Rubriques Plate-forme :
• Microscopie
• Protéomique
• Dosage et analyse des acides nucléiques en haut débit
• Rubrique froid
• Incubateurs
• Hygiène et sécurité
Présentation générale :
La plate forme Tecnoviv est le fruit d’un projet de l’UPVD et de deux de ses laboratoires de recherche, qui a pu voir le jour en 2012 sous l’impulsion de la région Languedoc-Roussillon. Elle s’inscrit dans le cadre du développement prioritaire d’axes de recherche scientifiques, et constitue un support indispensable à leur réalisation. La plate forme regroupe ainsi des équipements d’étude et d’analyse dans le domaine de la biologie, qui sont mutualisés entre deux unités de recherche :
– L’UMR 5244 (CNRS/UPVD) “Ecologie et Evolution des Interactions” (2EI).
– L’UMR 5096 (CNRS/UPVD) “Génome et Développement des Plantes” (LGDP).
Le montage de cette plate forme a été rendu possible de par la convergence des approches de pointes menées dans ces deux laboratoires de recherche, bien qu’appliquées à des modèles très différents. Les équipements de la plate forme Tecnoviv vont ainsi contribuer à l’avancée de problématiques relevant de domaines tels que la biologie moléculaire, la protéomique, la bioinformatique ou encore la microscopie. Cette plate forme technique est une première au niveau local et devrait permettre d’accroitre le rayonnement et l’attractivité de l’UPVD au plan régional et national. Cette page présente les équipements spécifiques présents au laboratoire 2EI.
MICROSCOPIE
Présentation :
En biologie, l’observation est souvent la première pierre dans la formulation d’une hypothèse conduisant à la mise en œuvre d’un programme de recherche. Dans le cadre de la plate forme Tecnoviv, nous avons acquis un parc d’appareils permettant des observations allant du micro-organisme à la cellule. Les microscopes sont aussi utilisé à la conclusion des travaux de recherche en permettent bien souvent de valider des hypothèses par le marquage de candidats au niveau cellulaire ou moléculaire.
Mots clé : Observation directe, contraste de phase, épifluorescence, immunohistochimie, imagerie
Equipement spécifique IHPE Perpignan : (Responsable : Jérome Boissier)
Microscope inversé à fluorescence Nikon ® Eclipse TS100-F® surmonté d’un boitier photo Nikon® Digital Sight DS Qi1MC® permettant la capture d’image en lumière blanche et en fluorescence avec différents filtre (DAPI, GFP, RFP).
2 microscopes stéréoscopiques avec zoom continu Nikon® SMZ 745®. Permettent des observations de matériel vivant ou fixé avec un zoom de 3x à 300x.
PROTEOMIQUE
Présentation :
L’équipement de protéomique de la plate forme est constitué d’un système d’acquisition et d’analyse d’image. Cet appareil permet la numérisation de gel et de membranes. Plusieurs modes de détection sont possibles : en lumière blanche, en lumière UV, ou en différentes longueurs d’onde de fluorescence. Un logiciel permet de déterminer la position de chaque protéine par rapport à des marqueurs standard, et ainsi de déterminer des paramètres comme le poids moléculaire, le point isoélectrique ou encore la quantité relative ou absolue.
L’utilisation de cet appareil est donc lié à l’analyse de gels de polyacrylamide en 1 ou 2 dimensions révélés par différents type de colorations (Nitrate d’argent, bleu de Coomassie,…), ainsi qu’à celle de Western blot révélés par réactions colorimétriques, chimioluminescente, ou encore par fluorescence, permettant de plus de s’affranchir d’une pièce de révélation photographique.
Mots clé : Protéine, SDS-PAGE, 2D, Western blot, fluorescence, quantification.
Equipement spécifique IHPE Perpignan : (Responsable : Benjamin Gourbal)
ChemiDoc™ MP Imaging System (Bio-Rad)
DOSAGE ET ANALYSE DES ACIDES NUCLEIQUES EN HAUT DEBIT
Présentation :
La biologie moléculaire représente un pôle majeur de la plate forme Tecnoviv. On y trouve divers équipements permettant la préparation, le dosage et l’analyse qualitative et quantitative des acides nucléiques à petit et haut débit.
Mots clé : Acides nucléiques, electrophorèse, dosage, robot de pipetage, préparation plaques, PCR, PCR quantitative.
