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GRADE : Doctorante Université de Perpignan
ENCADRANTS : Olivier REY & Géraldine LOOT (CRBE, Toulouse)
ECOLE DOCTORALE : Perpignan ED 305 : Energie Environnement
EQUIPE : MIA
RESEAUX SOCIAUX SCIENTIFIQUES :
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SUJET DE THESE :
« Les acides nucléiques environnementaux (ANe) comme outils efficaces pour l’étude de la dynamique des interactions hôte-pathogène en milieu naturel »
MOTS CLES :
ADN environnemental – ARN environnemental – trématodes – Tetracapsuloides bryosalmonae – pathogènes – eau douce
PROJET DE THESE :
Ce projet de doctorat vise à améliorer la quantification et la détection des agents pathogènes associés aux écosystèmes d’eau douce en utilisant des approches basées sur les acides nucléiques environnementaux (c’est-à-dire les ADN et les ARN), afin d’améliorer les outils de surveillance et les connaissances fondamentales associées à la circulation des agents pathogènes.
En effet, les agents pathogènes sont extrêmement difficiles à étudier dans des conditions naturelles, car ils sont souvent microscopiques, très dilués dans l’environnement et donc difficiles à détecter et identifier. Les approches basées sur l’échantillonnage de l’ADN environnemental ont largement amélioré notre capacité à tracer les pathogènes dans la nature. Toutefois, des études récentes révèlent que 1) la quantité d’ADN de pathogène trouvée dans une zone donnée correspond souvent mal aux charges de pathogènes trouvées dans les hôtes et 2) les stades infectieux des pathogènes vivant en liberté ne peuvent pas être différenciés à l’aide d’une matrice ADN. Ces deux contraintes limitent actuellement l’utilisation de l’ADNe pour la mise en place de programmes de surveillance adéquats et, empêchent l’étude efficace, d’un point de vue épidémiologique, de la circulation des pathogènes en milieu naturel.
Ce projet de doctorat tend à répondre à ces problématiques. Un premier objectif (O1) consistera à développer des approches basées sur la co-détection d’ADN et d’ARN à partir d’échantillons d’eau prélevés dans l’environnement afin de fournir des détails sur la circulation réelle des pathogènes (et des stades infectieux associés) dans l’environnement. Un deuxième objectif (O2) consistera à affiner la fenêtre spatio-temporelle de l’émergence des pathogènes, étant donné que de nombreuses interactions hôte- pathogène sont déterminées par des poussées de stades infectieux dans l’environnement qui sont encore difficiles à mettre en évidence. Le troisième objectif (O3) sera d’identifier les facteurs anthropiques locaux qui stimulent les cycles des pathogènes (et/ou des hôtes) et favorisent ainsi leur émergence en tant que maladie.
Le projet se concentrera sur deux systèmes hôte-pathogène en eau douce : 1. Un myxozoaire pathogène émergent responsable du déclin des salmonidés en Europe (Tetracapsuloides bryosalmonae) qui alterne entre le poisson comme hôte intermédiaire (par exemple, Salmo trutta) et un bryozoaire comme hôte définitif (par exemple, Fredericella sultana, Plumatella emarginata) ; 2. un trématode associé au bétail et potentiellement zoonotique (Fasciola hepatica) qui réapparaît actuellement en France et qui présente un cycle de vie complexe utilisant successivement un vertébré comme hôte définitif (par exemple, les vaches, les humains) et un escargot aquatique comme hôte intermédiaire (par exemple, Galba truncatula).
CURSUS :
2024 – Doctorat (Université de Perpignan)
2023-2024 Master 2 Biodiversité Écologie et Évolution parcours Écologie et Évolution (Université Toulouse III, Paul Sabatier)
2021-2022 Master 1 Biodiversité Écologie et Évolution (Université Toulouse III, Paul Sabatier)
2018-2021 Licence Sciences de la Vie parcours Biologie des Organismes, des Populations et des Écosystèmes (Université Toulouse III, Paul Sabatier)