk factors for Schistosomiasis among schoolchildren in two settings of Côte d’Ivoire. Tropical Medicine and Infectious Diseases 4(3): 110.
DOI 10.3390/tropicalmed4030110 / HAL /

Angora, K. E., J. F. Allienne, O. Rey, H. Menan, A. O. Touré, J. T. Coulibaly, G. Raso, W. Yavo, E. K. N’Goran, J. Utzinger, O. Balmer and J. Boissier (2019) High prevalence of Schistosoma haematobium x Schistosoma bovis hybrids in schoolchildren in Côte d’Ivoire. Parasitology 147(3): 287 – 294
DOI 10.1017/S0031182019001549

Bech, N., C. Novoa, J. F. Allienne, J. Boissier and E. Bro (2019) Quantifying genetic distance between wild and captive strains of the grey partridge Perdrix perdrix in France: conservation implications. Biodiversity and Conservation 29: 609-624.
DOI 10.1007/s10531-019-01901-w / HAL /

Brahmi, C., L. Chapron, G. Le Moullac, C. Soyez, B. Beliaeff, C. Lazareth, N. Gaertner-Mazouni and J. Vidal-Dupiol (2019) Effect of temperature and pCO2 on the respiration, biomineralization and photophysiology of the giant clam Tridacna maxima. BIORXIV: 672907 (le 18 juin 2019)
DOI 10.1101/672907

Brener-Raffalli, K., J. Vidal-Dupiol, M. Adjeroud, O. Rey, P. Romans, F. Bonhomme, M. Pratlong, A. Haguenauer, R. Pillot, L. Feuillassier, M. Claereboudt, H. Magalon, P. Gélin, P. Pontarotti, D. Aurelle, G. Mitta and E. Toulza (2019) Gene expression plasticity and frontloading promote thermotolerance in Pocilloporid corals. BioRxiv (398602 en 2018) and  Peer reviewed and recommended by PCI Ecology (26 august 2019)

Danchin, E., A. Pocheville, O. Rey, B. Pujol and S. Blanchet (2019) Epigenetically facilitated mutational assimilation : epigenetics as a hub within the inclusive evolutionary synthesis : epigenetics as a hub for genetic assimilation. Biological Reviews 94: 259-282.
DOI 10.1111/brv.12453 / HAL /

Debeljak, P., E. Toulza, S. Beier, S. Blain and I. Obernosterer (2019) Microbial iron metabolism as revealed by gene expression profiles in contrasted Southern Ocean regimes. Environmental Microbiology 21: 2360-2374.
DOI 10.1111/1462-2920.14621 / HAL /

Djuikwo-Teukeng, F. F., A. Kouam Simo, J. F. Allienne, O. Rey, A. Njayou Ngapagna, L. A. Tchuem-Tchuente and J. Boissier (2019) Population genetic structure of Schistosoma bovis in Cameroon. Parasites & Vectors 12(1): 56.
DOI 10.1186/s13071-019-3307-0 / HAL /

Guegan, H., J. Fillaux, E. Charpentier, F. Robert-Gangneux, P. Chauvin, E. Guemas, J. Boissier, A. Valentin, S. Cassaing, P. Gangneux, A. Berry and X. Iriart (2019) Real-time PCR for diagnosis of imported schistosomiasis. Plos Neglected Tropical Diseases 13: e0007711
DOI 10.1371/journal.pntd.0007711 / HAL /

Lafont, M., P. Goncalves, X. Guo, C. Montagnani, D. Raftos and T. Green (2019) Transgenerational plasticity and antiviral immunity in the Pacific oyster (Crassostrea gigas) against Ostreid herpesvirus (OsHV-1). Developmental and Comparative Immunology 91: 17-25.
DOI 10.1016/j.dci.2018.09.022 / HAL /

Le Govic, Y., J. Kincaid-Smith, J. F. Allienne, O. Rey, L. de Gentile and J. Boissier (2019) Schistosoma haematobiumSchistosoma mansoni Hybrid Parasite in Migrant Boy, France, 2017. Emerging Infectious Diseases 25: 365-367.
DOI 10.3201/eid2502.172028 / HAL /

