Equipe 2MAP : Mécanismes Moléculaires d’Adaptation et de Plasticité

Dans l’équipe 2MAP, nous caractérisons les processus cellulaires et moléculaires impliqués dans les interactions hôte / symbiote / pathogène pour comprendre l’adaptation des organismes hôtes. Nous étudions en particulier les mécanismes immunitaires de l’hôte et leur plasticité face aux contraintes biotiques et abiotiques. Afin d’atteindre ces objectifs, nous travaillons sur des systèmes expérimentaux animaux simplifiés en utilisant des génotypes sélectionnés aux phénotypes contrastés. Nous travaillons sur des modèles invertébrés d’intérêt économique et en santé humaine et animale, pour étudier des maladies d’étiologie complexe. Nous utilisons et intégrons des approches «omiques», comme la génomique, la transcriptomique, et l’épigénomique, et également des méthodes de biologie fonctionnelle, comme la transgénèse ou l’invalidation de gènes.

L’équipe 2MAP est organisée en 3 axes :

Axe 1: Mécanismes moléculaires de la dynamique co-évolutive	Axe 2. Systèmes de défense de l’hôte: équilibre entre coût et fitness	Axe 3. Vers une vision unifiée de la mémoire immunitaire innée chez les invertébrés
Les pressions de sélection entre les hôtes et leurs parasites peuvent entraîner une évolution réciproque ou une adaptation de traits d’histoire de vie spécifiques de ces protagonistes. Cette coévolution entre hôtes et parasites devrait entraîner des variations de l'infectivité / virulence des parasites et de la défense / réponse immunitaire des hôtes. L'analyse des déterminants moléculaires impliqués dans ces interactions est toutefois peu étudiée. Ainsi, les modèles biologiques actuels dans ce conteste de dynamique coévolutive doivent être revus et nourris de connaissances nouvelles et plus détaillées sur les mécanismes moléculaires sous-jacents. En utilisant nos modèles invertébrés d'importance écologique et économique et des pédigrées générés en laboratoire, nous développons des approches «omiques» intégratives pour déchiffrer les bases moléculaires de la compatibilité hôte/parasite.	La compréhension des interactions entre l’hôte, les pathogènes et l’environnement dans un contexte de maladies infectieuses est d’importance majeure pour contrôler et prédire les risques épidémiologiques. En focalisant sur le système de défense, nous voulons identifier des déterminants de la sensibilité et la résistance des hôtes (ie. déterminants transcriptomiques validés fonctionnellement) aux maladies infectieuses touchant nos modèles d’invertébrés. Du fait que développer une résistance représente un cout pour l’organisme, une attention particulière est portée sur les « trade-offs » de cette résistance sur d’autres traits d’intérêts (fécondité, grossissement, résistance à d’autres maladies infectieuses…). Ces travaux prennent également en compte des contraintes environnementales affectant nos modèles d’invertébré, comme par exemple les variations de température ou d’apports alimentaires.	Tous les organismes vivants ont développé des systèmes de défense capables de reconnaître et de contrôler / contenir et / ou d’éliminer la plupart des agents pathogènes rencontrés au cours de leur vie. Au cours des deux dernières décennies, un nombre croissant d’études sur les procaryotes, les plantes et les invertébrés ont démontré que ces organismes étaient capables de mettre en œuvre une réponse immunitaire acquise (améliorée) qui peut être spécifique et durable, les protégeant ainsi contre les infections ultérieures (mémoire immunitaire innée, IIM). Nous étudions l’existence de l’IIM chez les invertébrés en utilisant des approches moléculaires et cellulaires intégratives et comparatives de pointe dans le but de réconcilier la phénoménologie avec les mécanismes et de revisiter la dichotomie artificielle entre l’immunité innée et l’immunité adaptative.

