Bienvenue à Perpignan !
Jules MIQUEL, Master 1 à partir du 18 mars
Loane LE ROY, stagiaire IUT à partir du 8 avril
Flavia AREDES ROCHAS, doctorante de l’Université Fédérale de Ouro Preto (Brésil) invitée d’avril à octobre |
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Expertise du personnel technique IHPE :
Anaïs BUGNARD
Anaïs Bugnard est Ingénieure d’Etudes en Bioinformatique à l’Université de Montpellier.
Originaire de Bretagne, Anaïs a validé une Licence de Biologie (avec en option de 3e année la biosanté) à Lorient, puis un Master en Bioinformatique (avec en option de 2e année l’analyse des données génomiques) à Rennes.
Pendant son stage au LERES à Rennes, Anaïs n’ayant pas trouvé de possibilité de thèse, elle a postulé sur différentes offres d’emploi et c’est ainsi qu’elle est arrivée dans le Sud !
Elle a commencé en janvier 2024 un contrat à durée déterminée de l’Université de Montpellier de 18 mois fiancé par le Labex CeMEB. Etant engagée sur la Plateforme Epigénomique environnementale, elle est sur le campus de Perpignan. Installée au départ dans le bâtiment « BioEnvironnement » avec Cristian CHAPARRO (son N+1), elle partage maintenant avec Annia ALBA et Isabella DUTRA un bureau au sein des locaux d’IHPE.
Sa mission principale est de mettre en place des solutions d’intégration des données omiques pour les donnés produites dans les labos du Labex ou associés et d’assurer la formation à leur utilisation. Son quotidien a été de travailler sur le script Wilcoxon test (maintenant disponible) pour comparer des données de ChIP-Seq et actuellement de transformer le logiciel MOFA (integration des données transcriptomique, épigénomique, protéomique etc) pour le rendre accessible plus facilement sur GALAXY. Le but de cette ré-écriture est d’éviter aux utilisateurs d’entrer des lignes de commandes souvent complexes pour arriver à lancer le script. A l’issue de son travail, quelques informations seulement seront nécessaires au lancement du programme. Anaïs continue ainsi le travail débuté par Pierick Mouginot il y a deux ans.
Au delà de son activité de développement de la plateforme, Anaïs participe activement aux tables rondes bioinformatiques du vendredi. Anaïs assiste également aux différents rendez-vous scientifiques de l’unité : workshop, séminaires, réunions d’équipe, journées scientifiques … Utilisatrice de l’intelligence artificielle (ChatGPT ou codeium), Anaïs a assisté au Journal Club qui lui était consacré.
En dehors du labo, Anaïs est active au sein des réseaux de son métier, notamment JeBIF (réseau des jeunes bioinformaticiens de France) et bioinfo-fr.net (blog participatif).
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Nous tenons à remercier chaleureusement toutes les intervenantes-intervenants, encadrantes et encadrants pour leur contribution essentielle à la réussite de notre journée de Masteriales qui s’est déroulée à Perpignan ce 25 avril.
Cette année nous avons eu le privilège d’accueillir 14 stagiaires et d’associer 2 masters du laboratoire CRIOBE qui ont tous démontré un niveau très élevé dans leurs travaux. Malgré le stress inhérent à un tel événement, la qualité des présentations a brillamment reflété l’excellence et l’engagement de notre UMR.
(c)C.Koellsch
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VIDEO SUR LE PROJET TREMOLLO
Porté par le labex CeMEB et le service culture scientifique de l’Université de Montpellier, retrouvez sur YouTube la vidéo réalisée par Anna PASTOUKHOV sur le projet de recherche TREMOLLO d’Olivier REY et son équipe, 1er épisode de la série “Mine de Sciences”.
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VIDEO SUR LE PROJET AQUAADAPT
Vidéo sur YouTube réalisée par Cyril GUILLEMOT, Gregoire PERRIGUEY, Reshma THACHARA KUNNA et Maria CAMPOVERDE, stagiaires “Junior Lab” du Labex TULIP sur le projet de recherche AquaAdapt de Ronaldo AUGUSTO et Claudia POGOREUTZ.
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Lien éditeur depuis le litre, Lien plein texte depuis HAL
- Combining a transcriptomic approach and a targeted metabolomics approach for deciphering the molecular bases of compatibility phenotype in the snail Biomphalaria glabrata toward Schistosoma mansoni (Simphor, Rognon, Vignal, Allienne, Chaparro, Galinier, Duval, Gourbal) HAL 04555554
- Antiviral protection in the Pacific oyster Crassostrea (Magallana) gigas against OsHV-1 infection using UV-inactivated virus (Montagnani) HAL 04556469
- Experimental Infections Reveal Acquired Zoonotic Capacity of Human Schistosomiasis Trough Hybridization (Rognon, Toulza, Boissier) HAL 04562390
- Trained immunity : perspectives for disease control strategy in marine mollusc aquaculture (Montagnani, Gourbal, Vignal, Charrière, Travers, Cosseau) HAL 04565659
ATTENTION la charte de rédaction des coordonnées a été modifiée :
– consultez le nouveau modèle IHPE sur l’ intranet avant de soumettre un article ou téléchargez-le directement ici.
NOUVEAUTE HAL :
Possibilité de créer son Identifiant HAL (IDHAL) sans avoir encore publié
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– 15 mai, 14h, séminaire de Karl HOFFMAN, Université d’Aberystwyth, Angleterre
– 15 mai au soir [Perpignan, bar Arena] Philippe DOUCHET présente un pitch à Pint of Science
– 15 & 16 mai, Perpignan, visite de Karl HOFFMAN, Université d’Aberystwyth, Angleterre
SAVE THE DATE !
– 7 juin [visio depuis Perpignan] Workshop “Biologie des systèmes / Biologie intégrative”
– 10-11 Juin [Cap d’Agde] Journée Scientifique d’Ete “Doctoriales” + Assemblée Générale”
– 21 juin, 11h00 [visio depuis Perpignan] séminaire invité : Ryo MORIMOTO
– 1er juillet [Perpignan et Montpellier] matinée de rangement suivi du repas d’été
– 5 Juillet, 11h00 [visio depuis Perpignan] séminaire invité : Elfetheria NTAGIA
N’oubliez pas de vous inscrire pour l’animation des stands du labo à la Fête de la Science en octobre à Narbonne, Perpignan et Montpellier (lien)
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Le laboratoire paie une licence annuelle pour le logiciel en ligne iTol qui permet la mise en forme et l’annotation d’arbres phylogénétiques. Lien et modalités de connexion dans l’intranet IHPE onglet documents.
Dans l’intranet également, une version anglaise est maintenant disponible pour certains documents relatifs à l’Hygiène & Sécurité produits par le CNRS.
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COMITE EDITORIAL
Directeur de publication : Christoph Grunau
Jérôme Boissier, Delphine Destoumieux-Garzon, Caroline Montagnani, Anne Modat
Crédits photographiques IHPE ou précisé
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