Le Luyer, J., P. Auffrey, V. Quillien, N. Leclerc, C. Reisser, J. Vidal-Dupiol and C. L. Ky (2019) Whole transcriptome sequencing and biomineralizatin gene architecture associated with cultured pearl quality traits in the pearl oyster, Pinctada margarifera. BioRxiv (421545) + BMC Genomics 20: 111.
DOI 10.1186/s12864-019-5443-5HAL /

Mathieu-Bégné, E., G. Loot, S. Blanchet, E. Toulza, C. Genthon and O. Rey (2019) De novo transcriptome assembly for Tracheliastes polycolpus, an invasive ectoparasite of freshwater fish in western Europe. Marine Genomics 46: 58-61.
DOI  10.1016/j.margen.2018.12.001 / HAL /

Mulero, S., J. Boissier, J. F. Allienne, Y. Quilichini, J. Foata, J. P. Pointier and O. Rey (2019) Environmental DNA for detecting Bulinus truncatus: a new environmental surveillance tool for schistosomiasis emergence risk assessment. Environmental DNA 2(2): 161-174
DOI 10.1002/edn3.53 / HAL /

Mulero, S., O. Rey, N. Arancibia, S. Mas-Coma and J. Boissier (2019) Persistent establishment of a tropical disease in Europe : the preadaptation of tropical schistosomes to overwinter. Parasites & Vectors 12: 379.
DOI 10.1186/s13071-019-3635-0 / HAL /

Oleaga, A., O. Rey, B. Polack, S. Grech-Angelini, Y. Quilichini, R. Pérez-Sanchez, P. Boireau, S. Mulero, A. Brunet, A. Rognon, I. Vallée, J. Kincaid-Smith, J. F. Allienne and J. Boissier (2019) Epidemiological surveillance of schistosomiasis outbreak in Corsica (France): Are animal reservoirs hosts implicated in local transmission? Plos Neglected Tropical Diseases 13(6): e0007543.
DOI 10.1371/journal.pntd.0007543 / HAL /

Picard, M. A. L., B. Vicoso, D. Roquis, I. Bulla, R. De Carvalho Augusto, N. Arancibia, C. Grunau, J. Boissier and C. Cosseau (2019) Dosage compensation throughout the Schistosoma mansoni lifecycle: specific chromatin landscape of the Z chromosome. Genome Biology and Evolution 11(7): 1909-1922
DOI 10.1093/gbe/evz133 / HAL /

Rey, O., C. Eizaguirre, B. Angers, M. Baltazar-Soare, K. Sagonas, J. Prunier and S. Blanchet (2019) Linking epigenetics and biological conservation: Toward a conservation epigenetics perspective. Functional Ecology 34: 414-427.
DOI 10.1111/1365‐2435.13429 / HAL /

Roquis, D., A. Picart-Picolo, K. Brener Raffalli, P. Romans, P. Masanet, C. Cosseau, G. Mitta, C. Grunau and J. Vidal-Dupiol (2019) The tropical coral Pocillopora acuta has a mosaic DNA methylome, an unusual chromatin structure and shows histone H3 clipping. BioRxiv (722322v722321)

Rubio, T., D. Oyanedel-Trigo, Y. Labreuche, E. Toulza, X. Luo, M. Bruto, C. Chaparro, M. Torres, J. De Lorgeril, P. Haffner, J. Vidal-Dupiol, A. Lagorce, B. Petton, G. Mitta, A. Jacq, F. Le Roux, G. Charrière and D. Destoumieux-Garzón (2019) Species-specific mechanisms of cytotoxicity towards immune cells determine the successful outcome of Vibrio infections. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA 116: 14238-14247
DOI 10.1073/pnas.1905747116 /HAL /

OUVRAGES

Boissier, J., G. Mouahid and H. Moné (2019). Schistosoma spp. IN J. B. Rose and B. Jimenez-Cisneros Global water pathogen project Part 4 Helminths. Michigan State University E. Lansing MI UNESCO.