Responsables :
GOURBAL Benjamin, Maître de conférence Univ. Perpignan
BOULO Viviane, Chercheuse Ifremer

Personnel permanent :
ALBA MENENDEZ Annia, Chercheuse CNRS
BURIOLI Erika, Chercheuse Univ. Montpellier
CHAPARRO Cristian, Ingénieur de Recherches CNRS
CLEMENT Julie, Chargée de Recherches CNRS
DE CARVALHO AUGUSTO Ronaldo, Chaire Professeur Junior Univ. Perpignan
DOUCHET Philippe, Ingénieur de Recherches contractuel Univ. Perpignan
DUVAL David, Professeur Univ. Perpignan
GALINIER Richard, Ingénieur de recherches CNRS
GRUNAU Christoph, Professeur Univ. Perpignan
LABREUCHE Yannick, Chercheur Ifremer
MURPHY Lucie, Assistante Ingénieure contractuelle CNRS
VIGNAL Emmanuel, Maître de conférences Univ. Montpellier

Personnel non permanent :
ARAUJO ALVES Julia, Doctorante FIOCRUZ Brésil
AREDES ROCHA Flavia, Doctorante UFOP Brésil
DAMETTO Sarah, Doctorante Univ. Perpignan
DE LA FOREST DIVONNE Sébastien, Doctorant Univ. Perpignan
DE L’ISLE Bertrand, Doctorant Univ. Perpignan
EL KALAI Samira, Doctorante Ifremer
KOELLSCH AMET Célia, Doctorante CNRS
OLIVEIRA SOUZA SOARES Lorena, Doctorante FIOCRUZ Brésil
RUDLER Amélie, Doctorante Univ. Perpignan
SABRI Chaimaa, Doctorante Univ. Perpignan

Personnel parti dernièrement :
GIRAUD Carolane, Doctorante Ifremer
PICHON Rémi, Doctorant Univ. Perpignan
POTEAUX Pierre, Doctorant Univ. Perpignan
SIMPHOR Elodie, Doctorante Univ. Perpignan

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Internationaux

WELLCOME TRUST : FUGI (2018-2022) Functional Genomics of Flatworms
Porteur de projet : Karl Hoffmann
Responsable scientifique IHPE : Christoph Grunau
Partenaires : Aberystwyth University UK /  Wellcome Sanger Institute UK  /  University of Würzburg Allemagne  /  George Washington University USA  /  UT Southwestern Medical Center USA  /  University of Giessen Allemagne  /  Cambridge Stem Cell Institute UK

CNRS PRC : HEMOPUL (2020-2023) Etude de l’hématopoïèse des Gastéropodes pulmonés
Porteur de projet : Benjamin Gourbal
Responsable scientifique IHPE : Benjamin Gourbal
Partenaires : Université de St Pétersburg, Russie

FAPESP : EPICURE (2019-2020) Assessing the EPIgenetic changes in Schistosoma mansoni developmental trajectory after in-vitro treatment with serum from schistosomiasis se.f-CUREd macaques
Porteur de projet : Sergio Verjovski-Almeida
Responsable scientifique IHPE : Christoph Grunau
Partenaires : Butantan Institute Brésil

Nationaux

ANR : AEROSNAIL (2020-2024) Structure Fonction des Biomphalysines. Identification des partenaires et récepteurs des Biomphalysines
Porteur de projet : David Duval
Responsable scientifique IHPE : David Duval
Partenaires :  IPBS Toulouse  /  LIEC Nancy

ANR : DECICOMP (2019-2024) Deciphering the whole complexity of the Pacific oyster mortality syndrome for modeling epidemiological risk
Porteur de projet : Guillaume Mitta
Responsable scientifique IHPE : Guillaume Mitta
Partenaires : IHPE, Equipe MIA /  IHPE, Equipe TREV / PFOM Plouzané  /  LGPMM La Tremblade  /  LBI2M Roscoff /  MIVEGEC Montpellier

ANR : ADMIRE (2018-2022) Adaptation of Meloidogyne to host REsistance
Porteur de projet : Pierre Abad
Responsable scientifique IHPE : Christoph Grunau
Partenaires : Institut Sophia Agrobiotech Nice