Equipement spécifique HIPE Perpignan : Responsables : Céline Cosseau (PCR Quantitative) & Jean-François Allienne & Richard Galinier (les autres appareils)
Jeu de 3 thermocyleurs à gradient de température et pilotés par un unique pupitre de commande (TECHNE). Permet la réalisation de PCR en tubes 0,2 ml ou en plaque 96 puits.
LightCycler 480 (ROCHE) avec update 384 puits. Appareil de PCR quantitative dédié à l’étude de l’expression des gènes à haut débit, aux formats plaques 96 ou 384 puits.
Système automatisé de pipetage à tête 96 Zephyr Workstation (CALIPER-Perkin Elmer). Ce robot est dédié à la préparation de plaques 96 ou 384 puits pour des PCR, des répliquats techniques, des dilutions ou des aliquots de stockage.
Système automatisé d’electrophorèse capillaire à haut debit LabChip GX (Caliper-Perkin Elmer). Il permet la séparation et l’analyse des acides nucléiques, en évitant la manipulation d’agent intercalant de l’ADN. Ce système est couplé à un logiciel permettant l’analyse qualitative et quantitative des ADN comme des ARN.
Fluorimètre Qubit 2.0 (Invitrogen). Appareil de haute sensibilité pour le dosage à l’unité des échantillons d’importance majeure.
Spectrophotomètre UV/visible Epoch (BioTek) pour microvolumes. Il permet le dosage des biomolécules à haut débit en microplaque, ou en microvolumes (2µl) jusqu’à 48 échantillons en simultanné.
Centrigugeuse Rotina 380R (Hettich) équipée de rotors à angle libre et fixe pour tubes (0,2 ml – 0,5 ml – 1,5 ml – 2 ml – 15 ml – 30 ml – 50 ml – 85 ml) et plaques 96 et 384 puits.
Centrigugeuse Universal 320 (Hettich)
équipée d’un rotor libre pour la centrifugation
de plaques 96 et 384 puits.
Présentation :
Le stockage et la bonne conservation des échantillons est un point primordial dans les projets de recherche scientifique. En fonction du matériel à stocker, les conditions et la durée de conservation peuvent varier, pouvant aller de la température ambiante jusqu’à des températures avoisinant les -200°C. La plate forme dispose ainsi d’équipement de stockage et de traitement des échantillons à différentes températures.
Equipement spécifique IHPE Perpignan : Responsables : Christoph Grunau (congélateur -80°C) & David Duval (Réfrigérateur ventilé) & Richard Galinier (Réservoir azote liquide et cryobroyeur)
Congélateur -80°C (Forma 900 series, Thermo Scientific) pour le stockage des protéines et des ARNs.
Réservoir présurisé d’azote liquide (TP 100, Air Liquide)
pour le stockage de cellules et de tissus, et l’extraction des ARNs.
Cryo-broyeur à bille MM400 (Retsch) pour l’extraction des ARNS.
Réfrigérateur ventilé, pour le stockage des cultures microbiologiques.
Présentation :
Une série d’incubateurs sont présent sur la plate forme pour le traitement d’échantillons aussi bien solide que liquide en marco et microvolumes. Il sont également utilisés pour la culture de cellules, bactéries ou parasites.
Equipement spécifique IHPE Perpignan : Responsables David Duval (Etuve CO2 et incubateur bactériologique) & Jean-François Allienne (Eppendorf)
Incubateur à CO2 Galaxy 170 S (New Brunswick) pour la culture cellulaire.
Incubateur agitateur Ecotron (Infors HT) pour la culture de bactéries.
Thermomixer confort et MixMate (Eppendorf). Incubation et agitation d’échantillons liquides aux formats plaques 96 ou 384 puits, tubes (0,2 ml – 0,5 ml – 1,5 ml – 2 ml – 15 ml – 50 ml) et lames de verre.
HYGIENE ET SECURITE
Présentation : La manipulation et le stockage d’un certain nombre de produits chimiques lié au fonctionnement de la plate forme ont nécessite la mise en place d’un certain nombre d’équipement de sécurité.
Equipement spécifique IHPE Perpignan : Responsable :Jean-François Allienne
Sorbonne 150 cm (Ibéris) pour la manipulation de solvants volatiles mais également d’acides et de base. Elle assure une protection parfaite du manipulateur contre toute émanation nocive.
Armoire de sécurité (Trionyx) anti-feu durant 30 minutes, pour le stockage de solvants.
Autoclave vertical PL (Steam France) pour la stérilisation des matériels et solutions, ainsi que pour la destructiondes déchets microbiologiques.