Newsletter Mars 2024

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VISITE

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NOMINATION OFFICIELLE DE DAVID DUVAL 

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NOMINATION DE EVE TOULZA 

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Expertise du personnel technique IHPE :
Cristian CHAPARRO

Cristian CHAPARRO, bioinformaticien de l’unité, vient des « Terres lointaines du Chili » où il a commencé ses études d’ingénieur en agronomie.
Il s’est ensuite installé en Belgique, à l’Université de Gand où il a obtenu un doctorat en étudiant la « nodulation des légumineuses » en 2003 puis en 2004 il a commencé un Postdoctorat au LGDP (Laboratoire de Génome des Plantes) sur le campus de l’Université de Perpignan sur les « micro RNA du riz ». En 2006 il a enchaîné avec un nouveau contrat postdoctoral de 2 ans au même endroit mais cette fois sur « les éléments transposables » qui deviendront son sujet de prédilection. En 2008 il réussit le concours d’ingénieur d’études CNRS et devient titulaire au LGDP.
De 2012 à 2014, Cristian et son épouse (chercheuse) partent en disponibilité au Brésil pour participer à la création de l’ITV (Instituto Tecnologico Vale) et de son programme de Master et Recherche, financé par l’Etat et une Compagnie Minière, sur la thématique du Développement Durable.
A son retour en France fin 2014, Cristian choisit de réintégrer le CNRS au laboratoire IHPE sous la direction de Guillaume Mitta où il avait déjà collaboré avec Christoph Grunau et son doctorant David Roquis sur les thématiques génomique*. Il y crée, sur le site de Perpignan, le service de bioinformatique pour répondre aux besoins croissants d’analyse des méthodes de recherches dites « omiques » (génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique, bioinformatique) qui génèrent de grandes quantités de données. Données qu’il a à cœur de sauvegarder et partager selon les principes de la science reproductible qui deviendra dans le mouvement de sciences ouvertes les FAIR data. Fervent participant de la « communauté Galaxy » (plateforme communautaire en ligne d’analyses pour la recherche en sciences de la vie) dont il avait même invité le créateur en France début 2010, il l’instaure dans l’unité et forme les personnels à leur arrivée et dont il assure les formations. En collaboration avec Rémi Emans il installe une série de clusters (groupements de serveurs informatiques) et de systèmes de sauvegardes locales (serveur NAS Network Attached Storage) ainsi qu’un serveur Rstudio dont il assure la maintenance. Son but est de créer les conditions idéales pour que les membres de l’unité puissent effectuer leurs analyses en toute sécurité et autonomie.
Cristian est rattaché à l’équipe 2MAP afin de mieux connaître les projets en cours et apporter ses conseils en amont des analyses, mais il travaille pour l’ensemble du personnel dès lors qu’il y a des projets d’analyse de données.
Depuis 2022, Cristian est hébergé dans les locaux du bâtiment de la plateforme BioEnvironnement de l’UPVD (co-créée par IHPE, le LGDP et CRIOBE) pour laquelle il est responsable technique du service bio-informatique avec Marie-Christine Carpentier. Bâtiment voisin d’IHPE, ce qui facilite les échanges.
Cristian est certifié formateur Galaxy et, identifié comme expert au CNRS, il attend sa certification de formateur. Afin de partager la veille technologique et technique qu’il effectue au quotidien, Cristian anime depuis trois ans une table-ronde « bioinformatique » deux fois par mois où tous les membres de l’unité peuvent partager leurs projets et résoudre ensemble les problèmes rencontrés. Cristian fait partie des premiers membres du réseau métier des bioinformaticiens du CNRS qui vient d’être créé.
Le quotidien de Cristian est donc de former les agents, d’effectuer de la veille, installer les mises à jour des outils, résoudre les bugs et tester de nouveaux logiciels et outils.
En 2023 Cristian est passé Ingénieur de Recherches et espère maintenant développer son propre sujet de recherche sur « les éléments transposables » pour lequel il a déjà mis en place des collaborations internationales, notamment avec Anna Prosasio de l’université de Cambridge qui a séjourné plusieurs semaines à Perpignan l’an passé. Il souhaite proposer un autre regard sur l’étude de ces elements auparavant considerés comme de « junk DNA ».
Cristian envisage également de soutenir son HDR, ayant déjà encadré de nombreux stagiaires et doctorants dans leurs analyses bioinformatiques, notamment pour les thèses de Christelle Lasica et Sarah Dametto.

Cristian souhaite rappeler à tous de ne pas hésiter à le contacter (de préférence l’après-midi) ; et qu’il peut également dédier une table ronde à un sujet unique si la demande est clairement identifiée.

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SHIS-CAM : FINANCEMENT WELLCOME TRUST FUNDATION

4.9 millions d’euros viennent d’être accordés par le Wellcome Trust Fundation pour financer la lutte contre la bilharziose à travers le projet SHIS-CAM en collaboration entre le Cameroun, la Royaume-Uni et notre laboratoire en France.
Lire le détail sur le site IHPE

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COMMUNIQUE DE PRESSE

Communiqué de presse de l’ISEM au CNRS relayant le dernier article de M.HAMMEL, E. BURIOLI, D.  DESTOUMIEUX-GARZON et C. CHARRIERE  sur le cancer de la moule dans Proceedings of the Royal Society B.
Lire le communiqué (pdf)
(c)N.Bierne

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CONSEIL DE LA FILIERE COQUILLAGE

Marie-Agnès TRAVERS a été invitée au “Conseil de la Filière Coquillages”, le 18 mars à Nantes pour faire une présentation sur la bactérie Vibrio aestuarianus et sur les mortalités d’huîtres adultes qu’elle a provoquées sur l’étang de Thau en 2023.
Il s’agissait d’une journée organisée par le comité national de la conchyliculture (2ème édition) regroupant environ 200 personnes : scientifiques, professionnels de la conchyliculture, élus, ministères…
L’objectif était d’échanger sur les problématiques rencontrées par la filière conchyliculture ainsi que sur les avancées scientifiques menées dans le secteur.