Institutionnels

Labex CEMEB-ERJ : METABIOMPH (2021-2021) Métabolisme des hémocytes de Biomphalaria glabrata en réponse à une infestation par Schistosoma mansoni
Porteur de projet : Rémi Pichon
Responsable scientifique IHPE : Benjamin Gourbal
Partenaires :  HSM Montpellier  /  C3M Nice  /  Plateforme Métabolomique Montpellier

IFREMER POLITIQUE DE CENTRE : COMISTYL (2019-2021)  COmmunauté Microbienne et Immunité de STYLirostris
Porteur de projet : Nolwenn Callac
Responsable scientifique IHPE : Viviane Boulo
Partenaires : LEAD-NC Nouvelle-Calédonie  / Unité RMPF Polynésie Française

IFREMER : DEMOMYT (2020-2022) Décryptage de la maladie responsable des mortalités massives de moules
Porteur de projet : Guillaume Mitta
Responsable scientifique IHPE : Guillaume Mitta
Partenaires :  IHPE, Equipe MIA/  LGPMM La Tremblade

Régionaux

Région Occitanie, Bourse de thèse : BIOSELECT (2020-2023) Caractérisation des facteurs de résistance dans l’interaction Biomphalaria / Schistosoma
Porteur de projet : David Duval
Responsable scientifique IHPE : David Duval
Partenaires : Oregon State University USA

Région Occitanie, Bourse de thèse : EPIPARA (2018-2021) Genie EPIgénétique: controle PARAsitaire avec des “armes” non-conventionnelles
Porteur de projet : Christoph Grunau
Responsable scientifique IHPE : Christoph Grunau
Partenaires : IHPE, Equipe TREV

DISCLAIMER – Our group provides this data in good faith, but makes no warranty, express or implied, or assumes any legal liability or responsibility for any purpose that the data is used for.

MethDB:  the database for DNA methylation and environmental epigenetic effects.

PrimerDB:  the local oligonucleotide database (access restriction applies).

AntibodyDB:  the local antibody database (access restriction applies).

Local Galaxy Instance provides a graphical interface for bioinformatics analysis (access restriction applies)

SchistoGbrowse v2.54 genome browser for assembly version 5.2 (access restriction applies)

SnakeCharmer for selection of restriction enzymes for COmbined Bisulfite Restriiction Assay (COBRA)

MethTools analysis of bisulfite DNA methylation sequencing

EN COURS

Sébastien DE LA FOREST DIVONNE (en 2024 Dir. Benjamin Gourbal & Emmanuel Vignal)
Hemofight : Caractérisation de la diversité fonctionnelle et ontogénique des cellules immunitaires de bivalves marins d’intérêt économique par séquençage d’ARNm sur cellules uniques

Pierre POTEAUX (en 2024  Dir. David Duval & Benjamin Gourbal)
Caractérisation des facteurs immunitaires (Biomphalysines) dans la résistance au parasite Schistosoma chez Biomphalaria

Elodie SIMPHOR (en 2024 Dir. David Duval & Benjamin Gourbal)
Caractérisation des facteurs immunitaires dans la résistance au parasite Schistosoma chez Biomphalaria

DAMETTO Sarah, (en 2025, Dir. David Duval & Benjamin Gourbal)
Rôle des petits ARNs non codants dans le dialogue moléculaire entre Biomphalaria glabrata et Schistosoma mansoni

RUDLER Amélie (en 2026, Dir. Christoph Grunau & Julie Clément)
La recombinaison méiotique chez les invertébrés : contrôle des points chauds de recombinaison et impact des variations de l’environnement

KOELLSCH Celia (en 2027, Dir. Jérôme Boissier & Ronaldo Augusto de Carvalho)
Dévoiler les sombres secrets des parasites colocataires : une étude sur la co-infection de Plasmodium et Schistosoma dans les modèles murins à un niveau biologique et moléculaire

DE L’ISLE Bertrand (en 2027, Dir. Christoph Grunau & Ronaldo Augusto de Carvalho)
Influence au niveau épigénétique et immunologique des contaminants aquatiques sur la virulence des parasites humains et zoonotiques transmis par des mollusques d’eau douce.

