Newsletter 16 Septembre 2023

BONNE RENTREE !

Chères et chers collègues,

C’est avec un grand plaisir que je m’adresse à vous pour célébrer le succès extraordinaire que notre unité a connu cette année dans les appels à projets. C’est un moment de félicitations bien méritées pour nos porteurs de projets, nos partenaires, et surtout, pour tous ceux qui ont contribué à cet accomplissement qui est également collectif.
Nous pouvons être fiers de ce que nous avons accompli ensemble. Le nombre de projets que nous avons rédigés, déposés et fait passer cette année est tout simplement remarquable. C’est la preuve de votre engagement indéfectible dans la recherche et l’innovation, ainsi que de notre capacité à travailler en équipe pour atteindre des objectifs ambitieux.

En plus de nos succès en matière de projets, nous avons également le plaisir d’accueillir cinq nouveaux doctorants à la rentrée, ainsi qu’un-e sixième collègue qui débutera son parcours en début d’année 2024. C’est un score impressionnant qui témoigne de notre volonté de former la prochaine génération de chercheurs.
Cependant, avec l’arrivée de ces nouveaux collègues, nous devons anticiper l’effort d’intégration et de formation qui les attend. Assurer leur bienvenue chaleureuse et les accompagner dans leur parcours académique est essentiel pour leur succès et le nôtre en tant que collectif.

En outre, notre succès dans la réponse aux appels à projets a également conduit à de nombreuses opportunités d’emploi sous forme de CDDs technicien et PostDoc. Cela signifie que nous aurons bientôt de nouveaux visages parmi nous, apportant leur expertise et leur passion à notre équipe. Préparons-nous à les accueillir avec enthousiasme et à les soutenir dans leurs missions.
Je tiens à remercier chacun d’entre vous pour votre dévouement, votre travail et votre engagement envers notre unité. Notre succès est le reflet de votre talent et de votre persévérance. C’est le moment de savourer notre succès et de se préparer à relever de nouveaux défis passionnants.

FELICITATIONS !

MOUVEMENTS

HDR

CEREMONIE

Expertise du personnel technique IHPE :
Marc LEROY

Marc Leroy est Technicien à IHPE sur le site de Montpellier depuis la création de l’unité en 2015 mais il connaît bien l’équipe montpelliéraine puisqu’il a travaillé en son sein depuis 1995, dans les unités DRIM, GPIA, ECOLAG et ECOSYM.

Marc a obtenu le grade de «Technicien de classe supérieure» en décembre 2022. Il exerce son activité au sein des services communs d’appui à la recherche de l’unité IHPE. Après une longue et enrichissante carrière, Marc fera valoir ses droits à la retraite cet été 2024.

Marc a d’abord travaillé dans la restauration collective sur le campus de la délégation régionale du CNRS, employé par le CAES au début des années 80. Lors d’une refonte du CAES il a choisi de devenir agent CNRS en 1993. Rapidement il intègre l’Unité Mixte de Recherche « Défense et Résistance chez les Invertébrés Marins », la DRIM team !
Sa volonté d’aider au mieux les équipes de recherche et sa soif d’apprendre l’ont conduit à se former aux techniques biologiques et à la manipulation des instruments de recherche. Il s’est notamment formé à la zootechnie des invertébrés marins au travers d’un séjour à l’université d’Amsterdam. A son retour, il a installé l’ensemble des infrastructures qui ont accueilli les animaux de l’unité (crevettes, moules, huîtres) au sous-sol du bâtiment 24 depuis déjà 25 ans (actuelle plateforme EXAAQT partagée avec les unités MARBEC et ISEM).

Au sein du «Pôle Biologie fonctionnelle et microbiologie» Marc est responsable de la préparation des milieux de culture pour la bactériologie.  Avec Océane Romatif, il a en charge la gestion du service production d’eau et stérilisation, partagé avec l’ISEM. Sur la plateforme EXAAQT, il travaille en collaboration avec Gaëlle Courtay pour ce qui concerne la zootechnie ; tous deux assurent également la maintenance et l’entretien du matériel commun de l’unité. Avec Juliette Pouzadoux (agent de prévention), il assure la gestion des déchets chimiques et biologiques et l’utilisation de l’azote liquide.

Marc est très fier de son rôle de soutien aux activités de recherche notamment la préparation des expérimentations et des besoins pour les missions. Au cours de sa carrière, Marc a accompagné des missions sur toute la région : Thau, Sète, Palavas  … et a travaillé sur de nombreux modèles d’invertébrés marins.

Toujours prêt à rendre service, Marc seconde également Eric Smagghue pour la gestion des colis et des fournitures administratives. Et il met un point d’honneur à expliquer son métier aux stagiaires de collège et de lycée qu’il encadre régulièrement en leur montrant tout particulièrement la préparation des milieux de culture. Il a à coeur de transmettre ses savoirs et savoir-faire aux masters, doctorants, et post-doctorants de l’unité.

Bien que triste de nous quitter bientôt, Marc a hâte de pouvoir s’impliquer dans de nombreuses associations, notamment tournées vers les adolescents en difficulté

IHPE DANS LES PARUTIONS ESTIVALES DE L’UPVD

IHPE et ses agents cités dans les dernières parutions de l’UPVD !

Dans la revue INTERSECTIONS :
p 36-39, portrait de Ronaldo DE CARVALHO et de son poste Chaire Professeur Junior,
p 40-41, Benjamin GOURBAL explique l’Ecole Doctorale 305 dont il est directeur adjoint,
p 62-63, Céline COSSEAU, Guillaume MITTA et Caroline MONTAGNANI expliquent l’impact d’une exposition précoce des maladies infectieuses des huitres,
p 67, rappel du prix L’Oréal Femmes Scientifiques de Carolane GIRAUD.

