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GRADE : Doctorant UPVD
ECOLE DOCTORALE : Perpignan ED 305 : Energie Environnement
ENCADRANTS : Benjamin GOURBAL & Emmanuel VIGNAL
EQUIPE : 2MAP
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RESEAUX SOCIAUX SCIENTIFIQUES :
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SUJET DE THESE :
Hemofight : Caractérisation de la diversité fonctionnelle et ontogénique des cellules immunitaires de bivalves marins d’intérêt économique par séquençage d’ARNm sur cellules uniques.
MOTS CLES :
Séquençage d’ARN sur cellules uniques, biologie moléculaire et cellulaire, bio-informatique, bivalves marins, interactions hôtes-pathogènes, immunité innée.
PROJET DE THESE :
Chez l’huître ou la moule, les hémocytes constituent une population très diverse et très peu caractérisée de cellules immunitaires circulantes (Bachère et al. 2015, Burioli et al. 2019). Bien que la réponse immunitaire de ces mollusques ait fait l’objet de nombreuses études aux niveaux transcriptionnel et moléculaire, la diversité des lignages hémocytaires et la caractérisation des sous-populations restent méconnues. Une identification précise de ces cellules, la compréhension de leur ontogenèse et la définition des lignages cellulaires, sont donc actuellement indispensables. Cette méconnaissance représente un verrou majeur pour accéder à un niveau supérieur de compréhension des interactions hôte-pathogène chez ces animaux.
Les avancées dans le domaine du séquençage permettent maintenant de travailler sur de très faibles quantités d’acides nucléiques et rendent possible le séquençage du contenu nucléaire ou transcriptionnel d’une seule cellule. L’essor des approches de séquençage d’ARN sur cellules uniques (scRNA-Seq) représente une opportunité de lever ce verrou et d’approfondir notre compréhension de l’immunité cellulaire chez les mollusques. Les objectifs de ce projet de thèse seront donc (i) de définir les lignages hémocytaires chez l’huître et la moule par analyse de leurs profils transcriptomiques cellulaires par une approche de scRNA-seq, (ii) d’identifier et de valider à partir de ces profils des marqueurs moléculaires spécifiques des cellules hémocytaires, (iii) d’étudier les modifications fonctionnelles et la dynamique des populations d’hémocytes dans différents contextes immunitaires. L’approche par scRNA-seq et l’identification de marqueurs cellulaires spécifiques permettront de suivre les populations d’hémocytes en réponse à différents agents pathogènes lors d’infections expérimentales en milieu contrôlé ou naturel par le virus (OsHV-1 μVar) et les bactéries (Vibrio splendidus, Vibrio aestuarianus).
Les résultats nous permettront de définir de manière précise les lignages hémocytaires et de comprendre au niveau cellulaire les mécanismes de défense, de résistance et d’adaptation du système immunitaire innée. Ce projet permettra de rendre disponible des outils de caractérisation et de suivi du statut immunologique d’animaux soumis à différents stress. In fine, les résultats permettront de proposer à la communauté des ressources d’intérêt : données de scRNA-seq, cartographie des hémocytes et marqueurs moléculaires spécifiques, afin de proposer aux professionnels de la filière conchylicole, un outil de suivi et de sélection pour isoler des animaux plus résistants aux infections. Ces approches aideront à l’élaboration de stratégies de sortie de crises provoquées par ces mortalités récurrentes.
CURSUS :
2021 – Doctorat
2021 Master Biologie Agrosciences, Parcours IMHE (Interaction microorganismes- hôtes environement)
2019 Licence Sciences de la vie, Parcours Microbiologie
2016 Baccalauréat Scientifique spécialité SVT, St Clément de Rivière