SOUTENUES

• Rémi PICHON (2023 Dir. Benjamin Gourbal & Richard Galinier)
  Aspects fonctionnel et évolutif de l’immunité mémoire chez l’escargot vecteur de la bilharziose intestinale Biomphalaria glabrata
  Rémi est en PostDoctorat à l’Université d’Aberystwyth au laboratoire de Gabriel Rinaldi en Angleterre
  
• Carolane GIRAUD (2023 Dir. Viviane Boulo)
  Dynamique des communautés procaryotiques actives dans les élevages larvaires de la crevette bleue du Pacifique, Penaeus stylirostris : influence des intrants et identification de biomarqueurs bactériens de la santé des larves
  Carolane est en CDI dans l’entreprise SPYGEN (service and research laboratory specialising in the monitoring of aquatic and terrestrial biodiversity using environmental DNA)
• Nelia LUVIANO (2021 Dir. Christoph Grunau & Céline Cosseau)
  La méthylation de l’ADN chez Biomphalaria glabrata, rôle et impact sur la transmission de la bilharziose (le pdf sur HAL)
  Nelia est en post-doctorat aux USA
• Damien LASSALLE (2020 Dir. Benjamin Gourbal & David Duval)
  Mécanismes d’action des Biomphalysines, de nouvelles cibles thérapeutiques contre la bilharziose (le pdf sur HAL)
  Damien est Responsable commercial chez WODANDGO après avoir été business developer chez Samdoc
• Manon FALLET (2019 Dir. Christoph Grunau & Céline Cosseau)
  Etude de la réponse environnementale et transgénérationelle chez l’huître creuse Crassostrea gigas. Focus sur les mécanismes épigénétiques (le pdf sur HAL)
  Manon est en post-doctorat à l’Université d’Oxford, après un post-doctorat au Man Technology Environment Research Centre de Örebro en Suède
• Camille HUOT (2019 Dir. David Duval & Eve Toulza)
  Caractérisation et rôle, dans l’interaction tripartite, du microbiote d’hôtes intermédiaires Planorbidae des parasites trématodes Schistosoma spp., agents responsables de la bilharziose. (pdf sur HAL)
  Camille est professeure en Sciences de la Vie et de la Terre, en collège
• Annia ALBA (2018 Dir. Benjamin Gourbal & Antonio Vasquez)
  Comparative biology of naturally resistant / susceptible Pseudosuccinea columella (Mollusca: Gastropoda) to Fasciola hepatica (Trematoda) infection in Cuba: ecological, molecular and phenotypical aspects (le pdf sur HAL )
  Annia est chercheuse à l’Université de Montpellier
• Aude LUCASSON (2018 Dir. Julien De Lorgeril & Guillaume Mitta)
  Caractérisation et diversité des mécanismes du syndrome de mortalité affectant les juvéniles de Crassostrea gigas (le pdf sur HAL )
  Aude est enseignante de Pilates
  