Dans UPVD MAG :
p 17, retour sur le parcours de Julien KINCAID-SMITH, ancien doctorant IHPE,
P 26-27, inauguration de la plateforme BioEnvironnement + rappel des tests PCR à l’IHPE pendant le  Covid + inauguration du bâtiment R et de la salle de conférence « Claude Combes ».

CONGRES

PERPIGNAN

Bonne nouvelle de rentrée : la mise en demeure de l’animalerie vertébrés est entièrement levée. Merci à tous ceux qui ont oeuvré dans ce sens.

Planning des vérifications des équipements filtrés et extraits:
– du 4 septembre midi au 8 septembre midi : contrôle des équipements extraits (Sorbonnes, armoires ventilées, bras aspirants, enceintes extraites, …) par la Société DANTEC
– du 11 septembre au 15 septembre : contrôle des équipements filtrés (PSM, Hottes à flux laminaire, armoires filtrées, …) par la Société le SIS-Airtech
– 27 et 28 septembre : réception des sorbonnes déplacées, réparées ou neuves (IUT Narbonne, bat R, bat T) par la Société DANTEC
Pour rappel, les équipements doivent être décontaminés et libres (en dehors des équipements en place à l’année ou en fonctionnement habituel).

MONTPELLIER

L’unité HSM HydroSciences Montpellier, UMR5151, soutenue par les UMRs UMR DGIMI / SPO / TransVIHMI / IHPE / QualiSud / PHIM vient de faire l’acquisition d’un spectromètre de masse de type MALDI-TOF de la compagnie BRUKER  destiné à la microbiologie et mis à disposition de la communauté scientifique sur le plateau Mi2H au sein de l’unité HSM. (Financements IRD, CNRS, UM, INRAE).

Les avancées récentes en séquençage haut-débit, protéomique, métabolomique et bio-informatique ont révolutionné la recherche en écologie microbienne et ont mis en évidence la grande diversité des microorganismes. La principale limite de ces techniques réside dans le fait que la majorité des spécimens identifiés n’ont pas été cultivés et donc leurs caractéristiques métaboliques et phénotypiques restent inconnues.

Aujourd’hui, une méthode simple, rapide, fiable et économique pour étudier les micro-organismes cultivables, issus de différents écosystèmes, est la spectrométrie de masse MALDI-TOF-MS (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-Of-Flight). Cette méthode est d’ailleurs utilisée en routine dans les laboratoires d’analyse médicale mais c’est également une technologie développée pour répondre à des questions scientifiques.
La première application du MALDI-TOF est l’identification : aujourd’hui, des bases de données existent (par exemple les bases de données BRUKER® (logiciel MALDI Biotyper) comptent 2748 espèces bactériennes, 611 espèces de champignons filamenteux, 190 espèces de levures et 164 espèces de mycobactéries, d’origines clinique, environnementale, industrielle ou vétérinaire). Ces bases peuvent être enrichies au fil des études.La deuxième application est l’étude de profils de résistances et de caractères métaboliques d’isolats permettant d’accéder à des caractéristiques fonctionnelles de microorganismes, pour par exemple établir des relations entre micro-organismes et fonctions potentielles dans leur écosystème.

Aspects opérationnels :
L’équipement est installé au laboratoire de bactériologie HSM, sur le plateau Mi2H, UFR Pharmacie. Un PSM serait réservé à la préparation des échantillons. Fabien Aujoulat, responsable du plateau Mi2H sera également responsable de l’équipement.
(Texte G.M. Charrière)

PUBLICATIONS

Lien éditeur depuis le litre, Lien plein texte depuis HAL

• Epigenetic variations are more substantial than genetic variations in rapid adaptation of oyster to Pacific Oyster Mortality Syndrome (Gawra, Valdivieso, De Lorgeril, Gueguen, Saccas, Escoubas, Montagnani, Destoumieux-Garzon, Leroy, Haffner, Cosseau, Mitta, Grunau, Vidal-Dupiol) HAL 04202595
• Targeted insertion and reporter transgene activity at a gene safe harbor of the human blood fluke, Schistosoma mansoni (Chaparro, Grunau) HAL 04181018
• The role of salinity on genome-wide DNA methylation dynamics in european sea bass gills (Cosseau) HAL 04182750
• A core of functional complementary bacteria infects oysters in Pacific Oyster Mortality Syndrome (Lucasson, Toulza, Escoubas, Destoumieux-Garzon) HAL 04107637
• Genetic Profiles of Schistosoma haematobium parasites from Malian transmission hotspot areas (Agniwo, Boissier, Blin, Dametto) HAL 04181478
• A core of functional complementary bacteria infects oysters in Pacific Oyster Mortality Syndrome (Clerissi, Lucasson, De Lorgeril, Toulza, Escoubas, Gueguen, Destoumieux-Garzon, Mitta) HAL 04107637
• Microbial biomarker detection in shrimp larvae rearing water as putative bio-surveillance proxies in shrimp aquaculture (Giraud, Boulo) HAL 04181503
• Meeting abstract : Evaluation of tangential flow filtration coupled to long-read sequencing for ostreid herpesvirus type 1 genome assembly (Delmotte, Escoubas)
• Meeting abstract : Genetic diversity of the ostreid herpesvirus type 1 (Delmotte, Escoubas)
• Meeting abtract : Insight into a genetic analysis of resistance in mussel to abnormal mussel mortality (AMM) in France: field and lab experiments (Travers)
• Meeting abstract : Genetic basis of abnormal mussel mortality in France using a field and experimental infection investigations (Travers)

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