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INVITATION

Le 14 mars, Julie CLEMENT était invitée par Catriona Munro et Evelyn Houliston, de l’équipe “Mécanismes développementaux des cnidaires” du laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche sur Mer (LBDV) pour y donner une conférence intitulée «Where recombination takes place : role and evolution of Prdm9 in meiotic hotspot localisation »

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MEDIATION

Le 10 février, Jérôme BOISSIER et Christoph GRUNAU ont participé à la Journée Portes Ouvertes de l’Université de Perpignan pour présenter les filières de biologie au “Repaire des Sciences”.

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RUN UPVD

Le Vendredi 1er Mars s’est tenu le “RunMyUPVD” sur le campus de l’Université de Perpignan. Cet événement, composé d’une course de 4km autour du campus avec des jeux, des défis à réaliser et des animations a pour but de récolter des fonds pour aider les étudiants en situation de handicap inscrits à l’UPVD.

Une équipe IHPE y participe chaque année. Pour 2024 c’est Léo DUPERRET qui a motivé Annia ALBA, Ronaldo AUGUSTO, Isabela DUTRA, Julie CLEMENT, Amélie RUDLER, Chiara MERCIER, Antonio VAZQUEZ.
Bravo à eux, ils ont gagné 5 places pour aller voir un match de rugby à 13 des DRAGONS CATALANS avec une remise officielle des prix le 15 mars.

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PUBLICATIONS

Lien éditeur depuis le litre, Lien plein texte depuis HAL

ATTENTION la charte de rédaction des coordonnées a été modifiée :
– consultez le nouveau modèle IHPE sur l’intranet avant de soumettre un article ou téléchargez-le directement ici.NOUVEAUTE HAL : 
Facilitation du référencement des projets ANR dans les dépôts HAL (lire)

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SECURITE INFORMATIQUE 

Rémi Emans, pour le site de Perpignan, vous informe : 
“Notre Directeur Christoph Grunau m’a chargé de mettre en place une PSI (Politique de Sécurité Informatique) ou PSSI (Politique de Sécurité des Systèmes d’Information) ; les deux termes sont corrects, il y a juste une vision plus large dans les moyens de communications dans PSSI.
Pour ce faire, le laboratoire s’est équipé récemment de matériels spécifiques (NAS et Clés sécurisées) et la location d’un volume sur le DROCC, Datacenter régional, pour nous permettre de sauvegarder nos données de manière plus sécurisée que sur des supports amovibles (disques durs externes) utilisés auparavant.
Ces investissements devront nous mettre à l’abri des risques de destruction ou de pertes de données. Mais nous ne seront vraiment sécurisés que si nous respectons les règles.
Il est important aussi d’admettre que les attaques et tentatives de corruption sont permanentes aujourd’hui sur le net.
Pour ceux qui ont choisi d’utiliser les cahiers de laboratoire électroniques, ils seront les premiers à aborder les procédures techniques de sécurité renforcée à deux facteurs d’authentification et pour lesquelles je suis le référent technique et l’autorité d’enregistrement d’authentification renforcée en temps que Chargé de la Sécurité des Systèmes d’Informations (CSSI) au CNRS.La mise en place de cette politique de sécurité impose certaines contraintes et une certaine rigueur dans l’utilisation des outils informatiques et notamment des postes informatiques du laboratoire et des postes personnels au sein du laboratoire. Il s’agira surtout de consignes à appliquer et de nouvelles habitudes à prendre.
Ces données sont de plusieurs types. Elles peuvent être confidentielles issues de recherches propres, ou d’utilité primordiale pour vous permettre de travailler et de faire vos recherches. C’est ce qu’on appelle le processus métier. Il faut donc en faire des sauvegardes régulières et les moyens mis à la disposition désormais à l’IHPE facilitent grandement cela. Toutes ces recommandations sont aujourd’hui exigées au niveau national dans le domaine de la recherche.
Une fois la procédure installée sur les postes utilisateurs, la sauvegarde sur le Datacenter du laboratoire est automatique et se déroule en temps réel sans autre intervention.
En parallèle, toutes les données stoquées sur le Datacenter du laboratoire sont copiées en temps réel sur le Datacenter régional Occitanie (DROCC).
Dans un avenir proche, il faudra également envisager le chiffrement des postes et des données pour compléter cette PSSI.”

Emmanuel Vignal, pour le site de Montpellier, complète : 
A Montpellier la situation est très différente : tous les ordinateurs sont sur réseau Ifremer sauf trois : un sur Linux et deux sur Mac.
Donc pas de possibilité de mise en place d’un système de backup comme à Perpignan… En fait tout est géré par l’Ifremer, avec des espaces partagés gérés par l’Ifremer.

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AGENDA

Tous les rendez-vous importants pour IHPE sont à retrouver dans l’agenda en ligne (synchronisable).
Les liens zoom et google doc sont à retrouver dans l’intranet.

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RAPPELS DES OUTILS