• Benoît ALIAGA (2018 Dir. Christoph Grunau & David Duval)
  Comparaison des épigénomes des espèces non modèles (le pdf sur HAL )
  Benoît est en post-doctorat au Centre de recherches en cancérologie de Toulouse
• Maxime LAFONT (2017 Dir. Benjamin Gourbal & Caroline Montagnani)
  Mécanismes et spécificité du priming immunitaire antiviral chez un Lophotrochozoaire, l’huître creuse Crassostrea gigas (le pdf sur HAL)
  Maxime est Directeur Technique chez Bioceanor
• Kelly BRENER-RAFFALLI (2017 Dir. Guillaume Mitta & Eve Toulza)
  Dynamique de l’holobionte corallien et plasticité transcriptomique : variabilité interindividuelle, interpopulationnelle et interspécifique (le pdf  sur HAL)
  Kelly est Responsable Vie Scolaire après avoir été Conseillère Principale d’Education dans l’Education Nationale
• Silvain PINAUD (2017 Dir. Benjamin Gourbal & David Duval)
  Aspects fonctionnels et évolutif de l’immunité mémoire chez les invertébrés : l’escargot vecteur de la Bilharziose intestinale Biomphalaria glabrata comme nouvel organisme modèle ? (le pdf sur HAL)
  Sylvain est en post-doctorat à MIVEGEC (Montpellier) après un post-doctorat au Cancer Research Cambridge Institute (UK)
• Anaïs PORTET (2017 Dir. Benjamin Gourbal & Richard Galinier)
  Décryptage du Polymorphisme de Compatibilité dans l’interaction entre Biomphalaria glabrata et Schistosoma mansoni : une approche intégrative (le pdf sur HAL )
  Anaïs est project Manager à MediLabSecure  (IRD Montpellier) après un post-doctorat à l’Université de Cambridge (UK)
• David ROQUIS (2015 Dir. Christoph Grunau & Céline Cosseau)
  Contribution de l’épigénétique dans les  Dauermodifikations et l’évolution adaptative chez le  parasite humain Schistosoma mansoni et le corail  tropical Pocillopora damicornis (le pdf sur HAL)
  David effectue son 3e post-doctorat, à Agroscope (Suisse)

portail HAL de la collection de l’équipe depuis 2021
listing HAL des publications de l’équipe depuis 2021
production des auteurs de l’équipe avant la création de celle-ci :

2021

• Blanc, M., P. Antczak, X. Cousin, C. Grunau, N. Scherbak, J. Rüegg and S. H. Keiter (2021) The insecticide permethrin induces transgenerational behavioral changes linked to transcriptomic and epigenetic alterations in zebrafish (Danio rerio). Science of the Total Environment 779: 146404. DOI 10.1016/j.scitotenv.2021.146404 / HAL
• De Carvalho Augusto, R., O. Rey, C. Cosseau, C. Chaparro, J. Vidal-Dupiol, J. F. Allienne, D. Duval, S. Pinaud, S. Tönges, R. Andriantsoa, E. Luquet, F. Aubret, M. Dia Sow, P. David, V. Thomson, D. Joly, M. Gomes Lima, D. Federico, E. Danchin, A. Minoda and C. Grunau (2021) A simple ATAC-seq protocol for population epigenetics [version 2; peer review: 2 approved]. Wellcome Open Research 5: 121 revised. DOI 10.12688/wellcomeopenres.15552.2 / HAL
• Le Govic, Y., B. Gourbal and J. Boissier (2021) Booming omics in Schistosoma. Trends in Parasitology 37: 6-8. DOI 10.1016/j.pt.2020.10.010 / HAL
• Mouginot, P., N. Luviano Aparicio, D. Gourcilleau, M. Latutrie, S. Marin, J. L. Hemptinne, C. Grunau and B. Pujol (2021) Phenotypic response to light versus shade associated with DNA methylation changes in Snapdragon plants (Antirrhinum majus). Genes 12(2): 227. DOI 10.3390/genes12020227 / HAL
• Petton, B., D. Destoumieux-Garzόn, F. Pernet, E. Toulza, J. De Lorgeril, L. Degremont and G. Mitta (2021) The Pacific Oyster Mortality Syndrome, a polymicrobial and multifactorial disease: state of knowledge and future directions. Frontiers in Immunology 12: 630343. DOI 10.3389/fimmu.2021.630343 / HAL
• Pinaud, S., G. Tetreau, P. Poteaux, R. Galinier, C. Chaparro, D. Lassalle, E. Simphor, B. Gourbal and D. Duval (2021 Provisionally accepted) New insights into biomphalysin gene family diversification in the vector snail Biomphalaria glabrata. Frontiers in Immunology. DOI 10.3389/fimmu.2021.635131 / HAL
• Portet, A., R. Galinier, D. Lassalle, A. Faille, B. Gourbal and D. Duval (2021) Hemocyte siRNA uptake is increased by 5′ cholesterol-TEG addition in Biomphalaria glabrata, snail vector of schistosome. Peer Journal 9: e10895. DOI 10.7717/peerj.10895 / HAL
• Richard, M., J. L. Rolland, Y. Gueguen, J. De Lorgeril, J. Pouzadoux, B. Mostajir, B. Bec, S. Mas, D. Parin, P. Le Gall, S. Mortreux, A. Fiandrino, F. Lagarde, G. Messiaen, M. Fortune and E. Roque D’Orbcastel (2021) In Situ Characterisation of Pathogen Dynamics during a Pacific Oyster Mortality Syndrome Episode. Marine Environmental Research 165: 105251. DOI 10.1016/j.marenvres.2020.105251 / HAL
• Stenger, P. L., C. L. Ky, C. Reisser, C. Cosseau, C. Grunau, M. Mege, S. Planes and J. Vidal-Dupiol (2021) Environmentally driver color variation in the pearl oster Pinctada margaritifera var. cumingii (Linnaeus, 1758) is associated with differential methylation of CpGs in pigment- and biomineralization-related genes. Frontiers in Genetics 12: 630290. DOI 10.3389/fgene.2021.630290 / HAL

2020

• Alba A., Duval D., Sanchez J., Pérez A.B., Pinaud S., Galinier R., Vazquez A.A. and Gourbal B. (2020) The immunobiological interplay between Pseudosuccinea columella resistant/susceptible snails with Fasciola hepatica: hemocytes in the spotlight. Developmental and Comparative Immunology 102: 103485. DOI 10.1016/j.dci.2019.103485 / HAL
• Clerissi C., De Lorgeril J., Petton B., Lucasson A., Escoubas J.M., Gueguen Y., Dégremont L., Mitta G. and Toulza E. (2020) Microbiota composition and evenness predict survival rate of oysters confronted to pacific oyster mortality syndrome. Frontiers in Microbiology 11: 311. DOI 10.3389/fmicb.2020.00311 / HAL
• De Carvalho Augusto R., Merad N., Rognon A., Gourbal B., Bertrand C., Djabou N. and Duval D. (2020) Molluscicidal and parasiticidal activities of Eryngium triquetrum essential oil on Schistosoma mansoni and its intermediate snail host Biomphalaria glabrata, a double impact. Parasites & Vectors 13: 486. DOI 10.1186/s13071-020-04367-w /HAL
• De Carvalho Augusto R., Minoda A. and Grunau C. (2020) A simple ATAC-seq protocol for population epigenetics [version 1; peer review: 1 approved with reservations]. Wellcome Open Research, 5 : 121. Wellcome Open Research 5: 121. DOI 10.12688/wellcomeopenres.15552.1 / HAL 
• De Lorgeril J., Petton B., Lucasson A., Perez V., Stenger P.L., Dégremont L., Montagnani C., Escoubas J.M., Haffner P., Allienne J.F., Leroy M., Lagarde F., Vidal-Dupiol J., Gueguen Y. and Mitta G. (2020) Differential basal expression of immune genes confers Crassostrea gigas resistance to Pacific Oyster Mortality Syndrome. BMC Genomics 21: 63. DOI 10.21203/rs.2.16448/v2 / HAL /
• Delmotte J., Chaparro C., Galinier R., De Lorgeril J., Petton B., Stenger P.L., Vidal-Dupiol J., Destoumieux-Garzon D., Gueguen Y., Montagnani C., Escoubas J.M. and Mitta G. (2020) Contribution of viral genomic diversity to oyster susceptibility in the Pacific oyster mortality syndrome. Frontiers in Microbiology 11: 1579. DOI 10.3389/fmicb.2020.01579 / HAL
• Dupont S., Lokmer A., Corre E., Auguet J.-C., Petton. B., Toulza E., Montagnani C., Tanguy G., Pecqueur D., Salmeron C., Guillou L., Desnues C., La Scola B., Bou Khalil J., de Lorgeril J., Mitta G., Gueguen Y. and Escoubas J.-M. (2020) Oyster hemolymph is a complex and dynamic ecosystem hosting bacteria, protists and viruses. Animal Microbiome 2: 12. DOI 10.1186/s42523-020-00032-w / HAL 
• Duval D., Pichon R., Lassalle D., Laffitte M., Gourbal B. and Galinier R. (2020) A new assessment of Thioester-containing proteins diversity of the freshwater snail Biomphalaria glabrata. Genes MDPI 11: 69. DOI 10.3390/genes11010069 / HAL
• Grunau C., Le Luyer J., Laporte M. and Joly D. (2020) The epigenetics dilemma. Genes Special Issue Epigenetics and Adaptation 11: 23. DOI 10.3390/genes11010023 /HAL
• Huot C., Clerissi C., Gourbal B., Galinier R., Duval D. and Toulza E. (2020) Schistosomiasis vector snails and their microbiota display a phylosymbiosis pattern. Frontiers in Microbiology 10: 3092. DOI 10.3389/fmicb.2019.03092 /HAL
• Lafont M., Vergnes A., Vidal-Dupiol J., De Lorgeril J., Gueguen Y., Haffner P., Petton B., Chaparro C., Barrachina C., Destoumieux-Garzon D., Mitta G., Gourbal B. and Montagnani C. (2020) A sustained mechanism supports long-term immune priming in the pacific oyster Crassostrea gigas. mBIO 11: e02777-02719. DOI 10.1128/mBio.02777-19 / HAL
• Lassalle D., Tétreau G., Pinaud S., Galinier R., Crickmore N., Gourbal B. and Duval D. (2020) Glabralysins, Potential New β-Pore-Forming Toxin Family Members from the Schistosomiasis Vector Snail Biomphalaria glabrata. Genes MDPI 11 : 65. DOI 10.3390/genes11010065 / HAL
• Le Govic Y., Gourbal B. and Boissier J. (2020) Booming omics in Schistosoma. Trends in Parasitology online. DOI 10.1016/j.pt.2020.10.010
• Lima M.G., De Carvalho Augusto R., Pinheiro da Silva J. and Thiengo S.C. (2020) Physiology and immunity of the invasive giant African snail, Achatina (Lissachatina) fulica, intermediate host of Angiostrongylus cantonensis. Developmental and Comparative Immunology 105: 103579. DOI 10.1016/j.dci.2019.103579 /HAL
• Planques, A., P. Kerner, L. Ferry, C. Grunau, E. Gazave and M. Vervoort (2020) DNA methylation during development and regeneration of the annelid platynereis dumerilii. BIORXIV (381673 du 13 nov 2020)
• Sow M.D., Le Gac A.L., Fichot R., Lanciano S., Delaunay A., Le Jan I., Lesage-Descauses M.C., Citerne S., Caius J., Brunaud V., Soubigou-Taconnat L., Cochard H., Segura V., Chaparro C., Grunau C., Daviaud C., Tost J., Brignolas F., Strauss S.H., Mirouze and Maury S. (2020) Hypomethylated poplars show higher tolerance to water deficit and highlight a dual role for DNA methylation in shoot meristem: regulation of stress response and genome integrity. BIORXIV (045328 du 20 avril 2020)
• Tetreau, G., J. Dhinaut, R. Galinier, P. Audant-Lacour, S. N. Voisin, K. Arafah, M. Chogne, F. Hilliou, A. Bordes, C. Sabarly, P. Chan, M. L. Walet-Balieu, D. Vaudry, D. Duval, P. Bulet, C. Coustau, Y. Moret and B. Gourbal (2020) Deciphering the molecular mechanisms of mother-to-egg immune protection in the mealworm beetle Tenebrio molitor. Plos Pathogens 16(10): 30. DOI 10.1371/journal.ppat.1008935 /  HAL
• Vidal-Dupiol J., Chaparro C., Pratlong M., Pontarotti P., Grunau C. and Mitta G. (2020) Sequencing, de novo assembly and annotation of the genome of the scleractinian coral, Pocillopora acuta. BIORXIV (698688 du 19 avril 2020)
• Padalino G., Celatka C., Rienhoff H.Y., Kalin J.H., Cole P.A., Lassalle D., Grunau C., Chalmers I.W., Brancale A. and Hoffmann K.F. (2020) Schistosoma mansoni lysine specific demethylase 1 (SmLSD1) is a druggable target involved in parasite survival, oviposition and stem cell proliferation. BIORXIV (301184 du 17 sept 2020)

2019

• Alba, A., G. Tétreau, C. Chaparro, J. Sanchez, A. A. Vazquez and B. Gourbal (2019) Natural resistance to Fasciola hepatica (Trematoda) in Pseudosuccinea columella snails: A review from literature and insights from comparative “omic” analyses. Developmental and Comparative Immunology 101: 103463. DOI 10.1016/j.dci.2019.103463 / HAL
• Alba, A., A. A. Vazquez, J. Sanchez, M. Lounnas, J. P. Pointier, S. Hurtrez-Boussès and B. Gourbal (2019) Patterns of distribution, population genetic and ecological requirements of field-occurring resistant and susceptible Pseudosuccinea columella snails to Fasciola hepatica in Cuba. Scientific Reports 9: 14359. DOI 10.1038/s41598-019-50894-7 / HAL
• Aliaga, B., I. Bulla, G. Mouahid, D. Duval and C. Grunau (2019) Universality of the DNA methylation codes in Eucaryotes. Scientific Reports 9: 173. DOI 10.1038/s41598-018-37407-8 / HAL
• Brener-Raffalli, K., J. Vidal-Dupiol, M. Adjeroud, O. Rey, P. Romans, F. Bonhomme, M. Pratlong, A. Haguenauer, R. Pillot, L. Feuillassier, M. Claereboudt, H. Magalon, P. Gélin, P. Pontarotti, D. Aurelle, G. Mitta and E. Toulza (2019) Gene expression plasticity and frontloading promote thermotolerance in Pocilloporid corals. BioRxiv (398602 en 2018) and  Peer reviewed and recommended by PCI Ecology (26 august 2019)
  
• Brown, P., Relish Consortium [dont C. Grunau] and Zhou Y. (2019). Large expert-curated database for benchmarking document similarity detection in biomedical literature search. » DATABASE – The Journal of Biological Databases and Curation 2019: baz085. DOI 10.1093/database/baz085 / HAL
• de Carvalho Augusto, R., D. Duval and C. Grunau (2019) Effects of the environment on developmental plasticity and infection success of Schistosoma parasites – an epigenetic perspective. Frontiers in Microbiology (Section Microbial Immunology) 10: 1475.
  DOI 10.3389/fmicb.2019.01475 / HAL
• De Carvalho Augusto, R., A. Minoda and C. Grunau (2019) A simple ATAC-seq protocol for population epigenetics. Protocols.io
  DOI 10.17504/protocols.io.bae6ibhe /  HAL
• Lima, M. G., L. C. Montresor, J. Pontes, R. C. Augusto, J. Pinheiro da Silva and S. C. Thiengo (2019) Compatibility polymorphism based on long-term host-parasite relationships: cross talking between Biomphalaria glabrata and the trematode Schistosoma mansoni from endemic areas in Brazil. Frontiers in Immunology 30: 328. DOI 10.3389/fimmu.2019.003282018 / HAL
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